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        用Haploview做单倍体型分析的一些困惑

        相关实验:基于乳剂多聚酶链反应的分子 单倍型分析方法实验

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        陌上花开XYDW

        用23个tagger基因又做了单倍体型分析,得到了三个block,结果如下,想问下以下的结果该如何解读,以及这里的P值需要再矫正吗图片描述

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        3 个回答

        user-title

        晓雨知春来

        有帮助

        在你提供的结果中,没有看到明确的多重比较校正方法。在进行p值的解读时,要注意是否进行了校正。如果没有进行校正,结果中的p值应被视为初步的,并需要进一步验证。

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        土井挞克树

        有帮助

        这里的p值是校正后的,不需要校正了

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        1. 结果解读:根据你的描述,你使用了23个tagger基因进行单倍体型分析,并得到了三个block。每个block中包含了不同的单倍体型(Haplotype)和频率(Frec)。每个block后面列出了对应的Case和Control的比例,以及Chi Square检验的p值。

        2. P值的校正:对于多重比较或多个统计检验,通常会对p值进行校正,以控制错误发现率。在你提供的结果中,没有看到明确的多重比较校正方法。在进行p值的解读时,要注意是否进行了校正。如果没有进行校正,结果中的p值应被视为初步的,并需要进一步验证。

        3. 进一步分析:根据结果,你可以进一步分析每个block中不同单倍体型的频率和其与疾病或特定特征的关联。可以计算每个单倍体型的风险比或风险度,并进行统计学上的比较。这有助于评估单倍体型与疾病或特征之间的相关性。

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