大鼠脑组织免疫组化和测序

要么你就分开去做这两个实验，要么你就取一半大脑做免疫组化，另一半大脑做测序。

是否可以双侧大脑半球分开做，这样你的问题就解决了。

一般是脑组织一切为二，一半用于rt实验，另一半固定，走ihc流程

可以只用生理盐水灌注影响不大的

我觉得这两个实验不矛盾，建议：

1.大鼠麻醉取脑后，将大脑矢状位切为左右两个大脑半球

2.一个半球迅速分离你需要的脑组织，（其实做RT-PCR需要的组织量是非常少的，我们一般只要20mg），冷冻于液氮中，研磨后就可以提取总RNA了；

3.另一半球放入固定液中，固定足够长的时间，然后酒精中梯度脱水，石蜡包埋等一系列步骤就可以了。（我们大鼠一般都是要灌注固定的，但你RT要新鲜的组织就只能取脑后再固定了，我建议至少固定6h以上）

注意：取了脑后一定要先处理你要RT的那一半脑组织，动作尽量迅速，不然对提取的总RNA质量影响很大的。