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        本地blast建库,求求各位大佬解疑答惑⚽️⚽️

        user-title

        老陈味

        问题1、本地blast想用多个与我的目标菌株亲缘关系近的菌株的基因组建库,也就是建库时有多个文件,代码要怎么写呢?还是把这几个基因组的序列合成一个文件?

        问题二:库建立之后我的目标菌株的基因组序列可以以一整个文件(里面包含我的目标菌株的所有蛋白序列)拿去比对吗?还是需要一条条地比对呢?

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        2 个回答

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        问题1:您可以使用多个序列文件作为本地BLAST的数据库。在命令行中使用“-db”选项来指定数据库文件。如果有多个文件,可以在命令行中逐个指定它们。例如:

        blastp -query query.fasta -db database1.fasta database2.fasta database3.fasta -out results.out

        您也可以将这些文件合并成一个文件,然后使用合并后的文件作为数据库。

        问题2:您可以将目标菌株的基因组序列整合到一个文件中,然后将该文件用作BLAST查询序列。BLAST会在数据库中查找与查询序列匹配的所有序列,然后将结果输出到输出文件中。您无需逐条比对,因为BLAST可以同时比对多个序列。

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        需要一条一条的对比,一个基因组是一个文件不可以总共做成一个文件

        user-title

        老陈味user-title

        那我怎么把几个亲缘关系近的物种的基因组构建本地库呢?

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