TCGA数据库和GEPIA网站分析结果不同？！

1、样本数量差别较大

2、人群不同，年龄这些不同

3、芯片的结果与RNA-seq的结果还是有差异的

GEPIA网站和直接用TCGA数据库分析结果不一致的原因猜测如下:

1. GEPIA可能对样本进行了进一步筛选,排除了一些质量不佳的样本,使样本量减少,统计学检验力度变弱。

2. GEPIA可能对数据进行了额外的标准化或变换处理,这可能会影响差异的统计学显著性结果。

3. GEPIA的分析方法可能和您直接用TCGA工具箱的方法有差异,例如检验方法的选择等。

4. 您用TCGA工具箱分析结果如果经过了细致的处理,有较好的统计学意义,可以直接放入论文报告。

5. 或者两边结果同时报告,说明不同地发现的原因所在。

两个网站分析结果不同可能是采用的不同的分析方法，如果放在文章里，应该选用有效分析的分析结果。