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        如何p一个1980bp长度的cDNA片段

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        dxy_ku28yg0

        我一直在p一个1980bp的cDNA片段,一个多月换了多批引物,就是p不出相应的条带 ,设计的引物在ncbi blast中显示很特异,但是实操就由多个条带,也设置了不同温度梯度,不同循环,以及不同延申时间 始终p不出来,我用的是2×ES taq 酶 ,请求哪位大神指点。

         

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        4 个回答

        user-title

        z流沙z

        有帮助

        2000bp左右还行,而且引物特异性高,如果有一些非特异性的只需要升高一点温度即可,其他基本不用调整。p不出来最大的问题应该是这个目的基因的表达量太低,可以在ncbi上面查看这个基因在哪个组织的表达量比较高,采用相应的模板。

        user-title

        sswei

        有帮助

        第一,cdna浓度太低,无法进行扩展。第二引物错误,引物无法靶向dna导致无法扩增。

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        可能需要考虑以下几个方面:

        质量问题:检查RNA提取、反转录等实验步骤是否有问题,或者cDNA质量是否受到其他因素的影响,比如冻融次数过多、保存时间过长等。

        引物设计问题:虽然在NCBI Blast中显示引物很特异,但需要确认这些引物的设计是否合理。可以使用其他软件对引物进行再次设计或者寻找已经被验证过的引物。

        PCR条件问题:可以尝试调整PCR条件,比如扩增温度、循环数、延伸时间等,找到最优条件。

        模板稀释问题:如果模板浓度过高,会导致扩增出多个条带或无法扩增。可以尝试进行稀释,找到适合扩增的模板浓度。

        如果以上方法均不能解决问题,可以考虑使用其他方法如克隆、Sanger测序等进行检验,确认是否存在目标片段。

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        可以改进一下酶切位点,如果抗体特异度高的话可以改进酶切位点

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