生物信息学分析
评估不同肿瘤类型中ERBB2和CCNE1共扩增的频率。
使用TCGA Pan-Cancer和MD Anderson数据库的拷贝数和测序数据,应用DISCOVER检验分析ERBB2和CCNE1扩增的共现性。
Adavosertib Enhances Antitumor Activity of Trastuzumab Deruxtecan in HER2-Expressing Cancers
研究包含体外细胞系实验、体内PDX模型、组学数据分析(TCGA、MD Anderson)及药效学标志物检测,并进行了功能验证(基因敲低/过表达)和机制验证(DNA损伤、STING通路)。
HER2+乳腺癌细胞系(HCC-1954、MKN7等) HER2表达胃食管癌PDX模型(PDX.003.204、PDX.003.213、PDX.003.227、PDX.003.230) 其他HER2表达肿瘤PDX模型(子宫内膜神经内分泌癌PDX.003.368、结直肠癌PDX.003.396)
CCNE1和ERBB2的共扩增状态 细胞系中CCNE1的过表达或敲低 药物处理剂量和时间(如adavosertib 60 mg/kg,T-DXd 1/3/10 mg/kg,5天用药/2天停药) PDX模型的HER2表达水平和ERBB2突变状态 给药顺序和方案(如T-DXd每3周一次,adavosertib口服5天/2天)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估不同肿瘤类型中ERBB2和CCNE1共扩增的频率。
使用TCGA Pan-Cancer和MD Anderson数据库的拷贝数和测序数据,应用DISCOVER检验分析ERBB2和CCNE1扩增的共现性。
验证cyclin E表达水平对T-DXd敏感性的影响,并评估adavosertib与DXd/T-DXd的协同作用。
在HER2+细胞系中过表达或敲低CCNE1,进行细胞活力、凋亡和蛋白质印迹分析。
探索DXd/T-DXd诱导cyclin E表达以及联合adavosertib对DNA损伤和凋亡途径的影响。
用DXd、T-DXd、adavosertib单药或联合处理MKN7细胞,通过蛋白质印迹检测cyclin E、γH2AX、pCHK1等,并评估STING通路蛋白。
评估T-DXd联合adavosertib在HER2表达PDX模型中的抗肿瘤活性和生存获益。
建立HER2低或高表达的胃食管癌及其他肿瘤PDX模型,随机分组接受单药或联合治疗,监测肿瘤体积和EFS。
评估联合治疗对DNA损伤、增殖和凋亡标志物的影响,并分析蛋白表达差异。
对PDX肿瘤组织进行IHC检测γH2AX、pCHK1、pKap1、Ki67、cleaved caspase 3,并进行RPPA分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| Lonza支原体检测试剂盒 | Lonza | -- | |
| 药物处理 | Adavosertib | NCI Developmental Therapeutics Program | -- |
| DXd | MedChemExpress | -- | |
| 曲妥珠单抗 | MD Anderson Cancer Center Pharmacy | -- | |
| 曲妥珠单抗-德鲁替康 | MD Anderson Cancer Center Pharmacy | -- | |
| Western blot | 抗细胞周期蛋白B1抗体 | Cell Signaling Technology | 12231 |
| 抗细胞周期蛋白E1抗体 | Cell Signaling Technology | 20808 | |
| 抗CDK1抗体 | Cell Signaling Technology | 9116 | |
| 抗磷酸化CDK1抗体 | Cell Signaling Technology | 9114 | |
| 抗CDK2抗体 | Cell Signaling Technology | 2546 | |
| 抗磷酸化CDK2抗体 | Cell Signaling Technology | 2561 | |
| 抗磷酸化CHK1抗体 | Cell Signaling Technology | 2348 | |
| 抗H2AX抗体 | Cell Signaling Technology | 2595 | |
| 抗γH2AX抗体 | Cell Signaling Technology | 9718 | |
| 抗HER2抗体 | Cell Signaling Technology | 2242 | |
| 抗p21抗体 | Cell Signaling Technology | 2947 | |
| 抗p27抗体 | Cell Signaling Technology | 2552 | |
| 抗STING抗体 | Cell Signaling Technology | 13647 | |
| 抗磷酸化TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 5483 | |
| 抗TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 3504 | |
| 抗磷酸化IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 37829 | |
| 抗IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 11904 | |
| 抗磷酸化IKKαβ抗体 | Cell Signaling Technology | 2697 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A5441 | |
| 山羊抗兔Alexa Fluor-680二抗 | Life Technologies | A21076 | |
| 山羊抗小鼠Dylight-800二抗 | Rockland Immunochemicals | 610145-121 | |
| 细胞活力测定 | 磺基罗丹明B | -- | -- |
| Synergy 4酶标仪 | BioTek | SCR_019750 | |
| 数据分析 | CalcuSyn软件 | -- | SCR_020251 |
| 细胞培养 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白提取 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Western blot | Odyssey红外成像系统 | Li-Cor Biosciences | -- |
| DNA提取 | Qiagen DNA小提试剂盒 | Qiagen | -- |
| Qiagen血液小提试剂盒 | Qiagen | -- | |
| DNA定量 | Qubit 2.0 DNA高灵敏度定量 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 文库构建 | SureSelectXT低起始量试剂盒 | Agilent | -- |
| 外显子捕获 | Agilent全外显子组V4 | Agilent | -- |
| qPCR | QuantStudio 5系统 | Applied Biosystems | SCR_020240 |
| 测序 | Illumina NovaSeq S4测序仪 | Illumina | -- |
| 统计 | Prism 8软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA数据版本、MD Anderson数据库查询条件、DISCOVER检验参数 阅读提示:Materials and Methods: TCGA analysis, MD Anderson genomic sequencing analysis |
| 体外细胞实验 | 细胞系来源、培养条件、药物浓度范围、处理时间、细胞接种密度、重复数 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines, drugs, antibodies, and other reagents; Cell viability assay; Apoptosis assay |
| 基因操作 | CCNE1 shRNA序列、转染试剂、筛选浓度 阅读提示:Materials and Methods: Isogenic knockdown of cyclin E; Overexpression of cyclin E |
| 体内PDX实验 | PDX模型建立、治疗剂量和方案、给药方式、肿瘤体积测量方法、统计检验 阅读提示:Materials and Methods: In vivo studies; Treatment and schedule |
| 药效学分析 | IHC抗体、RPPA方法、染色评分标准 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry; Reverse-phase protein array (RPPA); Results: Pharmacodynamic effects |