解析BRAFV600E突变人脑胶质瘤对RAF抑制剂获得性耐药的机制

目的：选择性RAF靶向治疗对部分BRAFV600E突变胶质瘤患者有效，但通过机制不明的途径会出现新生性和适应性耐药。实验设计：获取了配对的治疗前/后RAF抑制剂（RAFi）治疗的胶质瘤样本（N=15），并使用DNA和RNA测序（RNA-seq）查询治疗中出现的基因组改变。使用已建立的源自患者的BRAFV600E突变胶质瘤细胞系对推定的耐药机制进行了功能验证。结果：对15对组织样本的分析发现，在9对样本中鉴定出13个赋予推定耐药的改变（包括涉及ERRFI1、BAP1、ANKHD1和MAP2K1的突变）。我们在BRAFV600E突变胶质瘤细胞系中对耐药机制进行了功能验证，包括NF1、PTEN或CBL的缺失，并证明它们能够在体外赋予耐药性。CBL敲低导致EGFR表达和磷酸化增加，这可能是维持细胞内ERK信号传导的一种机制。MEKi或EGFR抑制剂联合治疗能够分别在NF1敲低和CBL敲低中克服对BRAFi的耐药性。在B76细胞（PTEN−/−）中恢复野生型PTEN可恢复对BRAFi的敏感性。我们在一个耐药样本中识别并验证了CRAF上调是一种耐药机制。RNA-seq分析在耐药样本中识别出两种新出现的表达模式，与已知胶质瘤亚型的表达模式一致。结论：胶质瘤对BRAFi的耐药机制多种多样，可能预测有效的精准靶向治疗组合，强调了个体化方法的重要性。转化相关性：靶向治疗在临床中的应用日益增多。在胶质瘤的治疗中，重点一直放在使用RAF通路抑制剂上，但关于这些药物在胶质瘤中的耐药机制知之甚少。识别和表征对RAF抑制剂/MEK抑制剂的耐药机制是有效使用分子靶向药物治疗胶质瘤患者的关键一步。通过这组配对的胶质瘤标本，我们识别了一系列推定的基因组和适应性耐药机制。更重要的是，可以利用这些信息在进展时识别出可能具有临床疗效的不同靶向治疗组合。这些观察结果强调了全面基因组分析胶质瘤的重要性，以及优先考虑在靶向治疗进展后收集组织的重要性，尽管开颅手术有相关风险，但这是识别可靶向耐药机制的一种手段。