目的蛋白和内参实测分子量都比预期大是什么原因？
丁香实验
最近在跑一个17kd的小分子蛋白，胶用的是12%的浓缩胶，但是每次wb结果内参和目的蛋白都比Marker位置高，目的蛋白预测值在17kd左右，实测值在26kd左右，内参用的gapdh，预测值在36kd左右，实测值在54kd左右，各位大佬帮帮忙，到底是什么原因导致的呢？
19 个回答
一支肾上腺素
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因为内参有好几种，分子量差别也比较大，更换分子量与检测蛋白差距更大的内参就可以避免这个问题。
红格子一号
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可能在体内经过了翻译后修饰，被修饰上了其他的东西，
ZZDX-YILILI
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1.确定下蛋白是内源蛋白还是重组蛋白。
2.确定下你的蛋白是不是存在不同亚型。
3.确定目的蛋白是否存在翻译后修饰。
4是不是多聚体蛋白。
dxy_bq4uxnd
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如果大的不多的话可能是正常现象，蛋白质在体内都会经过修饰，大小会发生变化，如果偏差太大会不会是蛋白marker有问题
水深先试浅
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电压设置问题吧，或者分离胶配制不够合理导致的
verbalkint
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和胶的成分有关，一定要混匀；另外有可能是marker的问题。如果全都偏大其实对结果影响不大
隔壁家的小夜猫子
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浓缩胶的浓度没记错的话应该是6或者更低吧，而且PH低，你这个应该就是没浓缩好的时候marker就分开了，所以marker不准了
小布丁瑶瑶
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可以先用一抗孵育显色和检测，再用Strip缓冲液洗掉膜上的抗体，重新进行内参的抗体孵育显色检测。这样也可以将检测蛋白和内参显色在同一张膜上
dxy_h7vcp8v3
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目的蛋白跑胶比自己目的蛋白条带高，首先仔细检查是否大的那个蛋白是你自己的目的蛋白。如果是，检查PAGE胶是否制备错误，可以选择15%的凝胶在跑一次，如果还是大，检查样品buffer里是否混有与蛋白结合的杂质DNA或者杂蛋白，导致蛋白条带偏大。其次，跑胶时带一个别人的蛋白质确定下自己的胶没有问题。最后，检查蛋白marker，是否自己看错条带。
dxy_pni5ki46
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没有图不好判断，不过gapdh验证的太多了抗体没问题的话条带大小肯定是30-40kda间，目的蛋白和gapdh都差这么多我觉得首先检查marker的问题，换了试一试，还有不知道缓冲体系是什么，我们有次一开始用预制胶的时候缓冲体系错了跑的蛋白大小也出了问题
dxy_pggo2lp2
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如果是做WB，我到时遇见过这种问题。说明书上写的是蛋白可能形成聚体导致分子量变大。不知道能不能回答你的问题
dxy_4uyyu09r
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分离胶的浓度呢？本人经验觉得分离胶影响更大一些，而且你这个没有图片，很难判断你这个误差是不是在接受的范围。我以前也遇到过这种情况，感觉是正常的条带
z流沙z
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marker一般匹配10%的胶，但不会说差这么多，目的蛋白可能有修饰，但内参也不应该，考虑换个内参再试试
dxy_w4oj7yoe
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浓缩胶一般是4%，你说的12%应该指的是分离胶？如果是12%的浓缩胶那你跑胶就有问题了。你的目的蛋白和内参都比预期大，那我觉得可能是marker不准确，如果想确定分子量的话，可以跑一个静态光散射，或者打质谱
飞天幻雪
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这个有误差是很正常的情况，只要条带特异性好。一般没问题。你这个误差稍微大了一点，建议再找一个不同大小的marker或者直接这个marker在加样的两侧多跑一个。看看到底是问题出在哪，如果还是明显大的话，可以考虑换一换胶的浓度
cathyxjjxjj
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可能有部分蛋白还原导致亚基解离和聚集
Guoood
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遇到这种情况建议换一种maker试试，或者取另一种marker与现用marker同时在一块胶两侧上样，看位置是否一致，排除marker指示错误的问题。
bamboopiggy
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1.你确定你没有弄错marker？如果没有弄错marker，2.可能就要去看你抗体的说明书了，抗体说明书一般会标注预测分子量的大小，和抗体实际能检测到的分子量的大小。 所以对于第一次用的抗体，我一般会跑全膜看一下位置，尤其是说明书说的很含糊的那种。
vae1476
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跑胶时间多久？电压大小，都会影响位置，但一般差不了这么多，marker准吗？会不会用错了marker
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