验证合成致死相互作用
验证ClpP激活与HDAC1/2抑制在GBM模型中是否存在合成致死效应。
利用遗传手段(ClpP Y118A突变体、HDAC1/2 shRNA/siRNA)和药理手段(亚胺吡啶酮类、罗米地辛、帕比司他)处理多种GBM细胞系,进行细胞活力分析。
Induction of Synthetic Lethality by Activation of Mitochondrial ClpP and Inhibition of HDAC1/2 in Glioblastoma
包含体外细胞实验、转录组分析、代谢示踪、体内PDX及同基因模型等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
患者来源的异种移植(PDX)胶质母细胞瘤细胞系(GBM12、GBM14、GBM43、GBM61) 胶质母细胞瘤细胞系(U251、NCH644) GL261小鼠胶质瘤同基因模型 原位异种移植胶质母细胞瘤模型
ClpP蛋白酶活性状态(Y118A激活突变 vs D190A失活突变) HDAC1/2表达抑制(siRNA/shRNA)或药物抑制(罗米地辛、帕比司他) 组合治疗剂量与时间(ONC206 10 μmol/L、罗米地辛 2.5 nmol/L、帕比司他 0.2 μmol/L,处理24-72小时) 氧化磷酸化功能评估(Seahorse OCR、U-13C-葡萄糖示踪) 抗凋亡蛋白Bcl-xL和Mcl-1的表达水平及其干扰/过表达的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ClpP激活与HDAC1/2抑制在GBM模型中是否存在合成致死效应。
利用遗传手段(ClpP Y118A突变体、HDAC1/2 shRNA/siRNA)和药理手段(亚胺吡啶酮类、罗米地辛、帕比司他)处理多种GBM细胞系,进行细胞活力分析。
确定联合治疗诱导的细胞死亡是否具有凋亡特征及其对caspase的依赖性。
对处理后的GBM细胞进行Annexin V/PI染色和流式细胞术分析,并使用泛caspase抑制剂zVAD-fmk评估caspase依赖性。同时通过Western blot检测caspase-9, caspase-3和PARP的剪切。
探究Bcl-xL和Mcl-1在联合治疗诱导的细胞死亡中的作用。
检测联合处理后Bcl-xL和Mcl-1的蛋白和mRNA表达水平;通过siRNA沉默或腺病毒过表达Bcl-xL/Mcl-1,观察对细胞死亡的影响。
验证联合治疗是否通过干扰氧化磷酸化和葡萄糖氧化来影响GBM细胞能量代谢。
利用Seahorse分析仪测定耗氧率(OCR),进行U-13C-葡萄糖示踪分析TCA循环代谢物,并通过Western blot检测呼吸链复合物表达。
验证联合治疗的抗肿瘤和代谢效应是否依赖于线粒体ClpP蛋白酶。
通过siRNA/shRNA沉默ClpP,过表达失活突变体ClpP-D190A,或进行ClpP cDNA回补实验,观察对细胞活力、凋亡、OCR和呼吸链复合物表达的影响。
评估联合治疗在体内GBM模型中的抗肿瘤疗效和安全性。
在皮下异种移植(GBM12, GBM43)、原位PDX(GBM12-luc)和同基因(GL261-luc)模型中评估单药和联合治疗的抗肿瘤效果,包括肿瘤体积、生存期和组织学分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Fisher Scientific | MT10013CV |
| 胎牛血清 | Gemini | -- | |
| 普利莫辛 | Invivogen | ant-pm-1 | |
| N-2添加剂 | Thermo Fisher | 17502048 | |
| StemPro NSC无血清培养基 | Thermo Fisher | A1050901 | |
| 药物处理 | ONC201 | Chimerix Inc./Oncoceutics | -- |
| ONC206 | Chimerix Inc./Oncoceutics | -- | |
| ONC212 | Chimerix Inc./Oncoceutics | -- | |
| 帕比司他 | MedchemExpress | HY-10224 | |
| 罗米地辛 | MedchemExpress | HY-15149 | |
| 细胞处理 | Z-VAD-FMK | Selleckchem | S7023 |
| ATP二钠盐 | Selleckchem | S1985 | |
| 细胞活力分析 | CellTiter-Glo发光法细胞活力检测试剂盒 | Promega | G7571 |
| CyQUANT细胞增殖检测试剂盒 | Thermo Fisher | C7026 | |
| 流式分析 | FITC膜联蛋白V/碘化丙啶 | BD Biosciences | 556420 |
| LSRII流式细胞仪 | BD | -- | |
| Western blot | Laemmli缓冲液 | Bio-Rad | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher | 78440 | |
| Azure (C300)成像系统 | Azure Biosystems | -- | |
| 蛋白毛细管电泳 | Wes仪器 | ProteinSimple | -- |
| Western blot | 乙酰化组蛋白H3 (Lys27)抗体 | CST | 8173 |
| 组蛋白H3抗体 | CST | 14269 | |
| PARP抗体 | CST | 9532 | |
| cCP9抗体 | CST | 7237 | |
| cCP3抗体 | CST | 9665 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Sigma Aldrich | A1978 | |
| Mcl-1抗体 | CST | 5453 | |
| Bcl-xL抗体 | CST | 2764 | |
| SDHA抗体 | Abcam | ab123545 | |
| OXPHOS抗体 | Abcam | ab110411 | |
| ClpP抗体 | Santa Cruz Biotechnology Inc | sc-271284 | |
| ClpX抗体 | Abcam | ab203694 | |
| 羊抗兔IgG(H+L)二抗,HRP | Thermo Fisher | 31460 | |
| 羊抗小鼠IgG(H+L)二抗,HRP | Thermo Fisher | 31430 | |
| 蛋白毛细管电泳 | HDAC1抗体 | CST | 34589 |
| HDAC2抗体 | CST | 57156 | |
| Vinculin抗体 | Abcam | ab129002 | |
| RT-qPCR | miRNAeasy微型试剂盒 | QIAGEN | 217004 |
| cDNA超混合试剂盒 | Quantabio | 101414-106 | |
| power SYBR green RT-PCR试剂盒 | Quantabio | 101414-276 | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778075 |
| 同位素示踪 | 无葡萄糖、无谷氨酰胺、无酚红DMEM | Thermo Fisher | A1443001 |
| U-13C6标记葡萄糖 | Cambridge Isotope Laboratories, Inc | CLM-1396-2 | |
| 谷氨酰胺 | Fisher Scientific | 15410314 | |
| 透析胎牛血清 | Thermo Fisher | A3382001 | |
| 染色质免疫沉淀 | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | CST | 9003 |
| H3K27ac抗体 | CST | 4535 | |
| 兔IgG抗体 | CST | 2729 | |
| 细胞外通量分析 | XFe24细胞培养微孔板 | Agilent | -- |
| Seahorse XFe24分析仪 | Agilent | -- | |
| 线粒体压力检测试剂盒 | Agilent | 103015-100 | |
| Seahorse XF基础培养基 | Agilent | 102353-100 | |
| 动物实验 | 聚氧乙烯蓖麻油 | Sigma | 61791-12-6 |
| 乙醇 | Pharmco-Aaper | 200 Proof |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力测定 | 细胞系、药物浓度、处理时间(72小时)、细胞接种数量(3,000细胞/孔)、检测方法(CellTiter-Glo) 阅读提示:Materials and Methods: Cell viability assays; Figure 1 legends |
| 凋亡检测 | 细胞系、药物浓度、处理时间(48小时)、凋亡检测方法(Annexin V/PI染色) 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry; Figure 2 legends |
| 蛋白质表达分析 | 细胞系、药物浓度、处理时间(24-48小时)、靶蛋白(caspase-9, caspase-3, PARP, Mcl-1, Bcl-xL等)、一抗来源和浓度 阅读提示:Materials and Methods: Western blot and protein capillary electrophoresis; Figure 2 and 3 legends |
| 能量代谢分析 | 细胞系、药物浓度、处理时间(24小时)、Seahorse分析参数(OCR等)、U-13C-葡萄糖浓度 阅读提示:Materials and Methods: Extracellular flux analysis, Isotope tracing; Figure 4 legends |
| 基因操作 | siRNA/shRNA靶序列和来源、转染/转导方法、ClpP突变体(Y118A, D190A)构建、处理时间 阅读提示:Materials and Methods: siRNA transfection and lentivirus transduction; Figure 5 legends |
| 体内实验 | 动物品系和数量、细胞系和接种数量、给药方案(药物、剂量、频率)、生存期观察终点 阅读提示:Materials and Methods: Subcutaneous xenograft, orthotopic glioblastoma PDX, and syngeneic model; Figure 6 legends |