11月15日, FDA批准了纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSKCC)的NGS肿瘤多基因分析检测平台IMPACTTM(Integrated Mutation Profiling of Actionable CancerTargets),可快速鉴定468个基因中的变异,以及基因组的其他分子变化情况,为后续治疗提供指导1。在这次审批中,本着对患者负责和对癌症治疗的革新, FDA与纽约州卫生局(NYSDOH)和MSKCC紧密合作,确保IMPACTTM的准确可靠和临床意义明确,为后续的癌症分子检验的发展铺平了道路。FDA用实际行动证明了:未来已来! MSK-IMPACTTM是一个灵活、全面的癌症基因检测平台, 适用于多达63种实体肿瘤类型,其检测样本为肿瘤的FFPE及相对应的正常组织2。 此前就有多达23篇论文发表,涵盖了从技术验证,到各种实体肿瘤类型的临床试验数据,而今年五月份在《自然·医学》发表的Mutational landscape of metastatic cancer revealed from prospective clinical sequencing of 10,000 patients3 这篇论文,对10336例患者进行了检测,为MSK-IMPACTTM获批铺平了道路。 这一现象预示着IVD的行政审批向科研发展靠近的创新之路,可见一个优秀的科研试验结果对相关产品的快速获批是大有裨益的。 在这一研究中,在1597名患者(15%)中都检测到了融合基因,其中最常见的分别是TMPRSS2-ERG、EGFRvIII、EML4-ALK和EWSR1-FLI13。 这篇论文的方法学部分记述,当遇到复杂的DNA重排,特别是基因融合伙伴不明确时,使用MSK-Solid Fusion 方法对从FFPE中提取到的RNA进行分析鉴定,采用的是Archer Dx公司的基于单端锚定多重扩增建库(AMP)技术的产品,检测35个基因的重排状态 。
图3. 这项研究中采用Archer Dx 的AMP技术检测复杂的DNA重排变异 这一检测产品已经通过纽约州卫生局的临床实验室评估项目的审核,并获准在纪念斯隆凯特琳癌症中心进行临床应用。纽约州卫生局为FDA批准的第三方体外诊断审查机构,审查包括类似于IMPACTTM 的检测。获得纽约州卫生局批准的NGS实验室无需向FDA单独提交510(k)申请。相关企业也可向纽约州卫生局申请,并将纽约州的审查备忘录和建议转交给FDA来通过510(k)许可。 AMP技术正是恒特基因首席科学家郑宗立博士在哈佛医学院麻省总医院工作期间,为解决融合基因检测困难而发明的。论文Anchored multiplex PCR for targetednext-generation sequencing4于2014年在《自然.医学》杂志上发表。该研究发现, AMP与当时的临床金标准FISH相比较,对非小细胞肺癌NSCLC中融合突变检测临床灵敏度和特异性均达到了100%,并对FISH无法判读的几个疑难病例做出了与临床治疗效果完全吻合的准确结论5,由此成为了麻省总医院唯一的NGS肿瘤基因检测技术。AMP于2016年底正式获得USPTO专利保护。AMP的技术专利由麻省总医院独家授权给Archer Dx公司进行商业推广。 肿瘤分子检测是技术为根基的行业。AMP在多年推广后,其先进性已为行业所公认。10月份发表在《Scientific Reports》的Detection of known and novel ALK fusiontranscripts in lung cancer patients using next-generation sequencing approaches6 将AMP与Ion的AmpliSeq进行了头对头PK,并以免疫组化(IHC)及荧光原位杂交(FISH)两种传统方法做为参照,结果AMP完胜。 图4.应用四种检测手段,对37例样本进行检测的头对头的比较6 所有37份样本(15份ALK阳性样本、22份ALK阴性样本)AMP均准确检出,与传统方法检测结果完全一致(37/37),并提供确切的融合伙伴及断点位置。而AmpliSeq的正确率只有67.6%(25/37),有2.7% (1/37)与传统方法不一致,29.7% (11/37) 结果不明确的。这些数据同时表明,AMP提供了一个可代替FISH的基因融合临床检测方案。 AmpliSeq不能正确检出的,AMP均准确检出,与传统方法检测结果完全一致。 当然,AMP的开发始于2011年,在一些方面仍未完善, 使用RNA模板检测基因融合与使用 DNA模板检测点突变需要分别进行。Archer Dx提供FusionPlexTM 及 VariantPlexTM 两个系列产品分别用于两类检测。 郑宗立博士归国后,于2016年创办了深圳恒特基因有限公司,开发了另一个技术PANO-SeqTM,对微量核酸具有更高的检测灵敏度,且在一个反应管中同时进行DNA和RNA建库,全面完成5种突变类型(点突变、插入缺失、DNA拷贝、融合、RNA表达)的检测。
参考文献资料: 1.https://www.fda.gov/newsevents/newsroom/pressannouncements/ucm585347.htm 2.https://www.accessdata.fda.gov/cdrh_docs/reviews/den170058.pdf 3.Mutational landscape of metastatic cancerrevealed fromprospective clinical sequencing of 10,000 patients. Ahmet Zehir etal., Nature Medicine. 2017 , 23 (6) :703-713. 4.AnchoredMultiplex PCR for Targeted Next-generation Sequencing. Zheng et al., NatureMedicine. 2014 , 20 (12) :1479-1484. 5.Crizotinibin ROS1-Rearranged Non Small Cell Lung Cancer. Shaw et al., The New England Journal of Medicine. 2014 , 371 (21) :1963-1971. 6.Detectionof known and novel ALK fusion transcripts in lung cancer patients usingnext-generation sequencing approaches. JAVendrell et al., Scientific Reports . 2017 , 7 (1):12510.
关于恒特基因: 恒特基因专注于癌症等医疗领域的高通量测序技术的开发及应用,利用PANO-SeqTM全景测序等高精度平台方案,为用户提供可靠有效的检测产品。
|