EMB表达模式分析
探究EMB在肠道和神经系统中的表达定位。
利用公开的人类胚胎肠道scRNA-seq数据和Wnt1Cre-R26RTomato小鼠E15.5肠道scRNA-seq数据,以及免疫荧光染色,分析EMB在ENCCs、神经元、上皮细胞和间充质细胞中的表达。
EMB is essential for enteric nervous system development mediated by PI3K signaling
包含斑马鱼和小鼠基因敲除模型、体外ENCCs培养及迁移实验、外植肠管迁移、类器官共培养、体内时间序列成像、转录组分析和HSCR患者队列验证等多层级功能与机制验证。
斑马鱼emb敲除模型 小鼠Emb敲除模型 小鼠原代ENCCs培养体系 HSCR患者队列
Emb敲除斑马鱼中肠神经元数量减少且肠道传输延迟 Emb敲除小鼠中远端结肠神经节缺失和肠道扩张 Emb敲除ENCCs增殖和迁移能力下降 EMB与PPP2CA相互作用并将PP2A招募至细胞膜 PI3K/AKT激动剂740-Y-P和SC79可部分恢复斑马鱼emb突变体的ENS缺陷
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究EMB在肠道和神经系统中的表达定位。
利用公开的人类胚胎肠道scRNA-seq数据和Wnt1Cre-R26RTomato小鼠E15.5肠道scRNA-seq数据,以及免疫荧光染色,分析EMB在ENCCs、神经元、上皮细胞和间充质细胞中的表达。
在斑马鱼模型中验证emb在ENS发育中的必要性。
通过CRISPR/Cas9生成emb敲除斑马鱼,观察存活率、肠神经元数量、肠道传输功能及神经嵴细胞迁移。
在哺乳动物模型中验证Emb缺失是否导致类似HSCR的表型。
通过CRISPR/Cas9生成Emb敲除小鼠,观察基因型比例、结肠形态、神经节分布及ENCCs迁移。
确定Emb是否以细胞自主方式调控ENCCs的增殖和迁移。
分离培养E14.5野生型ENCCs,使用慢病毒介导的CRISPR-Cas9敲除Emb,进行神经球形成、CCK-8增殖实验和Transwell迁移实验;外植肠管迁移实验和细胞自主性验证。
在活体组织中观察Emb缺失对ENCCs迁移轨迹和速度的影响。
利用Sox10-tdTomato标记ENCCs的转基因小鼠,结合Emb敲除,进行离体培养的E12.5后肠组织的时间序列成像,分析ENCCs迁移轨迹和速度。
鉴定Emb调控ENCCs功能的信号通路。
对斑马鱼胚胎肠道和小鼠ENCCs进行RNA-seq,结合GO/KEGG富集分析,发现PI3K通路受到显著影响;进一步在N-2a细胞中验证Emb敲除对p-PI3K和p-AKT水平的影响,并使用PI3K/AKT激动剂(740-Y-P和SC79)进行功能挽救实验。
阐明EMB如何调控PI3K信号的分子机制。
通过IP-LC-MS/MS鉴定EMB相互作用蛋白,发现PPP2CA;Co-IP验证相互作用,免疫荧光观察共定位;细胞分级分离和磷酸酶活性测定分析PP2A的定位和活性变化。
评估EMB罕见变异是否与HSCR相关。
对两个HSCR队列(共214例患者)和对照(120例本地对照和gnomAD-EAS 8624例)进行EMB全部外显子的Sanger测序,筛选罕见变异,并评估变异功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 柠檬酸盐缓冲液 | Servicebio | G1202 |
| 抗EMB抗体 | Abcam | ab127692 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Servicebio | GB23303 | |
| DAB显色液 | Servicebio | GDP1061 | |
| 免疫荧光 | 抗Tuj1抗体 | Abcam | ab78078 |
| 驴抗兔IgG H&L (Alexa Fluor® 647) | Abcam | ab150075 | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L (Alexa Fluor® 488) | Abcam | ab150113 | |
| 斑马鱼实验 | 吗啉代反义寡核苷酸 | Genetools | -- |
| 抗HuC/D抗体 | Invitrogen | A-21271 | |
| 抗磷酸化组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 9701S | |
| 山羊抗小鼠IgG Alexa Fluor™ 488 | Invitrogen | A-11001 | |
| 山羊抗兔IgG Alexa Fluor™ 555 | Invitrogen | A-21428 | |
| 斑马鱼肠道传输实验 | 荧光聚苯乙烯微球 | Invitrogen | F13081 |
| 三卡因 | Sigma | E10521 | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026CN |
| 药物处理 | 740-Y-P | MedChemExpress | HY-P0175 |
| SC79 | MedChemExpress | HY-18749 | |
| 小鼠基因分型 | 一步法小鼠基因分型试剂盒 | Vazyme | PD101-01 |
| 免疫荧光 | 六色多重免疫荧光试剂盒 | Recordbio Biological Technology | RC0086-56RM |
| 抗p75NTR抗体 | Abcam | ab52987 | |
| 抗NESTIN抗体 | Abcam | ab81462 | |
| 抗E-钙粘蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗CK18抗体 | Proteintech | 66187-1-Ig | |
| 抗LGR5抗体 | Proteintech | 30007-1-AP | |
| 抗α-SMA抗体 | Proteintech | 55135-1-AP | |
| BrdU实验 | 溴脱氧尿苷 | Sigma-Aldrich | B5002 |
| 抗BrdU抗体 | Proteintech | 66241-1-lg | |
| CoraLite594偶联山羊抗小鼠lgG(H+L) | Proteintech | SA00013-3 | |
| 细胞培养 | Dispase II | Sigma | D4693 |
| 胶原酶IV | Yeasen | 40510ES60 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma | D4527-10KU | |
| DMEM/F-12培养基 | Gibco | -- | |
| N2添加剂 | Gibco | 17502048 | |
| B27添加剂 | Gibco | 17504044 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | PeproTech | 100-18B | |
| 表皮生长因子 | PeproTech | AF-100-15 | |
| 青霉素和链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 胰蛋白酶 | Servicebio | G4002 | |
| Transwell迁移实验 | Millicell悬挂式细胞培养小室 | Millipore | -- |
| 外植肠管迁移实验 | 胶质细胞源性神经营养因子 | PeproTech | 450-44-10UG |
| 抗Phox2b抗体 | Abcam | ab183741 | |
| DAPI | SouthernBiotech | 0100-20 | |
| 类器官培养 | 温和细胞解离试剂 | STEMCELL | 100-0485 |
| Advanced DMEM/F12培养基 | Gibco | 12634010 | |
| 谷氨酰胺添加剂 | Gibco | 35050061 | |
| HEPES缓冲液 | Gibco | 15630080 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma | 38520-57-9 | |
| R-spondin1 | Peprotech | 315-32-20UG | |
| Noggin | Peprotech | 250-38-20UG | |
| 视黄酸 | MedChemExpress | 302-79-4 | |
| 抗CD90抗体 | Proteintech | 84180-1-RR | |
| 抗CD73抗体 | Proteintech | 12231-1-AP | |
| 抗CD105抗体 | Proteintech | 84807-4-RR | |
| 抗ZO-1抗体 | Proteintech | 66452-1-Ig | |
| 转染 | Lipofectamine™ 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | 51985034 | |
| 免疫共沉淀 | 抗Flag抗体 | Abcam | ab205606 |
| Protein A/G磁性微珠 | MedChemExpress | HY-K0202 | |
| Western blot | 抗RET抗体 | Abcam | ab134100 |
| 抗PI3K抗体 | Cell Signaling Technology | 13666 | |
| 抗磷酸化PI3K抗体 | Cell Signaling Technology | 4228 | |
| 抗PPP2CA抗体 | abclonal | A6702 | |
| 抗磷酸化PPP2CA抗体 | abclonal | AP0927 | |
| 抗肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 磷酸酶活性测定 | 丝氨酸/苏氨酸磷酸酶检测系统 | Promega | -- |
| 免疫荧光 | 四色多重免疫荧光试剂盒 | Recordbio Biological Technology | RC0086-34RM |
| 设备 | 奥林巴斯BX53荧光显微镜 | Olympus | -- |
| ImageJ | -- | -- | |
| LSM 800共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| Axio Zoom.V16体视荧光显微镜 | Zeiss | -- | |
| Zeiss LSM710共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| SpectraMax 190酶标仪 | MD | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 斑马鱼emb敲除 | 斑马鱼品系(AB),sgRNA靶序列(GTTGTACTGGAGGACTGAGG),注射剂量,突变筛选方法 阅读提示:Methods: CRISPR/Cas9 mediated genome editing in zebrafish |
| 小鼠Emb敲除 | 小鼠品系(C57BL/6J),sgRNA靶序列(靶向外显子3),13bp缺失的确认,基因分型引物 阅读提示:Methods: Generation of Emb knockout mice |
| ENCCs原代培养 | 胚胎阶段(E14.5),消化酶组合及浓度,培养因子(bFGF、EGF)浓度,培养时间 阅读提示:Methods: Culture of primary ENCCs |
| ENCCs增殖和迁移实验 | CCK-8实验细胞密度(2.5x10^3),检测时间点,Transwell迁移实验细胞数(1x10^5)和培养时间(48h) 阅读提示:Methods: Cell viability test, Transwell migration assay |
| 斑马鱼PI3K/AKT激动剂处理 | 激动剂浓度(740-Y-P 5 μg/mL;SC79 1 μg/mL),处理时间(至5dpf) 阅读提示:Methods: PI3K/AKT agonist |
| HSCR队列变异分析 | 患者纳入标准,队列大小,EMB外显子扩增引物,罕见变异筛选标准 阅读提示:Methods: HSCR cohort and sample collection, Identify rare variants of EMB in HSCR patients |