患者玻璃体样本lncRNA微阵列分析
筛选PDR中差异表达的lncRNA,并验证LINC02099的临床相关性。
对PDR患者(n=3)和对照(n=3)的玻璃体样本进行lncRNA微阵列分析,发现LINC02099显著上调;在独立队列(对照15例,PDR 22例)中通过RT-qPCR验证。
LINC02099 Promotes Retinal Extracellular Matrix Deposition in Diabetic Mice Via the miRNA-214-3p/CTSS Axis
包含体外Müller细胞高糖模型、体内STZ诱导糖尿病小鼠模型、患者玻璃体样本分析,以及功能验证(过表达/敲低)、机制验证(双荧光素酶报告、FISH、挽救实验)和功能评估(ERG)。
人Müller细胞系(MIO-M1) STZ诱导的糖尿病小鼠模型 PDR患者玻璃体样本 人视网膜血管内皮细胞、ARPE-19和视网膜周细胞(用于LINC02099表达谱分析)
高糖处理浓度25 mM D-葡萄糖,处理时间48-72小时 LINC02099过表达或敲低后检测纤连蛋白、Col-I、Col-IV表达 miR-214-3p mimic或抑制剂处理验证其对ECM的作用 双荧光素酶报告基因实验验证LINC02099与miR-214-3p、miR-214-3p与CTSS的直接结合 体内实验中LINC02099-AAV玻璃体注射剂量1 µg/µL,STZ剂量50 mg/kg连续5天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选PDR中差异表达的lncRNA,并验证LINC02099的临床相关性。
对PDR患者(n=3)和对照(n=3)的玻璃体样本进行lncRNA微阵列分析,发现LINC02099显著上调;在独立队列(对照15例,PDR 22例)中通过RT-qPCR验证。
研究LINC02099在HG条件下对Müller细胞ECM表达的影响。
使用MIO-M1细胞,HG(25 mM)处理,转染LINC02099 siRNA或质粒,检测ECM蛋白。
验证LINC02099是否直接结合miR-214-3p并作为ceRNA。
通过FISH共定位、双荧光素酶报告、RT-qPCR检测miR-214-3p表达对LINC02099敲低/过表达的响应。
验证miR-214-3p是否介导HG诱导的ECM表达。
转染miR-214-3p mimic或抑制剂,检测ECM蛋白表达。
验证CTSS是否为miR-214-3p的直接靶基因及其在ECM表达中的作用。
通过双荧光素酶报告、RT-qPCR和Western blot验证CTSS表达受miR-214-3p调控,并检测CTSS敲低/过表达对ECM的影响。
验证LINC02099在体内对糖尿病视网膜ECM沉积和视觉功能的影响。
通过玻璃体注射LINC02099-AAV或对照,2周后腹腔注射STZ诱导糖尿病,24周后检测视网膜ECM和ERG。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F12/DMEM培养基(1:1) | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Bovogen | -- | |
| D-葡萄糖 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 转染 | Lipofectamine2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ECL化学发光试剂盒 | Ncm | -- | |
| Tanon 5200 Multi成像系统 | Tanon | -- | |
| β-tubulin抗体 | Affinity | T0023 | |
| CTSS抗体 | Zenbio | 862673 | |
| 纤连蛋白抗体 | Abcam | ab2413 | |
| I型胶原抗体 | Proteintech | 14695-1-AP | |
| IV型胶原抗体 | Immunoway | YT5768 | |
| α-SMA抗体 | Proteintech | 14395-1-AP | |
| GFAP抗体 | Abcam | ab7260 | |
| 山羊抗兔IgG | Affinity | S0001 | |
| 山羊抗小鼠IgG | Affinity | S0002 | |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶检测系统 | Promega | E1910 |
| RT-qPCR | RNAiso试剂 | Takara | 9109 |
| PrimeScript RT试剂盒和gDNA Eraser试剂盒 | Agbio | AG11711 | |
| SYBR Green预混液qPCR试剂盒 | Agbio | AG11701 | |
| 荧光原位杂交 | LINC02099、miRNA-214-3p、18S、U6荧光探针 | Ribobio | -- |
| 动物实验 | 链脲佐菌素 | Sigma-Aldrich | V900890 |
| LINC02099-AAV | -- | -- | |
| 乱序对照序列 | -- | -- | |
| 视网膜电图 | Roland电生理仪 | Roland Consult | -- |
| 盐酸奥布卡因 | -- | -- | |
| 托吡卡胺 | -- | -- | |
| 免疫组化/免疫荧光 | 牛血清白蛋白 | -- | -- |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488二抗 | Abcam | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本分析 | 玻璃体样本收集、离心条件(12,000 × g,4°C,10分钟)、排除可见出血样本 阅读提示:Materials and Methods: Patient Selection |
| 体外高糖模型 | Müller细胞系(MIO-M1)、HG浓度(25 mM D-葡萄糖)、处理时间(48-72小时)、NG对照(5 mM)、转染浓度(50 nM) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture, Transfection of Müller Cells and High-Glucose Treatment |
| LINC02099与miR-214-3p结合验证 | FISH探针序列、双荧光素酶报告载体构建(WT/MUT)、miR-214-3p mimic浓度 阅读提示:Materials and Methods: Fluorescence In Situ Hybridization, Luciferase Reporter Assays |
| CTSS靶基因验证 | CTSS 3'UTR WT/MUT构建、miR-214-3p mimic共转染、CTSS表达检测 阅读提示:Materials and Methods: Luciferase Reporter Assays, Quantitative Real-Time PCR |
| 体内糖尿病模型 | 小鼠品系和性别(雄性,6-8周)、LINC02099-AAV玻璃体注射剂量(1 µL/眼,1 µg/µL)、STZ剂量(50 mg/kg,连续5天)、糖尿病判定标准(空腹血糖>250 mg/dL)、观察周期(24周) 阅读提示:Materials and Methods: Experimental Animals |
| 视觉功能评估 | ERG记录参数(暗适应过夜,3.0 cd·s/m2闪光刺激)、麻醉(戊巴比妥钠65 mg/kg) 阅读提示:Materials and Methods: Electroretinography |