胶质母细胞瘤中线粒体ClpP活化与HDAC1/2抑制诱导合成致死

Induction of Synthetic Lethality by Activation of Mitochondrial ClpP and Inhibition of HDAC1/2 in Glioblastoma

作者信息Trang T T Nguyen, Enyuan Shang, Salveena Schiffgens, Consuelo Torrini, Chang Shu, Hasan Orhan Akman, Varun V Prabhu, Joshua E Allen, Mike-Andrew Westhoff, Georg Karpel-Massler, Markus D Siegelin
PMID35417530
发布时间2022-05
DOI10.1158/1078-0432.CCR-21-2857

实验完整度

包含体外细胞实验、转录组分析、代谢示踪、体内PDX及同基因模型等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。

主要模型

患者来源的异种移植(PDX)胶质母细胞瘤细胞系(GBM12、GBM14、GBM43、GBM61) 胶质母细胞瘤细胞系(U251、NCH644) GL261小鼠胶质瘤同基因模型 原位异种移植胶质母细胞瘤模型

重点核对

ClpP蛋白酶活性状态(Y118A激活突变 vs D190A失活突变) HDAC1/2表达抑制(siRNA/shRNA)或药物抑制(罗米地辛、帕比司他) 组合治疗剂量与时间(ONC206 10 μmol/L、罗米地辛 2.5 nmol/L、帕比司他 0.2 μmol/L,处理24-72小时) 氧化磷酸化功能评估(Seahorse OCR、U-13C-葡萄糖示踪) 抗凋亡蛋白Bcl-xL和Mcl-1的表达水平及其干扰/过表达的影响

摘要

目的:针对成人最常见的原发性脑肿瘤——胶质母细胞瘤(GBM),寻找新的治疗靶点至关重要。我们发现ClpP活化与HDAC1/2抑制之间存在一种新的合成致死相互作用,该作用汇聚于GBM能量代谢。实验设计:利用患者来源的异种移植(PDX)GBM模型进行转录组、代谢物和U-13C-葡萄糖示踪分析。采用原位GBM模型进行体内研究。结果:我们发现,通过突变ClpP(Y118A)活化线粒体ClpP蛋白酶,或使用第二代亚胺吡啶酮类化合物(ONC206和ONC212),联合HDAC1和HDAC2的基因干扰以及全局(帕比司他)或选择性(罗米地辛)HDAC抑制剂,在GBM模型系统中引起细胞活力的协同降低,这种作用是通过干扰三羧酸循环活性和GBM细胞呼吸介导的。该效应部分通过激活凋亡以及主要由Bcl-xL和Mcl-1调控的 caspase 活化所介导。敲低ClpP蛋白酶或异位表达ClpP D190A突变体可分别显著逆转ClpP激活剂和联合治疗对氧化能量代谢的抑制以及细胞活力的降低。最后,利用GBM PDX模型,我们证明HDAC抑制剂和亚胺吡啶酮类化合物的联合治疗在体内比单药治疗或载体更有效地延长了宿主的生存期。结论:综上所述,这些观察结果表明,在人类GBM模型系统中,HDAC抑制剂的疗效可能通过ClpP激活剂显著增强。转化相关性:胶质母细胞瘤是成人中最常见的原发性脑肿瘤,鉴于标准治疗仅能为患者带来很小的临床获益,因此需要更好的治疗方法。组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACi),例如帕比司他,和亚胺吡啶酮类化合物(例如ONC201),已进入临床试验,并已知能穿透血脑屏障,这是胶质母细胞瘤治疗的关键先决条件。此外,这两种化合物均显示出抗胶质瘤活性,且已知ONC201在胶质母细胞瘤临床前模型系统中能增强标准治疗(即放疗)的疗效。目前的研究结果表明,第二代亚胺吡啶酮类化合物与HDACi的联合治疗在胶质母细胞瘤的相关疾病模型系统中发挥显著的抗胶质瘤活性。因此,应进一步在临床上考虑这种潜在有前景的治疗方案,无论是否联合标准治疗。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
本研究旨在探索通过激活线粒体ClpP蛋白酶联合抑制HDAC1/2是否能诱导胶质母细胞瘤的合成致死,并阐明其潜在机制。
核心机制
ClpP激活与HDAC1/2抑制协同通过干扰三羧酸循环活性和细胞呼吸,抑制氧化能量代谢,进而部分通过激活凋亡(受Bcl-xL和Mcl-1调控)发挥抗肿瘤作用。
主要证据
体外多种GBM细胞系(U251、NCH644、PDX细胞系)中,利用ClpP激活突变体(Y118A)、亚胺吡啶酮类化合物与HDAC抑制剂联合处理,均观察到细胞活力协同降低;体内原位PDX和GL261同基因模型中,联合治疗显著延长了荷瘤小鼠的生存期。
研究意义
研究提示HDAC抑制剂与ClpP激活剂(如亚胺吡啶酮类)的联合治疗方案在胶质母细胞瘤模型系统中具有增强的抗肿瘤活性,为未来的临床试验提供了理论基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

验证合成致死相互作用

验证ClpP激活与HDAC1/2抑制在GBM模型中是否存在合成致死效应。

利用遗传手段(ClpP Y118A突变体、HDAC1/2 shRNA/siRNA)和药理手段(亚胺吡啶酮类、罗米地辛、帕比司他)处理多种GBM细胞系,进行细胞活力分析。

2

表征细胞死亡模式

确定联合治疗诱导的细胞死亡是否具有凋亡特征及其对caspase的依赖性。

对处理后的GBM细胞进行Annexin V/PI染色和流式细胞术分析,并使用泛caspase抑制剂zVAD-fmk评估caspase依赖性。同时通过Western blot检测caspase-9, caspase-3和PARP的剪切。

3

评估抗凋亡Bcl-2家族蛋白的作用

探究Bcl-xL和Mcl-1在联合治疗诱导的细胞死亡中的作用。

检测联合处理后Bcl-xL和Mcl-1的蛋白和mRNA表达水平;通过siRNA沉默或腺病毒过表达Bcl-xL/Mcl-1,观察对细胞死亡的影响。

4

分析能量代谢干扰

验证联合治疗是否通过干扰氧化磷酸化和葡萄糖氧化来影响GBM细胞能量代谢。

利用Seahorse分析仪测定耗氧率(OCR),进行U-13C-葡萄糖示踪分析TCA循环代谢物,并通过Western blot检测呼吸链复合物表达。

5

验证ClpP蛋白酶依赖性

验证联合治疗的抗肿瘤和代谢效应是否依赖于线粒体ClpP蛋白酶。

通过siRNA/shRNA沉默ClpP,过表达失活突变体ClpP-D190A,或进行ClpP cDNA回补实验,观察对细胞活力、凋亡、OCR和呼吸链复合物表达的影响。

6

体内药效评估

评估联合治疗在体内GBM模型中的抗肿瘤疗效和安全性。

在皮下异种移植(GBM12, GBM43)、原位PDX(GBM12-luc)和同基因(GL261-luc)模型中评估单药和联合治疗的抗肿瘤效果,包括肿瘤体积、生存期和组织学分析。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Fisher ScientificMT10013CV
胎牛血清Gemini--
普利莫辛Invivogenant-pm-1
N-2添加剂Thermo Fisher17502048
StemPro NSC无血清培养基Thermo FisherA1050901
ONC201Chimerix Inc./Oncoceutics--
ONC206Chimerix Inc./Oncoceutics--
ONC212Chimerix Inc./Oncoceutics--
帕比司他MedchemExpressHY-10224
罗米地辛MedchemExpressHY-15149
Z-VAD-FMKSelleckchemS7023
ATP二钠盐SelleckchemS1985
CellTiter-Glo发光法细胞活力检测试剂盒PromegaG7571
CyQUANT细胞增殖检测试剂盒Thermo FisherC7026
FITC膜联蛋白V/碘化丙啶BD Biosciences556420
LSRII流式细胞仪BD--
Laemmli缓冲液Bio-Rad--
蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物Thermo Fisher78440
Azure (C300)成像系统Azure Biosystems--
Wes仪器ProteinSimple--
乙酰化组蛋白H3 (Lys27)抗体CST8173
组蛋白H3抗体CST14269
PARP抗体CST9532
cCP9抗体CST7237
cCP3抗体CST9665
β-肌动蛋白抗体Sigma AldrichA1978
Mcl-1抗体CST5453
Bcl-xL抗体CST2764
SDHA抗体Abcamab123545
OXPHOS抗体Abcamab110411
ClpP抗体Santa Cruz Biotechnology Incsc-271284
ClpX抗体Abcamab203694
羊抗兔IgG(H+L)二抗,HRPThermo Fisher31460
羊抗小鼠IgG(H+L)二抗,HRPThermo Fisher31430
HDAC1抗体CST34589
HDAC2抗体CST57156
Vinculin抗体Abcamab129002
miRNAeasy微型试剂盒QIAGEN217004
cDNA超混合试剂盒Quantabio101414-106
power SYBR green RT-PCR试剂盒Quantabio101414-276
Lipofectamine RNAiMAX转染试剂Invitrogen13778075
无葡萄糖、无谷氨酰胺、无酚红DMEMThermo FisherA1443001
U-13C6标记葡萄糖Cambridge Isotope Laboratories, IncCLM-1396-2
谷氨酰胺Fisher Scientific15410314
透析胎牛血清Thermo FisherA3382001
SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒CST9003
H3K27ac抗体CST4535
兔IgG抗体CST2729
XFe24细胞培养微孔板Agilent--
Seahorse XFe24分析仪Agilent--
线粒体压力检测试剂盒Agilent103015-100
Seahorse XF基础培养基Agilent102353-100
聚氧乙烯蓖麻油Sigma61791-12-6
乙醇Pharmco-Aaper200 Proof

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞活力测定
细胞系、药物浓度、处理时间(72小时)、细胞接种数量(3,000细胞/孔)、检测方法(CellTiter-Glo)
阅读提示:Materials and Methods: Cell viability assays; Figure 1 legends
凋亡检测
细胞系、药物浓度、处理时间(48小时)、凋亡检测方法(Annexin V/PI染色)
阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry; Figure 2 legends
蛋白质表达分析
细胞系、药物浓度、处理时间(24-48小时)、靶蛋白(caspase-9, caspase-3, PARP, Mcl-1, Bcl-xL等)、一抗来源和浓度
阅读提示:Materials and Methods: Western blot and protein capillary electrophoresis; Figure 2 and 3 legends
能量代谢分析
细胞系、药物浓度、处理时间(24小时)、Seahorse分析参数(OCR等)、U-13C-葡萄糖浓度
阅读提示:Materials and Methods: Extracellular flux analysis, Isotope tracing; Figure 4 legends
基因操作
siRNA/shRNA靶序列和来源、转染/转导方法、ClpP突变体(Y118A, D190A)构建、处理时间
阅读提示:Materials and Methods: siRNA transfection and lentivirus transduction; Figure 5 legends
体内实验
动物品系和数量、细胞系和接种数量、给药方案(药物、剂量、频率)、生存期观察终点
阅读提示:Materials and Methods: Subcutaneous xenograft, orthotopic glioblastoma PDX, and syngeneic model; Figure 6 legends