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        求助LC/MS检测circRNA翻译产物的问题

        相关实验:全基因组CRISPR-Cas9基因敲除和转录激活筛选实验

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        泥炫彩001

        原文链接

        https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6440158/#

        本文作者利用circRNA-seq技术探索到一个感兴趣的circRNA,circPPPR12A,

        其中fig5e中作者利用pulldown技术拉下次该circRNA可能翻译的多肽和Flag的融合蛋白,并进行后续的LC/MS氨基酸测序,我的问题是

        1.fig5f上没什么没有flg的标记呢?

        因为切下来的应该是带有flag的融合蛋白,后续的检测应该带有flag的标签,

        2.fig5e中检测抗体是抗flag抗体,如何确定flag一定与circRNA翻译多肽融合呢?可后面质谱又仅仅显示circRNA翻译多肽的标记?

        3.质谱的检测为什么不能全覆盖该多肽的序列,本文中说只检测了76%的序列信息,这是为何,有改进策略吗?

        谢谢各位老师,望不吝赐教,深表感激!!!

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        2 个回答

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        Eason老歌迷

        有帮助

        你要知道真核基因组大约90%的基因组被转录,但是实际上只有1-2%转录基因实际编码蛋白质,这也是为什么质谱只能检测部分。另外你说的质谱检测,现在好像已经改进了,你可以搜一下看。

        user-title

        天一湖医者

        有帮助

        质谱测序不能cover你所有的序列,也就是说你通过它能知道你基因的reading frame没错,但不知道这个蛋白的开始和结尾在哪个点上。我觉得最好的办法用质谱测你完整蛋白的分子量,如果和你的理论值一样,那就是蛋白在胶上的电泳行为的问题,

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