识别MHC-I候选调控因子
通过单细胞和公共数据识别与MHC-I表达相关的关键基因。
分析SCLC单细胞RNA-seq数据,通过拟时序分析和相关性分析,在多个SCLC队列中筛选出IFITM3。
IFITM3 enhances immunosensitivity via MHC-I regulation and is associated with the efficacy of anti-PD-1/-L1 therapy in SCLC
包含体外细胞实验、体内小鼠模型、患者样本分析及多组学数据,并明确功能验证和机制验证。
SCLC细胞系(NCI-H446, NCI-H69, NCI-H526, NCI-H82) RPP小鼠SCLC同系移植瘤模型 SCLC患者肿瘤样本(42例FFPE组织) SCLC患者临床队列(IMpower133、PH队列、Rochester队列)
IFITM3表达与MHC-I表达的正相关性 IFITM3过表达或敲低对MHC-I、TAP1、TAP2、B2M等表达的影响 IFITM3对CD8+ T细胞浸润和细胞毒性的影响 IFITM3表达与抗PD-1/PD-L1治疗临床结局(PFS)的关联 EG对IFITM3和MHC-I表达的诱导作用及其对PD-1抑制剂疗效的增强
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过单细胞和公共数据识别与MHC-I表达相关的关键基因。
分析SCLC单细胞RNA-seq数据,通过拟时序分析和相关性分析,在多个SCLC队列中筛选出IFITM3。
在SCLC细胞系中验证IFITM3对MHC-I及其相关基因的调控作用。
在NCI-H446、NCI-H69等细胞系中过表达或敲低IFITM3,通过RT-qPCR、Western blot和流式细胞术检测MHC-I相关基因和蛋白表达。
探索IFITM3表达水平与SCLC患者接受免疫治疗预后之间的关系。
分析IMpower133、PH队列和Rochester队列的RNA-seq和临床数据,以及42例患者肿瘤组织的IHC染色,评估IFITM3表达与PFS和ORR的关联。
在SCLC小鼠模型中测试IFITM3过表达或诱导是否增强抗PD-1疗效。
使用RPP小鼠SCLC细胞系构建皮下移植瘤模型,分别进行IFITM3过表达和EG处理,并联合抗PD-1抗体治疗,监测肿瘤生长和免疫细胞浸润。
揭示IFITM3上调MHC-I的具体分子机制。
通过RNA-seq、免疫荧光、亚细胞分级和Co-IP实验,确认IFITM3与NLRC5相互作用并促进其核转位,从而上调MHC-I。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| HITES培养基 | -- | -- | |
| 药物处理 | 地塞米松 | Sigma Aldrich | D4902 |
| 顺铂 | Accord Healthcare | 16729-288-11 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取与RT-qPCR | RNA快速提取试剂盒 | Feijie Bio | 220011 |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR036A | |
| SYBR Green预混液 | Takara | RR820A | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore Sigma | IPVH00010 |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| IFITM3抗体 | Proteintech | 11714-1-AP | |
| IFITM3抗体 | Abcam | ab15592 | |
| MHC-I抗体 | Proteintech | 15240-1-AP | |
| MHC-I抗体 | Proteintech | 66013-1-Ig | |
| MHC-I抗体 | Cell Signaling Technology | 35923 | |
| 慢病毒包装与转导 | 聚凝胺 | Beyotime | ST1380 |
| 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 | |
| 动物实验 | 基质胶 | Beyotime | C0383 |
| 抗小鼠PD-1抗体 | Hengrui Medicine Co. | HRP00262-012 | |
| 流式细胞术 | TruStain FcX阻断剂 | BioLegend | 422301 |
| 抗人HLA-ABC抗体 | BD Biosciences | 555553 | |
| 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi | 130-096-730 | |
| 白细胞活化混合物 | BD Biosciences | 550583 | |
| 抗CD16/CD32抗体 | BD Biosciences | 553141 | |
| 抗小鼠CD45抗体 | BD Biosciences | 557659 | |
| 抗小鼠CD3抗体 | BD Biosciences | 551163 | |
| 抗小鼠CD4抗体 | BD Biosciences | 563151 | |
| 抗小鼠CD8抗体 | BD Biosciences | 557959 | |
| 抗小鼠GZMB抗体 | Thermo Fisher Scientific | 12-8898-82 | |
| 抗小鼠CD69抗体 | BD Biosciences | 552879 | |
| 抗小鼠CD44抗体 | BD Biosciences | 563970 | |
| 活/死可固定死细胞染料 | BD Biosciences | 564406 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman | -- | |
| RNA测序 | Salmon | -- | -- |
| Ensembl 92注释 | -- | -- | |
| 亚细胞分级 | 培养细胞亚细胞蛋白分级分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 78840 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | A55865 | |
| 免疫共沉淀 | Dynabeads A磁珠 | Thermo Fisher | 10003D |
| Dynabeads G磁珠 | Thermo Fisher | 10001D | |
| NP40裂解液 | Thermo Fisher | J60766. | |
| 免疫荧光 | 多聚-D-赖氨酸 | Gibco | A3890401 |
| DAPI | -- | -- | |
| 封片剂 | DAKO | S3023 | |
| HA标签抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| MYC标签抗体 | Cell Signaling Technology | 2276 | |
| 山羊抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-21245 | |
| 山羊抗小鼠二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11001 | |
| 免疫组化 | IFITM3抗体 | Proteintech | 11714-1-AP |
| CD8抗体 | Proteintech | 15240-1-AP | |
| MHC-I抗体 | Proteintech | 66013-1-Ig |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC等)、培养基及添加物、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 药物处理 | 药物浓度(顺铂5和10μM,地塞米松1和10μM)、处理时间(24-48小时) 阅读提示:Methods: In vitro drug treatment |
| 转染 | 转染试剂(Lipofectamine 3000)、质粒或siRNA浓度、转染后孵育时间(48小时) 阅读提示:Methods: Plasmid DNA and SiRNA transfection |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒、反转录试剂盒、SYBR Green Master Mix、内参基因(GAPDH)、引物序列 阅读提示:Methods: RNA Preparation and RT-qPCR; Supplementary Table 2 |
| Western blot | 一抗信息(IFITM3、MHC-I、GAPDH等)、二抗、ECL检测系统 阅读提示:Methods: Western blot assays |
| 慢病毒转导 | shRNA序列、polybrene浓度(8 μg/mL)、嘌呤霉素浓度(1.0 μg/mL)、感染时间(6小时) 阅读提示:Methods: Lentiviral packaging and transduction of SCLC cells; Supplementary Table 2 |
| 动物模型 | 小鼠品系(BALB/c nude, C57BL/6)、年龄(6周龄)、性别(雄性)、细胞接种数量(2×10^6)、治疗起始体积(约100 mm³)、抗PD-1抗体剂量(10 mg/kg)、给药频率和周期、EG剂量(100 mg/kg/day)、给药途径(口服灌胃)、对照组设置 阅读提示:Methods: Animal model and treatment |
| 流式细胞术 | 抗体克隆和荧光标记(CD45, CD3, CD4, CD8, GZMB, CD69, CD44, live/dead)、刺激时间(4小时)、处理条件 阅读提示:Methods: Flow cytometry |
| 临床队列分析 | 临床数据来源(IMpower133, PH, Rochester队列)、治疗方法、PFS定义、IFITM3表达阈值(H-score>115)、统计方法(Kaplan-Meier、log-rank、Cox回归) 阅读提示:Methods: Analysis of public bulk RNA-seq data; Clinical sample collection and immunohistochemistry |