组织微环境的研究,对于我们更加全面的探索疾病的发生发展机制至关重要。10x Genomics 空间转录组的推出,为组织微环境的研究提供了有利的武器。但是,对于很多做分子实验的老师,缺乏病理实验的相关经验,对于切片,贴片,选择合适的切片进行后续实验,还是需要很多的摸索。而 10x CytAssist 的推出,将消除科研人员的后顾之忧。尽管放心大胆的去选择你满意的切片,然后再将该组织切片上的转录组分析物通过 CytAssist 平台转移到正式的 Visium 切片上,进而开展空间转录组捕获实验。
CytAssist 兼容的样本类型 1.FFPE 样本 FFPE 处理是目前长期保存病理样本的标准化方法,保存了大量的临床上患病和正常组织的样本资源,该样本代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料。很多 FFPE 样本已经贴在普通玻片上进行存档。利用 CytAssist 可以将普通玻片上的 FFPE 切片的转录组分析物转移到 Visium 芯片上,进行空间转录组的研究。此外,如果您的样本是以蜡块的方式保存,也可以先进行切片,通过 HE 染色或者免疫荧光染色,选取您想要研究的切片,再通过 CytAssist 进行转录组分析 2.TMA 芯片 对于 TMA 芯片,也可以通过 CytAssist 进行空间转录组分析物的转移,当然前提是 TMA 芯片的组织区域恰好在 Visium 芯片的捕获范围内。目前适配 CytAssist的Visium 芯片有 6.5mmX6.5mm 和 11mmX11mm 两种规格 3.新鲜冰冻的样本
目前,CytAssist 已经可以兼容新鲜冰冻的样本了。我们知道,之前新鲜冰冻样本捕获空间转录组信息是捕获的 mRNA 的 ployA 尾,给每一条 mRNA 加上一个位置标签。而通过 CytAssist 进行新鲜冰冻切片的空间转录组信息的捕获,其原理和 FFPE 样本是一样的,需要用探针与组织切片上的 mRNA 进行杂交,最终对探针进行捕获。基于这样的原理,也可以降低对新鲜冰冻样本 RIN 值的要求,只要 RIN 值大于 4 即可 4.甲醛固定的新鲜样本正如 10x 现在可以实现甲醛固定的新鲜样本进行单细胞转录组分析,类似的原理,我们可以对甲醛固定的新鲜样本进行空间转录组分析。这样会大大方便样本的储存和运输。 CytAssist 工作流程 在 Visium CytAssist 流程中,切片、脱蜡以及染色和成像 (H&E 或 IF) 的步骤是在标准载玻片上进行的。在探针杂交后,将两张标准载玻片和一张含两个捕获区域的 Visium 玻片放入 CytAssist 仪器中,让标准载玻片上的组织切片与两个 Visium 捕获区域的顶部对齐。仪器捕获明场图像,以提供空间定位用干数据分析,然后将转录组分析物与 Visium 玻片杂交。其余步骤 (从探针延伸开始) 按照 Visium FFPE 标准流程在仪器外进行。 上图展示的是 FFPE 样本在 CytAssist 上的工作流程。现在,经过 protocol 的优化,CytAssist FFPE 样本检测的试剂盒,现在同样可用于 FF 新鲜冷冻组织,操作指南已在 10x 官网上发布。对于新鲜冰冻样本,通过 CytAssist 进行空间转录组的捕获,是基于探针杂交的方式,因此不需要进行特定组织的优化,简化实现流程。 CytAssist 技术优势
CytAssist 数据展示 下表展示的是 10x Genomics 官方通过 CytAssist 进行 FFPE 空间转录组的实测数据,在基因中位数方面,数据表现良好。 |