全基因组CRISPR筛选
鉴定与BHPI诱导坏死相关的基因
使用TKOv3文库感染T47D细胞,用BHPI进行负向选择筛选,通过MAGeCK-VISPR分析富集sgRNA。
Plasma Membrane Channel TRPM4 Mediates Immunogenic Therapy-Induced Necrosis
包含全基因组CRISPR筛选、体外细胞系功能验证、类器官实验、小鼠异种移植瘤模型以及机制研究等多个独立证据层级。
人乳腺癌细胞系(T47D, MCF-7, TYS, MYS) 人卵巢癌细胞系(Caov-3, PEO4) 人肾癌细胞系(A498) 小鼠原位异种移植瘤模型(MYS-Luc, MYTKO-Luc)
TRPM4的表达水平与细胞对ErSO的敏感性相关 TRPM4敲除完全阻断ErSO诱导的细胞死亡 TRPM4介导ErSO诱导的钠内流和细胞肿胀 TRPM4敲除废除ErSO诱导的肿瘤消退 TRPM4敲除阻断DAMP释放和免疫细胞激活
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与BHPI诱导坏死相关的基因
使用TKOv3文库感染T47D细胞,用BHPI进行负向选择筛选,通过MAGeCK-VISPR分析富集sgRNA。
验证TRPM4表达水平是否影响癌细胞对ErSO的敏感性
在TRPM4过表达和敲除的多种乳腺癌、卵巢癌细胞系中,用ErSO处理,检测细胞死亡和增殖。
探究TRPM4是否介导ErSO诱导的钠内流和细胞肿胀
使用ANG-II荧光探针检测细胞内钠水平,测量细胞直径变化。
验证TRPM4在ErSO诱导的肿瘤消退中的必要性
建立MYS-Luc和MYTKO-Luc原位异种移植瘤模型,用ErSO处理,监测肿瘤生长和蛋白合成抑制。
评估ErSO是否诱导TRPM4依赖的DAMP释放和免疫细胞激活
检测HMGB1、ATP和钙网蛋白释放,用处理过的癌细胞条件培养基处理PMA分化的THP-1巨噬细胞和THP-1单核细胞,检测细胞因子表达和迁移。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Alamar蓝 | ThermoFisher | -- |
| 蛋白质印迹 | TRPM4抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-24918 |
| 嘌呤霉素抗体 | Millipore Sigma | MABE343 | |
| 磷酸化src抗体 | Cell Signaling Technology | 6943 | |
| src抗体 | Cell Signaling Technology | 2109 | |
| 磷酸化PLCγ抗体 | Cell Signaling Technology | 14008 | |
| PLCγ抗体 | Cell Signaling Technology | 5690 | |
| 磷酸化eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 3398 | |
| eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 5324 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| HMGB1抗体 | Cell Signaling Technology | 3935 | |
| Super ECL试剂盒 | ABP Biosciences | -- | |
| 细胞死亡检测 | Countess II细胞计数器 | ThermoFisher | -- |
| 慢病毒包装 | XtremeGene 9转染试剂 | Roche | -- |
| pMD2.G包装质粒 | Addgene | 12259 | |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| Toronto KnockOut (TKO) CRISPR文库-版本3 | Addgene | 90294 | |
| LentiCRISPRv2 puro | Addgene | 98290 | |
| pCDH-puro-cMyc | Addgene | 46970 | |
| 蛋白合成抑制检测 | 35S-甲硫氨酸 | Perkin Elmer | -- |
| ATP检测 | ATPlite发光检测试剂盒 | Perkin Elmer | -- |
| RNA提取 | QiaShredder试剂盒 | Qiagen | -- |
| RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- | |
| RT-qPCR | Power SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- |
| 钙电穿孔 | Bio-Rad 4mm电穿孔比色杯 | Bio-Rad | 165-2088 |
| BTX T820方波电穿孔仪 | -- | -- | |
| 药物处理 | 阿霉素 | Cayman Chemicals | -- |
| 星形孢菌素 | Cayman Chemicals | -- | |
| 雷帕霉素 | Cayman Chemicals | -- | |
| 紫草素 | Cayman Chemicals | -- | |
| 双甲氧基姜黄素 | Cayman Chemicals | -- | |
| 氟维司群/ICI 182,780 | Tocris Bioscience | -- | |
| 他莫昔芬/z-OHT | Tocris Bioscience | -- | |
| 离子霉素 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| Z-VAD-FMK | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 2-脱氧葡萄糖 | MedChemExpress USA | -- | |
| Q-VD-OPH | MedChemExpress USA | -- | |
| Nec-1 | MedChemExpress USA | -- | |
| GSK872 | MedChemExpress USA | -- | |
| 阿瑞匹坦 | MilliporeSigma | -- | |
| 恩格勒素A | MilliporeSigma | -- | |
| LTX-315 | -- | -- | |
| 荧光微孔板读取 | PHERAstar微孔板读取器 | BMG Labtech Inc. | -- |
| 蛋白合成抑制检测 | Whatman 540滤纸 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CRISPR筛选 | T47D细胞感染TKOv3文库的MOI、嘌呤霉素筛选浓度和时间、BHPI处理浓度和时间 阅读提示:Materials and Methods: CRISPR Screen |
| 细胞死亡检测 | 细胞系、ErSO浓度和处理时间 阅读提示:Materials and Methods: Trypan Blue Dye Exclusion Death Assay; Figure 2 legend |
| 钠内流检测 | 细胞系、ErSO浓度、染料浓度和检测时间 阅读提示:Materials and Methods: Sodium Influx Assay; Figure 2 legend |
| 小鼠异种移植瘤模型 | 细胞系、细胞数量、基质胶比例、肿瘤体积、ErSO剂量和给药途径 阅读提示:Materials and Methods: Mouse Xenograft Studies; Figure 3 legend |
| 免疫细胞激活检测 | 条件培养基制备方法(ErSO处理时间、洗涤、孵育时间)、THP-1细胞密度、迁移时间 阅读提示:Materials and Methods: THP-1 Migration Assay; Figure 7 legend |