样本一次准备不齐，能先做一批，后面将多次结果整合在一起分析吗？

可以分开做，但由于批次与批次之间也是存在误差的，分开的话需要保证对照组一致，提供参考依据

可以，不过每批次都需要有对照，产物归一化处理

如果是通过是每个化合物都有内标，建立标准曲线得到的绝对浓度信息的靶向组学方法，多批次是可以接受的，但如果是非靶标或者相对定量的情况，尽量不要分成很多批次去做，推荐等样品收集全部好，在同一个批次下一次性检测完成。多批次会比较容易受到仪器状态的影响，虽然现在也有很多后期矫正的算法解决多批次的问题，但前提也需要做好质控，保证数据在采集时的高质量。