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        利用GEO数据库做GSEA

        相关实验:基于 SPSS 的卡方检验

        user-title

        嘤嘤喵123

        请教下大家,我最近用GEO数据库做GSEA,很少有p值q值有意义的,请问下有大家和我一样的么,是什么原因呢,会不会是表达量差异太大(10-40000)呢?如何解决呢

         
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        3 个回答

        user-title

        sswei

        有帮助

        表达量差异过大所致。GSEA分析结果可以参考官方说明中的Interpreting GSEA Results部分,也可以参考gsea guide进行GSEA分析结果的解读。

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        可能是因为以下原因:

        样本量太小。GSEA需要大量的样本才能得到可靠的结果。如果您的样本数量太少,可能会导致结果不具有统计学显著性。

        基因集过于广泛或过于特定。如果您选择的基因集太广泛,可能会导致过多的基因被包含在内,从而降低了显著性。相反,如果您选择的基因集太特定,则可能会导致基因数量过少,使得分析结果不够准确。

        基因表达量差异太大。如果您的基因表达量差异太大,可能会导致某些基因无法被准确地分类到上调或下调的类别中,从而影响分析结果的准确性。

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        表达差异太大就会这样,可以尝试增加样本量

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