基因组学分析
鉴定AEL中复发的体细胞突变、拷贝数改变和结构变异。
对35例AEL进行全基因组或全外显子组测序,并在121例AEL中通过靶向捕获测序验证,识别出包括EPOR/JAK2在内的显著改变的基因和基因组区域。
Amplified EPOR/JAK2 Genes Define a Unique Subtype of Acute Erythroid Leukemia
包含患者样本测序队列、转录组分析、细胞系功能实验、PDX模型和体内药物治疗验证,进行了多层级的功能和机制验证。
K562细胞系 OCI-M2细胞系 AEL患者来源异种移植(PDX)模型 AS-E2和TF-1细胞系
AEL诊断标准依据WHO 2001年版,包括13例PEL和82例EML 纳入病例包括121例AEL、409例非AEL和229例无红系增生的MDS-EB 体内实验使用NOG小鼠,皮下或静脉接种PDX细胞,鲁索利替尼剂量为90 mg/kg,每日两次,持续50天 体外实验使用浓度梯度的鲁索利替尼处理,以二甲亚砜(DMSO)作为载体对照 EPOR/JAK2基因获得/扩增与基因表达上调相关
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定AEL中复发的体细胞突变、拷贝数改变和结构变异。
对35例AEL进行全基因组或全外显子组测序,并在121例AEL中通过靶向捕获测序验证,识别出包括EPOR/JAK2在内的显著改变的基因和基因组区域。
比较AEL与非AEL在转录组水平上的差异,特别是与红系增殖相关的通路。
对21例AEL和213例非AEL的骨髓或PDX细胞进行RNA测序,并进行基因集富集分析(GSEA),验证STAT5靶基因的高表达和红系分化相关基因的表达变化。
验证EPOR/JAK2过表达对STAT5激活和红系分化的功能性影响,并测试JAK2抑制剂的效应。
在K562和OCI-M2细胞系中通过慢病毒转导过表达EPOR或JAK2,检测STAT5磷酸化和GPA表达。同时,使用鲁索利替尼处理细胞系和PDX细胞,评估其对细胞增殖和STAT5信号的影响。
在体内模型中评估鲁索利替尼对AEL的治疗效果。
将6个AEL PDX模型移植到NOG小鼠皮下或静脉内,然后给予鲁索利替尼(90 mg/kg,每日两次)或载体对照,持续50天。监测肿瘤体积、生存时间及STAT5磷酸化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | QIAamp DNA迷你试剂盒 | QIAGEN | #51304 |
| RNA提取 | RNeasy微型试剂盒 | QIAGEN | #74004 |
| RNA-seq文库制备 | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒(Illumina) | New England BioLabs | #E7370 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Nacalai tesque | #30264-56 |
| IMDM培养基 | FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation | #098-06465 | |
| 胎牛血清 | Nichirei Biosciences | #175012 | |
| 青霉素-链霉素 | FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation | #168-23191 | |
| 聚凝胺 | Thermo Fisher Scientific | #TR1003G | |
| 细胞转染 | 聚乙烯亚胺MAX | Polysciences | #24765-1 |
| OPTI-MEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | #31985070 | |
| 慢病毒包装 | psPAX2质粒 | Addgene | #12260 |
| pMD2.G质粒 | Addgene | #12259 | |
| 药物处理 | 鲁索利替尼 | LC Laboratories | #R-6600 |
| 促红细胞生成素 | PeproTech | #100-64 | |
| 细胞活力测定 | CellTiter-Glo发光法细胞活力检测试剂盒 | Promega | #G9242 |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | Nacalai Tesque | #16488-34 |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Nacalai Tesque | #07574-61 | |
| SDS-PAGE样品缓冲液(含还原剂,6×) | Nacalai Tesque | #09499-14 | |
| 抗磷酸化STAT5A抗体 | Cell Signaling Technology | 4322S | |
| 抗STAT5抗体 | Cell Signaling Technology | 9310 | |
| 抗磷酸化p44/42 ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370S | |
| 抗p44/42 ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695S | |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| 抗STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 4904 | |
| 流式细胞术 | 抗血型糖蛋白A-APC抗体 | BD Biosciences | #551336 |
| RT-qPCR | ReverTra Ace qPCR反转录试剂盒 | TOYOBO | #FSQ-301 |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | #RR820A | |
| CFX Connect实时荧光定量PCR检测系统 | -- | -- | |
| 测序 | HiSeq 2000 | -- | -- |
| HiSeq2500 | -- | -- | |
| HiSeq X Ten | -- | -- | |
| NovaSeq 6000 | -- | -- | |
| SureSelect定制试剂盒 | Agilent Technology | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 纳入AEL的诊断标准(WHO 2001)、样本数量及亚型比例(PEL/EML),以及非AEL对照组的构成 阅读提示:Methods: Patients |
| 基因组分析 | 测序平台、平均深度、突变检出阈值(如映射质量、碱基质量、VAF)、拷贝数变异检测算法参数 阅读提示:Methods: WGS/WES, Targeted-Capture Sequencing, Copy-Number Analysis |
| 基因表达分析 | RNA测序平台、比对到参考基因组版本、差异表达分析方法和基因集富集分析的参数 阅读提示:Methods: RNA Sequencing |
| 体外细胞实验 | 细胞系名称、培养条件(培养基、血清浓度)、转导方法、EPO和鲁索利替尼使用浓度和处理时间 阅读提示:Methods: Cell Lines, Inhibitor Assay, Immunoblotting, Measurement of Glycophorin A Expression |
| 体内动物实验 | 小鼠品系(NOG)、细胞接种途径和数量、药物剂量、给药频率和疗程,以及对照组设置 阅读提示:Methods: Establishment of Xenograft Mouse Models, In Vivo Drug Efficacy Test Using PDX Mouse Models |