Snpstats最近能用吗？

可以正常使用的，SNP使用不了，可能是你输入不对

可以用，是不是你操作或设置的问题。试试在运行时加入--create-output-bam-index false 选项，不让它创建bam文件的索引文件。然后自己给bam文件创建索引。

如果在使用 SnpStats 过程中，遇到了 SNP 无法识别或无法计算的问题，可能有以下几个原因：

数据格式不符合要求：SnpStats 通常要求输入数据的格式为 PLINK 格式或者 PED/MAP 格式，如果数据格式不符合要求，则可能无法正确识别 SNP。

数据中存在缺失值或异常值：在进行 SNP 数据的分析时，如果数据中存在缺失值或异常值，可能会导致一些 SNP 无法被正确识别或计算，因此需要进行质量控制。

版本兼容性问题：SnpStats 更新较快，可能存在版本兼容性问题，需要注意软件包和软件版本的兼容性，如果软件包和软件版本不匹配，可能会导致无法正确识别 SNP。

如果您遇到了 SNP 无法识别或计算的问题，建议您可以尝试进行数据质量控制，检查数据格式是否符合要求，并查看软件包和软件版本是否匹配。同时，可以查阅 SnpStats 的相关文档和帮助文档，寻找解决方法。