生化活性测定
验证RMC-6236对多种RAS变体的抑制活性
测定RMC-6236与CypA的结合亲和力(KD1),以及RMC-6236:CypA复合物与RAS变体的亲和力(KD2);通过TR-FRET检测RAS-RAF结合抑制。
Translational and Therapeutic Evaluation of RAS-GTP Inhibition by RMC-6236 in RAS-Driven Cancers
包含体外生化与细胞实验、多种异种移植模型、基因工程小鼠模型、患者样本及临床试验数据,并进行功能验证和机制研究。
KRAS突变的癌症细胞系(如HPAC、Capan-2) 小鼠异种移植模型(CDX和PDX) 自发性肺癌基因工程小鼠模型 同系小鼠肿瘤模型(eCT26) 患者(临床试验)
RMC-6236的给药剂量和方案(如25 mg/kg每日口服) KRAS突变类型(如KRASG12X)对敏感性的影响 肿瘤基因拷贝数改变(如KRASG12C扩增、CDKN2A缺失) 肿瘤内药物暴露水平与DUSP6抑制的关系 免疫环境(如CD8+ T细胞浸润)对疗效的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证RMC-6236对多种RAS变体的抑制活性
测定RMC-6236与CypA的结合亲和力(KD1),以及RMC-6236:CypA复合物与RAS变体的亲和力(KD2);通过TR-FRET检测RAS-RAF结合抑制。
评估RMC-6236对RAS突变癌细胞增殖和信号通路的影响
在多种癌细胞系中检测pERK抑制、细胞增殖抑制(EC50)和凋亡诱导。
评估RMC-6236在体内对肿瘤生长的抑制作用
在多种CDX和PDX模型中,口服给药RMC-6236,测量肿瘤体积变化和DUSP6表达。
建立药物暴露、药效和肿瘤生长抑制之间的关系,并预测临床剂量
使用Simeoni肿瘤生长模型和PK/PD模型分析数据,预测人体有效剂量。
评估RMC-6236在患者中的初步疗效和安全性
在I/Ib期临床试验中,两名KRASG12X患者接受RMC-6236 300mg每日治疗,评估肿瘤反应。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质纯化 | Superdex 75 10/300 GL | -- | -- |
| 蛋白质浓缩 | Amicon Ultra-4 30K离心过滤器 | Millipore Sigma | -- |
| 晶体筛选 | MRC 2结晶板 | -- | -- |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | -- | -- |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| HEPES | -- | -- | |
| 达尔伯克改良伊格尔培养基(DMEM) | -- | -- | |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 基质胶 | -- | -- | |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 药物处理 | RMC-6236 | Revolution Medicines | -- |
| 阿达格拉西布 | -- | -- | |
| 抗PD-1抗体(克隆RMP1-14) | -- | -- | |
| 分子检测 | AlphaLISA SureFire Ultra pERK1/2 (T202/Y204)检测试剂盒 | PerkinElmer | ALSU-PERK-A50K |
| MSD多阵列检测系统(磷酸化/总ERK1/2全细胞裂解液试剂盒) | Meso Scale Discovery | K15107D | |
| 细胞增殖检测 | CellTiter-Glo 2.0试剂 | Promega | G9243 |
| CellTiter-Glo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | G7572 | |
| 凋亡检测 | CaspaseGlo-3/7检测试剂盒 | Promega | G8092 |
| 蛋白质印迹 | MSD Tris裂解缓冲液 | Meso Scale Discovery | R60TX-2 |
| NP-40细胞裂解液 | Invitrogen | FNN0021 | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | -- | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | -- | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce | 23225 | |
| LDS上样缓冲液 | -- | -- | |
| 抗磷酸化p44/42 MAPK (ERK1/2) (T202/Y204)抗体 | Cell Signaling Technology | 9101 | |
| 抗p44/42 (ERK1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 9107 | |
| 抗pAKT (S473)抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 2920 | |
| 抗pS6 (S235/236)抗体 | Cell Signaling Technology | 2211 | |
| 抗S6抗体 | Cell Signaling Technology | 2317 | |
| 抗PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9542 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 抗vinculin抗体 | Cell Signaling Technology | 13901 | |
| 抗RAS抗体 | Abcam | ab108602 | |
| 抗KRAS抗体 | Sigma-Aldrich | WH0003845M1 | |
| 山羊抗兔IR800偶联二抗 | LI-COR | 926-32211 | |
| 山羊抗小鼠IR680偶联二抗 | LI-COR | 926-68070 | |
| 驴抗兔IR800偶联二抗 | LI-COR | 926-32213 | |
| 驴抗小鼠IR680偶联二抗 | LI-COR | 926-68072 | |
| 山羊抗兔IgG(H+L)HRP偶联二抗 | Thermo Fisher Scientific | 31462 | |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L)HRP偶联二抗 | Thermo Fisher Scientific | A16072 | |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| 反转录 | High-Capacity cDNA反转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368814 |
| qPCR | TaqMan基因表达预混液 | Applied Biosystems | 4369016 |
| 人DUSP6 TaqMan探针 (Hs00737962_m1) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 小鼠DUSP6 TaqMan探针 (Mm00518185_m1) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 人18S TaqMan探针 (Hs99999901_s1) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 小鼠18S TaqMan探针 (Mm03928990_g1) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DNA提取 | QIAamp DNA Mini试剂盒 | Qiagen | 51304 |
| 数字PCR | Naica系统用于微滴数字PCR | Stilla | -- |
| KRAS野生型检测试剂盒 (p.G12C) | apexbio | AA100902-WT | |
| KRAS突变型检测试剂盒 (p.G12C) | apexbio | AA100902-MU | |
| ACTB探针 | -- | -- | |
| 药物分析 | ACQUITY UPLC系统 | Waters | -- |
| Shimadzu UPLC系统 | Shimadzu | -- | |
| Sciex 5500三重四极杆质谱仪 | Sciex | -- | |
| Sciex 6500+三重四极杆质谱仪 | Sciex | -- | |
| Halo 90Å AQ-C18色谱柱 (2.1×50 mm) | Advanced Materials Technology | -- | |
| ACQUITY UPLC BEH C18色谱柱 (2.1×50 mm) | Waters | -- | |
| ACQUITY UPLC BEH C4色谱柱 (2.1×50 mm) | Waters | -- | |
| 维拉帕米 | -- | -- | |
| 塞来昔布 | -- | -- | |
| 格列本脲 | -- | -- | |
| 地塞米松 | -- | -- | |
| 特非那定 | -- | -- | |
| PK分析 | Phoenix WinNonLin(版本8.3) | Certara | -- |
| 免疫组化 | 抗EpCAM兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 14452 |
| 抗Ki-67兔单克隆抗体 | Biocare | CRM325 | |
| 抗磷酸化p44/42 MAPK (Erk1/2; Thr202/Tyr204)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗磷酸化组蛋白H3 (Ser10)兔多克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 9701 | |
| 抗磷酸化S6核糖体蛋白 (Ser235/236)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4858 | |
| Biocare过氧化物酶封闭液 | Biocare | PX968 | |
| 背景清除剂 | Biocare | BP974M | |
| MACH4 HRP聚合物检测系统 | Biocare | MRH534 | |
| Huron TissueScope LE120全玻片扫描仪 | Huron Technologies | -- | |
| 图像分析 | HALO图像分析软件 | Indica Labs | -- |
| 流式细胞术 | 小鼠BD Fc阻断剂(克隆2.4G2) | BD Pharmingen | -- |
| 蓝色死细胞染色试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| 抗CD45抗体(克隆30F11) | BD Biosciences | -- | |
| 抗CD19抗体(克隆1D3) | BD Biosciences | -- | |
| 抗CD8b抗体(克隆H35-17.2) | BD Biosciences | -- | |
| 抗Ly-6G抗体(克隆1A8) | BD Biosciences | -- | |
| 抗I-A/I-E抗体(克隆M5/114.15.2) | BD Biosciences | -- | |
| 抗CD3ε抗体(克隆145-2C11) | BioLegend | -- | |
| 抗CD4抗体(克隆GK1.5) | BioLegend | -- | |
| 抗CD11b抗体(克隆M1/70) | BioLegend | -- | |
| 抗F4/80抗体(克隆BM8) | BioLegend | -- | |
| 抗Ly-6C抗体(克隆HK1.4) | BioLegend | -- | |
| Cytek Aurora流式细胞仪 | Cytek Biosciences | -- | |
| SpectroFlo软件 | Cytek Biosciences | -- | |
| FlowJo软件 | FlowJo, LLC | -- | |
| 实验动物管理 | Studylog随机化软件 | -- | -- |
| gentleMACS组织处理器 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 其他 | GraphPad Prism 9 | GraphPad Software | -- |
| ComBat算法 | -- | -- | |
| dr4pl R包 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生化活性测定 | RMC-6236浓度、CypA浓度、RAS蛋白浓度 阅读提示:Methods: RAS-RAF TR-FRET |
| 细胞实验 | 细胞系、处理时间、RMC-6236浓度范围 阅读提示:Methods: In Vitro Assays |
| 体内药效实验 | 动物品系、细胞接种量、给药剂量和方案 阅读提示:Methods: In Vivo Studies |
| PK/PD研究 | 采样时间点、药物浓度测定方法 阅读提示:Methods: PK/PD Relationship |
| 临床研究 | 患者纳入标准、给药剂量、反应评估标准 阅读提示:Results: Clinical Cases |