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        关于chip-seq或者cut-tag的问题

        相关实验:转录调节蛋白与 DNA 的结合分析实验

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        飞天幻雪

        想研究一个新发现的转路因子在某种细胞里面调控哪些基因的表达,以前看大家都是用的chip-seq做实验室,最近不是出来了一个新的方法cut-tag吗?有没有有经验的大佬帮忙指导一下这个实验呀,我做了两次,第一次是阴性对照竟然有很强的信号,而实验组和阳性对照都信号很弱,一直不知道哪里出了问题,但如果看峰图的话阳性对照还是和实验组有区别的,也不知道最后测出来的那一堆基因是否靠谱,想请教有经验的帮忙分析一下chip-seq这个实验的要点或者有cut-tag的更好了,非常希望有研究转录调节因子功能预测与分析的行家给予经验

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        3 个回答

        user-title

        府宅

        有帮助

        ChIP-seq可以不设置生物学重复;如果设置生物学重复,要尽可能增加重复个数。

        user-title

        dxy_gwrp7ndq

        有帮助

        大多数IgG抗体与转录因子或组蛋白抗体不是来源于同一动物的免疫前血清。IgG通常能富集到很少的DNA,导致后期建库过程中PCR循环数增加,不能达到作为对照去除背景噪音的目的。Input可以很好的避免上述问题,起到去除背景噪音的作用。此外通过IP与input比较可以验证染色质断裂效果。

        user-title

        dxywode

        有帮助

        ChIP-seq:利用染色质免疫共沉淀 +高通量测序研究某种蛋白质结合的基因组区域。

        CUT&Tag技术的基本原理为:在抗体引导下,ChiTag酶仅在目的组蛋白修饰标志、转录因子或染色质调控蛋白结合染色质的局部进行目的DNA的片段化,同时添加测序接头,并释放到细胞外。由于绝大部分无关的染色质还留在细胞核内,因此整个实验的信噪比大幅提高,同时简化了实验步骤。该方法可一管式高通量应用,并可与单细胞测序平台“无缝”结合。ChiTag酶在打断基因组的同时加上接头,不需要繁琐的补平加A加接头,在一天内可以完成从细胞到测序文库制备全流程。

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