G9a表达分析
检测G9a在多发性骨髓瘤细胞系和对照细胞中的表达水平及其与预后的关联。
通过qRT-PCR和Western blot分析多种多发性骨髓瘤细胞系和正常对照细胞(PBMCs和正常浆细胞)中G9a的mRNA和蛋白表达;利用CoMMpass数据库分析G9a表达与患者生存期之间的关系。
Frequent upregulation of G9a promotes RelB-dependent proliferation and survival in multiple myeloma
包含细胞系表达分析、shRNA敲低和抑制剂处理的功能实验、体内异种移植模型、RNA-seq转录组分析及回补实验等多层级验证。
多发性骨髓瘤细胞系KMS12BM、JJN3、RPMI 8226、KMS11、KMS12BM NSG-SGM3 (NSGS) 小鼠异种移植瘤模型 外周血单个核细胞(PBMCs)和正常浆细胞(CD38+ PBMCs)作为对照
G9a在多发性骨髓瘤细胞系中的表达上调及H3K9me1/2水平变化 shRNA敲低G9a的效率及对细胞增殖和集落形成的影响 UNC0642处理对细胞活力的IC50及H3K9me2和H3K9me1水平的影响 G9a敲低后RelB和p-RelB表达下调及Bim和BMF的转录上调 RelB回补对G9a敲低引起的增殖和体内肿瘤生长抑制的逆转作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测G9a在多发性骨髓瘤细胞系和对照细胞中的表达水平及其与预后的关联。
通过qRT-PCR和Western blot分析多种多发性骨髓瘤细胞系和正常对照细胞(PBMCs和正常浆细胞)中G9a的mRNA和蛋白表达;利用CoMMpass数据库分析G9a表达与患者生存期之间的关系。
评估G9a敲低对多发性骨髓瘤细胞增殖、集落形成和体内肿瘤生长的作用。
使用慢病毒转导shRNA敲低KMS12BM和JJN3细胞中的G9a,通过MTS和CellTiter-Glo检测细胞活力,通过甲基纤维素集落形成实验评估克隆形成能力,并建立皮下异种移植瘤模型监测肿瘤生长。
测试药理学抑制G9a/GLP对多发性骨髓瘤细胞活力和组蛋白甲基化的影响。
用不同浓度UNC0642处理多发性骨髓瘤细胞,测定IC50;用IC50浓度的UNC0642处理细胞,通过Western blot检测H3K9me1/2、RelB、p-RelB、Bim、NFKB2等蛋白表达,通过qRT-PCR检测RelB、BMF、Bim的mRNA水平。
探究G9a敲低后多发性骨髓瘤细胞中基因表达变化和信号通路影响。
对shG9a和shNT处理的KMS12BM细胞进行RNA-seq,通过差异表达分析和GSEA分析,鉴定受G9a调控的基因和信号通路,特别关注NF-κB通路。
验证RelB在介导G9a调控多发性骨髓瘤增殖和肿瘤生长中的功能作用。
在G9a敲低的KMS12BM和JJN3细胞中过表达RelB,检测细胞增殖和体内肿瘤生长是否恢复。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | BioWest | -- |
| DMEM高糖培养基 | BioWest | -- | |
| 胎牛血清 | HyClone | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 胰蛋白酶 | Thermo Scientific | 25200-056 | |
| 慢病毒转导 | Fugene6转染试剂 | Promega | E269A |
| Amicon Ultra-100浓缩管 | Millipore | UFC910024 | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CellTiter 96 AQueous One Solution (MTS) 细胞增殖检测试剂盒 | Promega | -- |
| CellTiter-Glo发光法细胞活力检测试剂盒 | Promega | -- | |
| 细胞培养 | 96孔板 | Nunc | -- |
| 细胞活力检测 | GraphPad Prism (v7.0)软件 | -- | -- |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| Complete Mini蛋白酶抑制剂和磷酸酶抑制剂 | Roche | -- | |
| NE-PER核和细胞质提取试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| PVDF膜 | Bio-Rad | -- | |
| EHMT2/G9a抗体 | abcam | ab185050 | |
| 二甲基组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 4658 | |
| 组蛋白H3K9me1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | 39681 | |
| 组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 4499 | |
| 三甲基组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 4909 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A2228 | |
| 磷酸化RelB抗体 | Cell Signaling Technology | 5025 | |
| RelB抗体 | Cell Signaling Technology | 10544 | |
| Bim抗体 | Cell Signaling Technology | 5392 | |
| NF-κB2抗体 | Cell Signaling Technology | 3017 | |
| HRP偶联抗兔二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| HRP偶联抗鼠二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| qRT-PCR | RNeasy小提试剂盒 | Qiagen | -- |
| iScript逆转录预混液 | Bio-Rad | -- | |
| SYBR绿 | -- | -- | |
| 集落形成实验 | 甲基纤维素培养基 (H4230, MethoCult) | StemCell Technologies | -- |
| 35毫米培养皿 | Corning | -- | |
| 奥林巴斯IX71倒置显微镜 | Olympus | -- | |
| DP71相机和DP Controller软件 | Olympus | -- | |
| RNA-seq | NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| Truseq RNA文库 | Illumina | -- | |
| Hiseq 4000测序平台 | Illumina | -- | |
| STAR (版本2.5.3a) 软件 | -- | -- | |
| Rsubread (版本1.34.1) 软件 | -- | -- | |
| DESeq2 (版本1.18.1) 软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| G9a表达分析 | 多发性骨髓瘤细胞系和对照细胞(PBMCs和正常浆细胞)的G9a表达水平;患者数据库中G9a表达与OS/PFS的关系 阅读提示:见Methods 'Cell culture' 和 'Western blot analysis',以及Figure 1及相关图注 |
| G9a敲低功能实验 | shRNA序列(shG9a#1、shG9a#2)及敲低效率;细胞增殖、集落形成和体内肿瘤生长的检测方法 阅读提示:见Methods 'Lentiviral transduction and gene silencing'、'Proliferation assay'、'Methylcellulose colony formation assay'和'in vivo tumor model',以及Figures 3和4 |
| UNC0642处理 | UNC0642的浓度范围、处理时间、IC50测定方法;对H3K9me1/2、RelB、p-RelB、Bim、NFKB2的影响 阅读提示:见Methods 'Cell viability assay'和Results 'G9a-dependent inhibitor sensitivity',以及Figure 2 |
| RNA-seq分析 | RNA-seq样本处理(shNT vs shG9a)、差异表达基因阈值、GSEA分析方法 阅读提示:见Methods 'RNA-Seq'、'Analysis of CoMMpass RNA-seq dataset',以及Figure 5 |
| RelB回补实验 | RelB过表达载体及效果;细胞增殖和体内肿瘤生长检测 阅读提示:见Methods 'Proliferation assay'和'in vivo tumor model',以及Figure 6 |