体外功能比较
确定PTEN不同功能域(脂质磷酸酶、蛋白磷酸酶、支架)对黑色素瘤细胞增殖、克隆形成和侵袭的贡献。
在M10M1和M10M6细胞中诱导表达PtenWT或突变体(C124S、G129E、Y138L),检测细胞增殖、低密度克隆形成、软琼脂集落形成和Transwell侵袭。
PTEN Lipid Phosphatase Activity Suppresses Melanoma Formation by Opposing an AKT/mTOR/FRA1 Signaling Axis
包含体外细胞功能实验、体内移植瘤模型、ESC-GEMM自发肿瘤模型、药物筛选和磷酸化蛋白质组学等多层次独立证据,并明确进行功能验证和机制验证。
小鼠黑色素瘤细胞系M10M1、M10M6 人黑色素瘤细胞系WM115、WM266-4、1205Lu、SBCL2 NSG小鼠和裸鼠皮下移植瘤模型 BrafV600E;Ptennull ESC-GEMM小鼠模型
PTEN突变体的功能差异(WT、C124S、G129E、Y138L) Dox诱导表达系统的有效性及肿瘤生长选择压力 AKT抑制剂MK2206的剂量和疗效 mTOR抑制剂Rapamycin的处理浓度 FRA1过表达或敲低对细胞侵袭和肿瘤生长的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定PTEN不同功能域(脂质磷酸酶、蛋白磷酸酶、支架)对黑色素瘤细胞增殖、克隆形成和侵袭的贡献。
在M10M1和M10M6细胞中诱导表达PtenWT或突变体(C124S、G129E、Y138L),检测细胞增殖、低密度克隆形成、软琼脂集落形成和Transwell侵袭。
在免疫缺陷小鼠中验证PTEN脂质磷酸酶活性对肿瘤生长的抑制作用。
将表达PtenWT或突变体的M10M6细胞皮下注射到NSG或裸鼠,饲喂含Dox饲料,测量肿瘤体积和重量。
评估PTEN不同功能域在黑色素瘤起始和早期发展中的作用。
使用靶向BPP ES细胞构建的嵌合小鼠,4OHT诱导melanomagenesis,Dox诱导Pten表达,分析肿瘤发生率、GFP阳性肿瘤比例。
鉴定PTEN缺陷黑色素瘤细胞依赖的关键信号通路。
将PtenC124S或PtenWT表达的M10M6细胞用500种抑制剂处理,比较药物敏感性差异。
验证AKT激活是否足以逆转PTEN介导的黑色素瘤抑制。
在PtenWT细胞中表达组成性激活的AktE17K,检测细胞增殖、集落形成、侵袭和体内肿瘤生长。
全面鉴定PTEN脂质磷酸酶活性的下游信号和潜在效应分子。
对表达PtenWT、C124S、G129E、Y138L或GFP的M10M6细胞进行定量磷酸化蛋白质组学分析(pS/T/Y和pY),鉴定差异磷酸化蛋白,并进行KEGG通路富集。
阐明PTEN如何通过AKT/mTOR信号调节FRA1表达。
检测PTEN表达、AKT抑制剂MK2206、mTOR抑制剂Rapamycin对FRA1蛋白和mRNA水平的影响,以及FRA1翻译报告子和蛋白酶体抑制实验。
验证FRA1在PTEN介导的黑色素瘤抑制中的功能重要性。
在PtenWT细胞中过表达Fra1,或敲低FRA1,检测细胞增殖、低密度生长、软琼脂集落形成、侵袭及体内肿瘤生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Lonza | -- |
| 胎牛血清 | Sigma | -- | |
| DMEM培养基 | VWR | -- | |
| 支原体检测试剂盒 | Lonza | -- | |
| 动物实验 | 4-羟基他莫昔芬 | Sigma Aldrich | -- |
| 多西环素 | Envigo | -- | |
| 质粒构建 | Q5定点突变试剂盒 | New England BioLabs | -- |
| 细胞培养 | Cellcyte-X活细胞分析仪 | ECHO | -- |
| 低密度生长实验 | 结晶紫 | VWR | -- |
| 软琼脂实验 | SeaPlaque琼脂糖 | -- | -- |
| 侵袭实验 | 基质胶 | Corning | -- |
| 药物筛选 | Bravo自动化液体处理平台 | Agilent | -- |
| Echo650声波移液系统 | Labcyte/Beckman Coulter | -- | |
| CellTiter-Glo发光法细胞活力检测试剂 | Promega | -- | |
| EnVision多功能酶标仪 | PerkinElmer | -- | |
| 磷酸化蛋白质组学 | PTMScan试剂盒方案 | Cell Signaling | -- |
| Sep-Pak C18色谱柱 | Waters | -- | |
| PTMScan p-Tyr-1000免疫亲和珠 | Cell Signaling | 8803 | |
| TMTpro 16标标记试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A44521 | |
| XBridge色谱柱 | Waters | -- | |
| IMAC富集试剂盒 | Sigma | I1408 | |
| 保留时间校准混合物 | Thermo Scientific Pierce | PIERCE | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript逆转录预混液 | Takara | -- | |
| PerfeCTa SYBR Green快速混合液 | Quantabio | -- | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 核浆分离 | NE-PER核浆蛋白提取试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫共沉淀 | Pierce蛋白A/G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Western blot | NuPAGE 4-12%预制胶 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| FRA1抗体 | Abcam | ab252421 | |
| PTEN抗体 | Cell Signaling Technology | 9188 | |
| 磷酸化AKT (Ser473)抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 总AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 磷酸化p70 S6激酶(Thr389)抗体 | Cell Signaling Technology | 9234 | |
| p70 S6激酶抗体 | Cell Signaling Technology | 2708 | |
| 磷酸化S6核糖体蛋白(Ser235/236)抗体 | Cell Signaling Technology | 5364 | |
| S6核糖体蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2217 | |
| 磷酸化FAK(Tyr397)抗体 | Cell Signaling Technology | 8556 | |
| FAK抗体 | Cell Signaling Technology | 3285 | |
| 磷酸化PRAS40(Thr246)抗体 | Cell Signaling Technology | 13175 | |
| ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 磷酸化ERK1/2(Thr202/Tyr204)抗体 | Cell Signaling Technology | 9101 | |
| 4E-BP1抗体 | Cell Signaling Technology | 9452 | |
| 磷酸化4E-BP1(Ser65)抗体 | Cell Signaling Technology | 9451 | |
| 磷酸化FRA1(Ser265)抗体 | Cell Signaling Technology | 5841 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Invitrogen | AM4302 | |
| LI-COR成像系统 | LI-COR | -- | |
| 免疫组织化学 | PTEN抗体(免疫组织化学用) | Cell Signaling Technology | 9559 |
| 抑制剂处理 | MK2206 | -- | -- |
| 雷帕霉素 | -- | -- | |
| 司美替尼 | -- | -- | |
| MG132 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外细胞实验 | 细胞系来源、PTEN诱导表达系统(Dox浓度)、细胞接种密度、培养时间、检测指标 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and culture condition; Proliferation assays; Low density growth assays; Soft agar assays; Transwell invasion assays |
| 体内移植瘤实验 | 细胞注射数量、小鼠品系(NSG或裸鼠)、Dox饲料浓度、肿瘤测量频率 阅读提示:Materials and Methods: Animal models; Results: Figure 2A |
| ESC-GEMM自发肿瘤模型 | 4OHT浓度、给药方式、小鼠周龄、Dox饲料浓度、肿瘤发生率统计 阅读提示:Materials and Methods: Animal models; Results: Figure 2C-D |
| 药物筛选 | 细胞数量、药物浓度梯度、处理时间、细胞活力检测方法 阅读提示:Materials and Methods: Small molecule inhibitor library screening |
| 磷酸化蛋白质组学 | 诱导时间、生物学重复和技术重复数、质谱分析参数、差异磷酸化阈值 阅读提示:Materials and Methods: Phosphoproteomics; Results: Figure 5 |
| AKT激活救援实验 | AktE17K表达载体、细胞系、体内实验小鼠和组别 阅读提示:Materials and Methods: Plasmid and lentivirus production; Results: Figure 3 |
| FRA1调控机制 | 抑制剂类型和浓度、处理时间、蛋白检测、翻译报告子构建 阅读提示:Materials and Methods: Plasmid and lentivirus production; Results: Figures 6-7 |
| FRA1功能验证 | Fra1过表达或敲低方式、细胞系、体内实验设计 阅读提示:Materials and Methods: Plasmid and lentivirus production; Results: Figure 8 |