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        如何根据保守序列设计简并引物?

        相关实验:PCR 引物设计及评价实验

        user-title

        dxy_367hue85

        根据mega的序列对比,找到有星号※的部分,怎样设计简并引物,需要通过primer5.0软件可以吗?

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        3 个回答

        user-title

        junyong151

        有帮助

        设计简并引物至少需要上下游各有一个保守区域, 且两个保守区域相距50~400个氨基酸残基为宜, 使得PCR产物在150~1200bp之间,最重要的是每一个保守区域至少有6个氨基酸的保守区,因为每条引物至少18bp左右。

        若比对结果保守性不是很强很可能找不到6个氨基酸序列的保守区,这时可以根据物种的亲缘关系,选择亲缘关系近的物种进行二次比对,若保守性仍达不到要求,则需进行三次比对,总之,究竟要选多少序列来比对,要根据前一次的结果反复调整。最终目的就是有两个6个氨基酸且两者间距离合适的保守区域。

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        可以的,

        1. 利用软件搜索不同物种 中同一目的基因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列。

        2. 对所找到的序列进行多序列比对。

        3. 确定合适的保守区域。

        4. 利用软件 设计引物。

        5. 对引物的修饰

        user-title

        Dr_劉医生

        有帮助

        可以,把目的SNP上下游的序列下载,就是用PRIMER设计引物的

        user-title

        dxy_367hue85user-title

        您好,十分感谢您的回答,但是我不太明白怎么操作,可以具体讲一下下载目的SNP上下游的序列的原因以及如何操作吗?我是想寻找某一物种的特定酶序列,但是目前基因库里没有这个物种的酶序列,我找到了它的同源物种的这个酶序列,将同源物种的酶基因进行比对,找到了保守序列,想根据保守序列设计简并引物,进而进行pcr扩增,而且我的保守序列不是核苷酸的模式,设计引物需要转化核苷酸序列吗?可以讲讲具体的操作吗?我懂的很少,希望您能具体讲一下,感谢!😊

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