• 我要登录|
  • 免费注册
    |
  • 我的丁香通
    • 企业机构:
    • 成为企业机构
    • 个人用户:
    • 个人中心
  • 移动端
    移动端
丁香通 logo丁香实验_LOGO
搜实验

    大家都在搜

      大家都在搜

        0 人通过求购买到了急需的产品
        免费发布求购
        发布求购

        为什么做进化树会显示这个做不出来呀

        user-title

        dxy_o3jqgbgq

        图片描述图片描述



        wx-share
        分享

        3 个回答

        user-title

        huarenqiang5

        有帮助

        考虑可能是网站会将系列变成反向互补的系列。如果我们建树的系列是从Ncbi上下载来的。那么,目的系列最好也从网上下载。或者将提交的系列版相互补一下,再尝试建树试试。

        user-title

        sswei

        有帮助

        提示用于ML分析的数据不足,并且要验证一下相关序列。

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        这些信息提示在构建进化树时出现了几个问题:


        1. “No common sites found for computing distances.” 说明选定的替换选项(complete deletion 或 pairwise deletion)导致比较序列之间不存在足够的共有位点来计算距离。complete deletion 会删除所有包含任何空隙的位点,这可能导致丢失过多信息。pairwise deletion 虽然保留更多信息,但仍可能在某些序列对之间没有共有位点。这提示序列信息可能不足或 diversity 过高。


        2. “MEGA was unable to calculate the distance between one and several of the sequence pairs in the alignment.” 直接说明某些序列对之间无法计算出距离,提示序列间的差异可能过大或共有位点不足。这会导致难以构建包含这些序列对的进化树。


        3. “insufficient data available for ML analysis.” ML 分析需要较多的序列信息和共有位点,如果信息不足将难以进行 ML 分析以构建进化树。


        4. “Please validate your sequence data” 提示输入的序列数据可能存在问题,需要 double check 和验证序列的正确性、一致性以及是否适用于进化树分析。


        所以,这些信息集中提示要么序列信息本身不足,包含的共有位点或可比较区域不足,要么输入的序列数据存在一定问题。解决的方法包括:


        1. 收集更多序列数据以提供更丰富的信息。


        2. 选取更保守的序列区域进行分析,或使用更宽松的替换选项如 pairwise deletion 来保留更多共有位点。


        3. double check 输入序列的正确性和一致性,确保其适用于进化分析。


        4. 除 ML 分析外,还可以尝试其他方法如距离法构建进化树。ML 分析对数据要求较高,在信息不足时可先使用其他方法。


        5. 综合使用多种方法和工具,通过对比分析结果来提高结果的可信度。


        所以,这些提示信息为我们构建进化树提供了很好的诊断,通过以上方法可以提高分析的成功率和结果的可信度。

        user-title

        dxy_o3jqgbgquser-title

        所以是要用其他软件去重新做进化树吗 是这些序列的什么出了问题呀

        ad image
        提问
        扫一扫
        丁香实验小程序二维码
        实验小助手
        丁香实验公众号二维码
        扫码领资料
        反馈
        TOP
        打开小程序