MDC1相互作用组分析
比较ILC与非ILC细胞中MDC1相关蛋白的差异,揭示DNA修复蛋白组成。
在MCF7、HCC1428、MM134、44PE和293FT细胞中进行MDC1共免疫沉淀和质谱分析,鉴定MDC1相关蛋白,并进行聚类和富集分析。
Altered MDC1 Interactions and Dysfunctional DNA Repair in Lobular Breast Cancer Confers Sensitivity to PARP Inhibition
包含MDC1相互作用组学、单细胞转录组与Haircut分析、DNA损伤信号通路及功能实验、细胞系和PDX异种移植瘤体内药效实验,并进行机制验证。
MDA MB 134VI (ILC细胞系) SUM44PE (ILC细胞系) MCF7 (IDC细胞系) HCI-013 (ILC PDX) HCI-018 (ILC PDX)
MDC1相互作用组在ILC细胞中缺乏HR相关蛋白 单细胞Haircut分析显示BER活性上调 ILC细胞中HR修复效率低下 talazoparib在ILC细胞系和PDX中抑制生长 雌激素撤除联合talazoparib增强抗肿瘤效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较ILC与非ILC细胞中MDC1相关蛋白的差异,揭示DNA修复蛋白组成。
在MCF7、HCC1428、MM134、44PE和293FT细胞中进行MDC1共免疫沉淀和质谱分析,鉴定MDC1相关蛋白,并进行聚类和富集分析。
验证ER是否调节MDC1相互作用组,特别是HR蛋白的恢复。
用fulvestrant处理MM134细胞24小时,然后进行MDC1 IP/MS,分析处理前后MDC1相关蛋白的变化。
在单细胞水平分析ER:MDC1活性与DNA修复活性的关联。
对MM134细胞进行单细胞RNA-seq和Haircut分析,分别检测基因表达和DNA修复活性。
评估ILC细胞中HR的启动和执行是否异常。
用依托泊苷或电离辐射处理细胞,通过蛋白质印迹和免疫荧光检测DNA损伤反应蛋白的磷酸化和RAD51焦点形成,并用TrafficLight报告系统评估HR活性。
在体内模型中验证PARP抑制剂talazoparib对ILC肿瘤的疗效。
使用MM134和44PE异种移植瘤以及HCI-013和HCI-018 PDX模型,评估talazoparib单药或与内分泌治疗(fulvestrant或雌激素撤除)联合的抗肿瘤效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MDA MB 134VI | ATCC | HTB-23 |
| SUM44PE | Asterand/BioIVT | -- | |
| HCC1428 | ATCC | CRL-2327 | |
| MCF7 | Rae Lab, U. Michigan | -- | |
| T47D | Sartorius Lab, U. Colorado | -- | |
| 293FT | Invitrogen | -- | |
| 支原体检测试剂盒 | Lonza | -- | |
| 雌二醇 | Sigma | -- | |
| 氟维司群 | Tocris Biosciences | -- | |
| 依托泊苷 | Cayman Chemical | -- | |
| 他拉唑帕尼 | Cayman Chemical | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMax 转染试剂 | Invitrogen | -- |
| siGENOME SMARTpool siRNAs | Horizon Discovery | -- | |
| 免疫沉淀 | Chromapure小鼠IgG | Jackson ImmunoResearch | -- |
| MDC1抗体 | Sigma | M2444 | |
| 蛋白质印迹 | 磷酸化组蛋白H2A.X (Ser139)抗体 | Cell Signaling Technology | 9718 |
| ATM抗体 | Cell Signaling Technology | 2873 | |
| 磷酸化ATM (Ser1981)抗体 | Cell Signaling Technology | 5883 | |
| MRE11抗体 | Cell Signaling Technology | 4847 | |
| 磷酸化MRE11 (Ser676)抗体 | Cell Signaling Technology | 4859 | |
| p95/NBS1抗体 | Cell Signaling Technology | 14956 | |
| 磷酸化p95/NBS1 (Ser343)抗体 | Cell Signaling Technology | 3001 | |
| Rad50抗体 | Cell Signaling Technology | 3427 | |
| 磷酸化CHK1 (Ser345)抗体 | Cell Signaling Technology | 2348 | |
| 磷酸化CHK2 (Thr68)抗体 | Cell Signaling Technology | 2197 | |
| 53BP1抗体 | Cell Signaling Technology | 88439 | |
| 磷酸化53BP1 (Ser1618)抗体 | Cell Signaling Technology | 6209 | |
| RAD51抗体 | Cell Signaling Technology | 8875 | |
| DNA-PKcs抗体 | Cell Signaling Technology | 12311 | |
| 磷酸化DNA-PKcs (Ser2056)抗体 | Cell Signaling Technology | 68716 | |
| α/β-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2148 | |
| Vinculin抗体 | Cell Signaling Technology | 13901 | |
| MDC1抗体 | Sigma-Aldrich | M2444 | |
| 免疫荧光 | RAD51抗体 | Abcam | ab176458 |
| cleaved Caspase-3抗体 | Cell Signaling | 9664 | |
| γH2AX抗体 | MilliporeSigma | 05-636 | |
| 山羊抗兔Alexa-Fluor 488二抗 | ThermoScientific | A32731 | |
| 山羊抗小鼠AlexaFluor 594二抗 | ThermoScientific | A11032 | |
| SlowFade Diamond抗淬灭封片剂(含DAPI) | ThermoFisher Scientific | -- | |
| Nunc Tek腔室载玻片系统 | Thermo Scientific | -- | |
| 流式细胞术 | Beckman Coulter Gallios561流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 细胞增殖 | Hoechst 33258染料 | -- | -- |
| 动物实验 | NSG小鼠 | Jackson | 005557 |
| 基质胶 | Corning | -- | |
| 氟维司群 | -- | -- | |
| 他拉唑帕尼 | -- | -- | |
| PEG300 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞增殖 | Incucyte S3活细胞成像系统 | Sartorius | 4647 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| MDC1相互作用组分析 | 细胞系及处理条件,MDC1抗体和质谱平台 阅读提示:Materials and Methods: MDC1 co-immunoprecipitation and mass spectrometry |
| ER抑制处理 | fulvestrant浓度、处理时间 阅读提示:Results: Inhibiting estrogen receptor in ILC cells restores DDR/HR proteins |
| 单细胞转录组和Haircut分析 | 雌激素浓度、处理时间、单细胞数量、分析平台 阅读提示:Materials and Methods: Single cell transcriptomics and Haircut analyses |
| DNA修复功能实验 | 依托泊苷浓度、辐射剂量、检测时间点 阅读提示:Materials and Methods: Immunofluorescence, Results: ILC cells present dysfunctional HR |
| 体内药效实验 | 动物品系、雌激素补充、给药剂量和频率 阅读提示:Materials and Methods: Animals and xenograft treatment studies |