体外验证精氨酸饥饿引起细胞周期停滞而非细胞死亡
评估ADI-PEG20单药对ASS1缺陷癌细胞增殖和生存的影响。
使用ADI-PEG20处理SKLMS1、SKMEL2和MG63细胞,检测增殖、细胞死亡和细胞周期分布。
BCL-XL Protects ASS1-Deficient Cancers from Arginine Starvation-Induced Apoptosis
包含体外细胞系实验(增殖、凋亡、蛋白表达)、机制验证(免疫共沉淀、PLA、基因敲低/过表达)及体内异种移植模型,多层级验证BCD-XL抑制与ADI-PEG20的协同作用。
SKLMS1人平滑肌肉瘤细胞系 SKMEL2人黑色素瘤细胞系 BVM02R小鼠横纹肌肉瘤细胞系(C57BL/6J小鼠异种移植模型) 多种人癌细胞系(RH28、SKUT1、LUPI、HT1080、DMS114、H69AR、MDAMB231等)
ADI-PEG20处理浓度(1 μg/mL)及处理时间(SKLMS1 6小时,SKMEL2 12小时) A1331852处理浓度(1 μmol/L)及联合处理方案 细胞系ASS1表达状态(ASS1阴性或低表达) 体内实验中ADI-PEG20给药剂量(9.6 mg/kg,肌内注射,每3天一次)和A1331852给药剂量(25 mg/kg,口服灌胃) 细胞死亡检测方法(YOYO-1染色、caspase-3/7活性检测)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ADI-PEG20单药对ASS1缺陷癌细胞增殖和生存的影响。
使用ADI-PEG20处理SKLMS1、SKMEL2和MG63细胞,检测增殖、细胞死亡和细胞周期分布。
确定哪个抗凋亡蛋白(BCL-2、MCL1、BCL-XL)的抑制能联合ADI-PEG20诱导细胞死亡。
使用MCL1抑制剂S63845、BCL-2抑制剂ABT199、BCL-2/BCL-XL抑制剂ABT737和BCL-XL选择性抑制剂A1331852,分别与ADI-PEG20联合处理SKLMS1和SKMEL2细胞,检测细胞存活率。
验证联合治疗是否通过破坏BCL-XL与BAX/BAK相互作用,增强BAX/BAK线粒体转位和凋亡。
通过免疫印迹检测凋亡相关蛋白表达,分离线粒体检测BAX/BAK线粒体定位,利用免疫共沉淀和PLA检测BCL-XL-BAX相互作用。
验证精氨酸饥饿通过抑制CDK2导致MCL1下调,从而致敏细胞对BCL-XL抑制。
检测CDK2表达和磷酸化、MCL1表达和磷酸化,并通过CDK2抑制剂K03861、基因敲低和过表达验证因果关系。
评估ADI-PEG20与A1331852在多种ASS1缺陷癌细胞系中的协同致死效应。
使用多株癌细胞系(ASS1阴性或低表达)检测联合治疗后的细胞死亡比例,并进行Bliss协同性分析。
评估ADI-PEG20与A1331852联合治疗在异种移植模型中的抗肿瘤效果。
将BVM02R细胞皮下植入C57BL/6J小鼠,分为四组,治疗20天,测量肿瘤体积、体重,并进行Ki-67免疫组化染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 最低必需培养基 | Gibco | 11095 |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875093 | |
| 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | 11965084 | |
| Iscove改良杜氏培养基 | Gibco | 12440046 | |
| 胎牛血清 | Bio-Techne | S11150 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140148 | |
| 支原体预防剂 | InvivoGen | ant-mpp | |
| 药物处理 | 聚乙二醇化精氨酸脱亚胺酶 | Polaris | -- |
| A1331852 | DC Chemicals | DC9296 | |
| 免疫印迹 | 细胞裂解液 | Cell Signaling Technology | 9803 |
| Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | 78440 | |
| 12-230 kDa分离模块 | ProteinSimple | SM-W004 | |
| 总蛋白检测试剂盒 | ProteinSimple | DM-TP01 | |
| BCL-XL抗体 | Cell Signaling Technology | 2764S | |
| BCL-2抗体 | Cell Signaling Technology | 4223S | |
| MCL1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-12756 | |
| Bim抗体 | Cell Signaling Technology | 2933 | |
| Puma抗体 | Cell Signaling Technology | 4976 | |
| BAX抗体 | Cell Signaling Technology | 5023 | |
| BAK抗体 | Cell Signaling Technology | 12105 | |
| VDAC1/Porin抗体 | Abcam | ab15895 | |
| Cleaved Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| Cleaved PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 5625 | |
| CDK2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6248 | |
| ME1抗体 | Sigma-Aldrich | SAB4501853 | |
| Phospho-CDK2 (Thr160)抗体 | Cell Signaling Technology | 2561 | |
| Phospho-Mcl-1 (Ser64)抗体 | Cell Signaling Technology | 13297 | |
| 基因敲低 | 对照siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-37007 |
| BAX siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-29212 | |
| CDK2 siRNA | Thermo Fisher Scientific | 4390824-S206 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 | |
| 基因过表达 | CDK2质粒 | Addgene | 1884 |
| MCL1质粒 | Addgene | 21605 | |
| MCL1-3A质粒 | Addgene | 197458 | |
| 空载体质粒 | Addgene | 200458 | |
| 卡那霉素 | Fisher Scientific | AAJ1792406 | |
| E.Z.N.A.质粒DNA Maxi试剂盒 | Omega Bio-tek, Inc. | D6922 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668027 | |
| 线粒体分离 | 线粒体分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 89874 |
| 活细胞成像 | Incucyte Nuclight红色慢病毒 | Sartorius | 4476 |
| 嘌呤霉素 | Fisher Scientific | A1113803 | |
| YOYO-1碘化物 | Thermo Fisher Scientific | Y3601 | |
| 细胞周期慢病毒探针 | Sartorius | 4779 | |
| Incucyte Caspase-3/7绿色染料 | Sartorius | 4440 | |
| 免疫组织化学 | 二甲苯 | Sigma | 247642 |
| 乙醇 | Fisher Scientific | A4094 | |
| 过氧化氢 | Sigma | H1009-5ML | |
| 柠檬酸盐抗原修复液 | Vector Laboratories | H-3300-250 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | A9418 | |
| 磷酸盐缓冲盐水 | Fisher Scientific | BP3991 | |
| Ki-67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| Tris缓冲盐水 | Fisher Scientific | BP2471-1 | |
| 吐温20 | Sigma | PT949 | |
| 抗兔二抗 | Jackson ImmunoResearch | 211-032-171 | |
| Cytoseal 60封片剂 | Epredia | 831016 | |
| 体内实验 | 数字卡尺 | Fisher Scientific | 15077958 |
| PHOSAL 50 PG | Lipoid | 78036 | |
| 聚乙二醇400 | MilliporeSigma | PX1286B-2 | |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 免疫共沉淀 | Dynabeads蛋白A磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 10006D |
| 抗BCL-XL抗体 | Cell Signaling Technology | 2764S | |
| 抗IgG | Invitrogen | 02-6300 | |
| NuPAGE LDS上样缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | NP0007 | |
| Mini-PROTEAN预制胶 | Bio-Rad | 4561094 | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | IPVH00010 | |
| GAPDH抗体 | Novus | NB300-221 | |
| 山羊抗兔IgG | The Jackson Laboratory | 111-035-144 | |
| 山羊抗小鼠IgG | The Jackson Laboratory | 111-035-146 | |
| 邻位连接分析 | 96孔玻璃底板 | Cellvis | P96-1.5H-N |
| Triton X-100 | MilliporeSigma | 1086431000 | |
| Duolink原位检测试剂盒(红色) | Thermo Fisher Scientific | DUO92008-100RXN | |
| 抗BCL-XL小鼠抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-11950 | |
| 抗BAX抗体 | Cell Signaling Technology | 2772S | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与药物处理 | 细胞系来源与培养基类型、血清浓度、抗生素浓度;ADI-PEG20浓度(1 μg/mL)及预处理时间(37°C,24小时);A1331852浓度(1 μmol/L) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture 部分 |
| 细胞死亡检测 | 检测方法(YOYO-1染色、caspase-3/7活性),检测时间点(24小时),细胞密度及处理时长 阅读提示:Materials and Methods: Automated image acquisition 部分;Figure 2 图注 |
| 免疫印迹 | 细胞接种密度(SKLMS1: 1×10^5,SKMEL2: 2×10^5),处理时间(SKLMS1: 6小时,SKMEL2: 12小时),抗体稀释比例及总蛋白归一化方法 阅读提示:Materials and Methods: Immunoblotting 部分;Figure 2 图注 |
| 免疫共沉淀与PLA | 细胞数量(2×10^6 种子于150 mm平板),处理时间(SKLMS1: 6小时,SKMEL2: 12小时),裂解液成分(CHAPS lysis buffer),抗体使用(抗BCL-XL、抗BAX) 阅读提示:Materials and Methods: Immunoprecipitation 和 Duolink proximity ligation assay 部分;Supplementary Figure S2 |
| 基因操作 | siRNA靶序列及转染试剂(Lipofectamine 3000),质粒来源(Addgene)及转染试剂(Lipofectamine 2000),转染后处理时间(48-72小时) 阅读提示:Materials and Methods: BAX and CDK2 knockdown 和 Gene overexpression 部分 |
| 体内实验 | 小鼠品系(C57BL/6J,雌性,4-6周龄),细胞接种量(5×10^6细胞),给药剂量(ADI-PEG20: 9.6 mg/kg肌内注射;A1331852: 25 mg/kg口服),治疗周期(20天),肿瘤体积计算公式,样本量(每组6只) 阅读提示:Materials and Methods: In vivo xenograft model 部分;Figure 6 图注 |
| 统计分析 | 统计软件(GraphPad Prism 9),数据表示(mean ± SD),样本量(n=3 体外,n=6 体内),使用的统计检验(配对t检验、two-way ANOVA) 阅读提示:Materials and Methods: Statistical analysis 部分 |