EMB通过PI3K信号介导肠神经系统发育所必需

EMB is essential for enteric nervous system development mediated by PI3K signaling

作者信息Zhi Li, Didi Zhuansun, Xinyao Meng, Heying Yang, Jun Xiao, Yingjian Chen, Jing Wang, Xiaosi Yu, Zejian Li, Jingyi You, Xuyong Chen, Chenzhao Feng, Luyao Wu, Xufeng Chu, Weicheng Duan, Kang Wang, Zongzhe Li, Jinfa Tou, Lei Yu, Weibing Tang, Yuanmei Liu, Xuewu Jiang, Hongxia Ren, Mei Yu, Qiang Yin, Xiang Liu, Zhilin Xu, Dianming Wu, Chunlei Jiao, Donghai Yu, Xiaojuan Wu, Tianqi Zhu, Jixin Yang, Lei Xiang, Jing Wang, Qiong Wang, Bingyan Zhou, Di Wang, Ke Chen, Handan Mao, Bin Wang, Jianghua Zhan, Cong-Yi Wang, Wanjiang Zeng, Feng Chen, Bo Xiong, Jiexiong Feng
PMID40999499
发布时间2025-09
DOI10.1186/s13073-025-01538-1

实验完整度

包含斑马鱼和小鼠基因敲除模型、体外ENCCs培养及迁移实验、外植肠管迁移、类器官共培养、体内时间序列成像、转录组分析和HSCR患者队列验证等多层级功能与机制验证。

主要模型

斑马鱼emb敲除模型 小鼠Emb敲除模型 小鼠原代ENCCs培养体系 HSCR患者队列

重点核对

Emb敲除斑马鱼中肠神经元数量减少且肠道传输延迟 Emb敲除小鼠中远端结肠神经节缺失和肠道扩张 Emb敲除ENCCs增殖和迁移能力下降 EMB与PPP2CA相互作用并将PP2A招募至细胞膜 PI3K/AKT激动剂740-Y-P和SC79可部分恢复斑马鱼emb突变体的ENS缺陷

摘要

背景:肠神经系统(ENS)由肠神经嵴细胞(ENCCs)发育而来,在胃肠道的运动、分泌、血流和激素释放等多个方面发挥重要作用。ENS发育缺陷可导致多种疾病,包括以远端结肠神经细胞缺失为特征的无神经节细胞性巨结肠(HSCR)。在此,我们确定EMB为ENS发育的进化保守调节因子。方法:我们首先利用scRNA-seq数据和免疫荧光染色检测了EMB在人和小鼠肠道中的表达。为了研究其在ENS发育中的作用,我们构建了Emb敲除斑马鱼和小鼠模型。为了探索潜在机制,我们关注ENCCs,并使用外植肠道和类器官培养中的迁移实验分析了它们的增殖和迁移。最后,我们在HSCR患者队列中评估了罕见的EMB变异。结果:在斑马鱼中,emb缺失导致肠神经元数量减少和肠道传输能力受损。在小鼠中,Emb敲除导致类似HSCR的表型和缺陷。体外实验,包括外植小鼠肠道和类器官培养,表明EMB对ENCCs的增殖和迁移都是必需的。机制上,EMB结合并招募磷酸酶复合物PP2A到细胞膜,以促进PI3K-AKT通路的激活,从而促进ENCCs的发育。实际上,应用PI3K或AKT激动剂部分恢复斑马鱼emb突变体的ENS发育缺陷。此外,EMB的罕见变异可能有助于人类HSCR的病理。结论:EMB通过调节ENCCs的增殖和迁移对ENS发育是必需的。机制上,EMB将PP2A招募到细胞膜,减少细胞质去磷酸化活性,促进PI3K信号通路的激活。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
EMB是否在肠神经系统(ENS)发育中发挥必要作用,并阐明其潜在的分子机制。
核心机制
EMB结合并招募PP2A磷酸酶复合物至细胞膜,减少胞质中PP2A的活性,从而促进PI3K-AKT信号通路的激活,调控ENCCs的增殖和迁移。
主要证据
斑马鱼emb敲除导致肠神经元减少和肠道传输功能障碍;小鼠Emb敲除出现类似HSCR的表型;体外ENCCs培养、外植肠管迁移实验和类器官共培养证明EMB细胞自主性调控ENCCs增殖和迁移;IP-LC-MS/MS和Co-IP证实EMB与PPP2CA相互作用;PI3K/AKT激动剂可恢复斑马鱼emb突变体的部分缺陷。
研究意义
该研究揭示了EMB作为进化保守的ENS发育调控因子,通过空间调控PP2A来调节PI3K信号通路,为HSCR的遗传病因提供了新的见解,并指出EMB罕见变异可能作为低至中等外显率的风险因素参与HSCR的病理过程。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

EMB表达模式分析

探究EMB在肠道和神经系统中的表达定位。

利用公开的人类胚胎肠道scRNA-seq数据和Wnt1Cre-R26RTomato小鼠E15.5肠道scRNA-seq数据,以及免疫荧光染色,分析EMB在ENCCs、神经元、上皮细胞和间充质细胞中的表达。

2

斑马鱼emb功能缺失研究

在斑马鱼模型中验证emb在ENS发育中的必要性。

通过CRISPR/Cas9生成emb敲除斑马鱼,观察存活率、肠神经元数量、肠道传输功能及神经嵴细胞迁移。

3

小鼠Emb功能缺失研究

在哺乳动物模型中验证Emb缺失是否导致类似HSCR的表型。

通过CRISPR/Cas9生成Emb敲除小鼠,观察基因型比例、结肠形态、神经节分布及ENCCs迁移。

4

ENCCs体外功能研究

确定Emb是否以细胞自主方式调控ENCCs的增殖和迁移。

分离培养E14.5野生型ENCCs,使用慢病毒介导的CRISPR-Cas9敲除Emb,进行神经球形成、CCK-8增殖实验和Transwell迁移实验;外植肠管迁移实验和细胞自主性验证。

5

时间序列成像观察ENCCs迁移

在活体组织中观察Emb缺失对ENCCs迁移轨迹和速度的影响。

利用Sox10-tdTomato标记ENCCs的转基因小鼠,结合Emb敲除,进行离体培养的E12.5后肠组织的时间序列成像,分析ENCCs迁移轨迹和速度。

6

机制探究:RNA-seq和通路验证

鉴定Emb调控ENCCs功能的信号通路。

对斑马鱼胚胎肠道和小鼠ENCCs进行RNA-seq,结合GO/KEGG富集分析,发现PI3K通路受到显著影响;进一步在N-2a细胞中验证Emb敲除对p-PI3K和p-AKT水平的影响,并使用PI3K/AKT激动剂(740-Y-P和SC79)进行功能挽救实验。

7

机制探究:EMB与PP2A相互作用

阐明EMB如何调控PI3K信号的分子机制。

通过IP-LC-MS/MS鉴定EMB相互作用蛋白,发现PPP2CA;Co-IP验证相互作用,免疫荧光观察共定位;细胞分级分离和磷酸酶活性测定分析PP2A的定位和活性变化。

8

HSCR患者队列的EMB变异分析

评估EMB罕见变异是否与HSCR相关。

对两个HSCR队列(共214例患者)和对照(120例本地对照和gnomAD-EAS 8624例)进行EMB全部外显子的Sanger测序,筛选罕见变异,并评估变异功能。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
柠檬酸盐缓冲液ServicebioG1202
抗EMB抗体Abcamab127692
HRP标记的山羊抗兔IgGServicebioGB23303
DAB显色液ServicebioGDP1061
抗Tuj1抗体Abcamab78078
驴抗兔IgG H&L (Alexa Fluor® 647)Abcamab150075
山羊抗小鼠IgG H&L (Alexa Fluor® 488)Abcamab150113
吗啉代反义寡核苷酸Genetools--
抗HuC/D抗体InvitrogenA-21271
抗磷酸化组蛋白H3抗体Cell Signaling Technology9701S
山羊抗小鼠IgG Alexa Fluor™ 488InvitrogenA-11001
山羊抗兔IgG Alexa Fluor™ 555InvitrogenA-21428
荧光聚苯乙烯微球InvitrogenF13081
三卡因SigmaE10521
TRIzol试剂Invitrogen15596026CN
740-Y-PMedChemExpressHY-P0175
SC79MedChemExpressHY-18749
一步法小鼠基因分型试剂盒VazymePD101-01
六色多重免疫荧光试剂盒Recordbio Biological TechnologyRC0086-56RM
抗p75NTR抗体Abcamab52987
抗NESTIN抗体Abcamab81462
抗E-钙粘蛋白抗体Proteintech20874-1-AP
抗CK18抗体Proteintech66187-1-Ig
抗LGR5抗体Proteintech30007-1-AP
抗α-SMA抗体Proteintech55135-1-AP
溴脱氧尿苷Sigma-AldrichB5002
抗BrdU抗体Proteintech66241-1-lg
CoraLite594偶联山羊抗小鼠lgG(H+L)ProteintechSA00013-3
Dispase IISigmaD4693
胶原酶IVYeasen40510ES60
脱氧核糖核酸酶ISigmaD4527-10KU
DMEM/F-12培养基Gibco--
N2添加剂Gibco17502048
B27添加剂Gibco17504044
碱性成纤维细胞生长因子PeproTech100-18B
表皮生长因子PeproTechAF-100-15
青霉素和链霉素Gibco15140122
胰蛋白酶ServicebioG4002
Millicell悬挂式细胞培养小室Millipore--
胶质细胞源性神经营养因子PeproTech450-44-10UG
抗Phox2b抗体Abcamab183741
DAPISouthernBiotech0100-20
温和细胞解离试剂STEMCELL100-0485
Advanced DMEM/F12培养基Gibco12634010
谷氨酰胺添加剂Gibco35050061
HEPES缓冲液Gibco15630080
N-乙酰半胱氨酸Sigma38520-57-9
R-spondin1Peprotech315-32-20UG
NogginPeprotech250-38-20UG
视黄酸MedChemExpress302-79-4
抗CD90抗体Proteintech84180-1-RR
抗CD73抗体Proteintech12231-1-AP
抗CD105抗体Proteintech84807-4-RR
抗ZO-1抗体Proteintech66452-1-Ig
Lipofectamine™ 3000转染试剂InvitrogenL3000015
Opti-MEM培养基Gibco51985034
抗Flag抗体Abcamab205606
Protein A/G磁性微珠MedChemExpressHY-K0202
抗RET抗体Abcamab134100
抗PI3K抗体Cell Signaling Technology13666
抗磷酸化PI3K抗体Cell Signaling Technology4228
抗PPP2CA抗体abclonalA6702
抗磷酸化PPP2CA抗体abclonalAP0927
抗肌动蛋白抗体Proteintech66009-1-Ig
抗GAPDH抗体Proteintech60004-1-Ig
丝氨酸/苏氨酸磷酸酶检测系统Promega--
四色多重免疫荧光试剂盒Recordbio Biological TechnologyRC0086-34RM
奥林巴斯BX53荧光显微镜Olympus--
ImageJ----
LSM 800共聚焦显微镜Zeiss--
Axio Zoom.V16体视荧光显微镜Zeiss--
Zeiss LSM710共聚焦显微镜Zeiss--
SpectraMax 190酶标仪MD--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
斑马鱼emb敲除
斑马鱼品系(AB),sgRNA靶序列(GTTGTACTGGAGGACTGAGG),注射剂量,突变筛选方法
阅读提示:Methods: CRISPR/Cas9 mediated genome editing in zebrafish
小鼠Emb敲除
小鼠品系(C57BL/6J),sgRNA靶序列(靶向外显子3),13bp缺失的确认,基因分型引物
阅读提示:Methods: Generation of Emb knockout mice
ENCCs原代培养
胚胎阶段(E14.5),消化酶组合及浓度,培养因子(bFGF、EGF)浓度,培养时间
阅读提示:Methods: Culture of primary ENCCs
ENCCs增殖和迁移实验
CCK-8实验细胞密度(2.5x10^3),检测时间点,Transwell迁移实验细胞数(1x10^5)和培养时间(48h)
阅读提示:Methods: Cell viability test, Transwell migration assay
斑马鱼PI3K/AKT激动剂处理
激动剂浓度(740-Y-P 5 μg/mL;SC79 1 μg/mL),处理时间(至5dpf)
阅读提示:Methods: PI3K/AKT agonist
HSCR队列变异分析
患者纳入标准,队列大小,EMB外显子扩增引物,罕见变异筛选标准
阅读提示:Methods: HSCR cohort and sample collection, Identify rare variants of EMB in HSCR patients