体外敏感性及组合筛选
评估奈拉替尼单药及与多种下游抑制剂联合对HER2+乳腺癌细胞生长的影响
使用六种乳腺癌细胞系,进行细胞活力测定(SRB法)评估单药及联合用药的IC50及组合指数(CI)。
Combining Neratinib with CDK4/6, mTOR, and MEK Inhibitors in Models of HER2-positive Cancer
包含体外细胞活力、集落形成、蛋白质印迹及体内PDX模型等多层级实验,并进行了RPPA蛋白质组学及网络适应性反应分析。
HER2+乳腺癌细胞系(BT-474、SK-BR-3、HCC-1954) 患者来源异种移植瘤(PDX)模型(TMR-248、MDA-PDX.003.025、B8086、MDA-PDX.003.087、MDA-PDX.003.164)
药物剂量:奈拉替尼10 mg/kg、依维莫司5 mg/kg、曲美替尼0.3 mg/kg、帕博西尼50 mg/kg(体内实验) 给药方式:口服管饲(100 μL),每日一次 PDX模型:5种,包括2个乳腺癌、2个结直肠癌和1个胃食管交界处腺癌,其中4个来自既往接受过HER2靶向治疗的患者 体外药物组合比例:奈拉替尼/阿培利司(0.11)、奈拉替尼/依维莫司(500)等 检测指标:肿瘤体积、事件无进展生存期(EFS)、RPPA蛋白质组分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估奈拉替尼单药及与多种下游抑制剂联合对HER2+乳腺癌细胞生长的影响
使用六种乳腺癌细胞系,进行细胞活力测定(SRB法)评估单药及联合用药的IC50及组合指数(CI)。
评估联合用药对细胞长期增殖或存活能力的影响
HCC-1954细胞进行集落形成实验,处理3周后固定染色,定量分析集落面积并计算基于Bliss模型的组合指数。
评估药物单用及联用对HER2下游MAPK和PI3K/Akt信号通路的影响
用Western blot检测处理HER2+细胞系后关键信号分子的磷酸化水平。
评估奈拉替尼单药及联合用药在HER2+ PDX模型中的抗肿瘤效果
将PDX组织块植入裸鼠,待肿瘤生长至约200 mm³后随机分组,每日给药,测量肿瘤体积并计算EFS。
探索联合用药增强疗效的潜在分子机制及适应性反应
收集处理后的PDX肿瘤组织进行RPPA分析,使用靶点得分算法评估对药物处理的网络水平适应性反应。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 奈拉替尼 | Puma Biotechnology Inc. | -- |
| 依维莫司 | NCI-Developmental Therapeutics Program | NSC733504 | |
| 曲美替尼 | NCI-Developmental Therapeutics Program | NSC758246 | |
| 帕博西尼 | Pfizer; NCI-Developmental Therapeutic Program | -- | |
| 阿培利司 | AACR PI3K SU2C Dream Team | -- | |
| -- | Selleck Chemicals | -- | |
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基/F-12 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 蛋白质印迹 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoFisher | -- |
| 0.2μm硝酸纤维素膜 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| Odyssey红外成像系统 | Li-Cor Biosciences | -- | |
| 细胞活力测定 | 磺基罗丹明B | -- | -- |
| 蛋白质印迹 | 抗HER2抗体 | Cell Signaling Technology | 2242 |
| 抗磷酸化Akt/T308抗体 | Cell Signaling Technology | 4056 | |
| 抗Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗磷酸化S6K1/T389抗体 | Cell Signaling Technology | 9234 | |
| 抗S6K1抗体 | Cell Signaling Technology | 9202 | |
| 抗磷酸化S6/S235/236抗体 | Cell Signaling Technology | 4858 | |
| 抗S6抗体 | Cell Signaling Technology | 2217 | |
| 抗磷酸化4E-BP1/S65抗体 | Cell Signaling Technology | 9456 | |
| 抗4E-BP1抗体 | Cell Signaling Technology | 9452 | |
| 抗磷酸化ERK1/2/T202/Y204抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| 抗磷酸化MEK1/2/S217/221抗体 | Cell Signaling Technology | 9154 | |
| 抗MEK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9126 | |
| 抗磷酸化Rb/S780抗体 | Cell Signaling Technology | 9307 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A5441 | |
| 山羊抗兔Alexa Fluor-680二抗 | Life Tech | A21076 | |
| 山羊抗小鼠Dylight-800二抗 | Rockland Immunochemicals | 610145-121 | |
| 细胞活力测定 | Synergy 4酶标仪 | BioTek | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism v6.05 | -- | -- |
| CalcuSyn程序 | -- | -- | |
| 集落形成实验 | ImageJ v.1.48 | NIH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外细胞活力测定 | 细胞系、细胞密度、处理时间、药物浓度范围、组合比例、分析软件及统计分析(t检验) 阅读提示:Methods: Cell viability assay; Figure legends |
| 集落形成实验 | 细胞系、细胞密度、药物浓度(如奈拉替尼5 nM、依维莫司0.1 nM等)、培养时间(3周)、换液频率(每周两次)、染色方法(结晶紫)及定量方法(ImageJ) 阅读提示:Methods: Colony formation assay; Figure 1D-G |
| 蛋白质印迹 | 细胞系、药物浓度(如奈拉替尼1 μM、依维莫司2 nM、曲美替尼0.2 μM、阿培利司1 μM、sapanisertib 0.2 μM)、处理时间(24小时)、上样量(20-50 μg/lane)、抗体稀释度、检测指标 阅读提示:Methods: Western blot analysis; Figure 2 |
| 体内PDX实验 | PDX模型、小鼠品系(裸鼠)、给药剂量(奈拉替尼10 mg/kg、依维莫司5 mg/kg、曲美替尼0.3 mg/kg、帕博西尼50 mg/kg)、给药方式(口服管饲)、给药频率(每日)、肿瘤体积计算公式、EFS定义、统计分析(one-way ANOVA) 阅读提示:Methods: In vivo studies; Table 1; Figure 3 |
| RPPA分析 | PDX肿瘤组织样本量(n=3-7)、蛋白质提取、RPPA平台、归一化方法、统计分析(LMEM,FDR<0.05) 阅读提示:Methods: RPPA Analysis; Figure 4 |