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        已知目的因子,可变剪切因子的筛选

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        刘宝全

        • 有做过可变剪切的大咖吗?我感兴趣的一个蛋白,文献报道有可变剪切,但是在某一种癌症现在未见报道,我想你想筛选他的剪切因子,请教各位高手应该如何操作呢,谢谢
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        3 个回答

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        huarenqiang5

        有帮助

        可变剪切分析

        采用SplicSeq软件对TCGA中的转录组数据进行可变剪切分析,分别统计可变受体位点(AA)、可变供体位点(AD)、可变启动子(AP)、可变终止子(AT)、内含子保留(RI)、外显子跳跃(ES)、外显子互斥(ME)等7种可变剪切形式的可变剪切事件。其中外显子跳跃类型的可变剪切事件最多。

        单因素生存分析

        7种类型的可变剪切事件,分别进行单因素的Cox生存分析,筛选出显著相关的可变剪切事件,并将发生该可变剪切事件的基因筛选出来。下图为7类可变剪切事件对应的风险比率。

        多因素生存分析

        针对这7类可变剪切事件,分别基于该类中显著的可变剪切事件,构建预后预测模型,再基于中位数划分,进行KM生存分析。

        为了评估预后模型的性能,采用ROC曲线进行比较分析;基于所有可变剪切事件构建的预测模型最优。

        可变剪切显著相关基因的互作分析

        由于一个基因可能存在多种类型的可变剪切形式,分别统计含有不同类型可变剪切形式基因的数量。

        基于这些生存显著相关可变剪接事件对应的基因,进行互作网络分析,一些关键基因与其他的基因存在相互作用,可能存在重要的作用。

        可变剪切因子分析

        针对显著的可变剪切事件,与剪切因子的表达量进行相关性分析。一些剪切因子与高风险的剪切事件相关,如:HNRNPAB,一些则与低风险比例的剪切事件相关,如:HSPA7。

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        loveliufudan

        有帮助

        筛选可变剪切的剪切因子需要进行一系列实验。以下是可能的实验步骤:

        确认目标基因的可变剪切情况:通过RT-PCR或RNA-seq等技术,确定目标基因在正常组织或细胞中的可变剪切形式。如果目标基因的可变剪切形式已知,则可以跳过此步骤。

        筛选可能的剪切因子:根据文献和数据库信息,收集与目标基因可变剪切有关的剪切因子。这些因子可以是RNA结合蛋白、RNA编辑酶、剪切体组分等。在蛋白质组中筛选这些因子,可以使用蛋白质互作筛选技术,例如免疫沉淀、GST pull-down等。

        确认剪切因子的功能:通过剪切体形成实验、敲除或过表达剪切因子等技术,确定这些因子对目标基因可变剪切的影响。

        验证剪切因子与癌症的相关性:如果目标基因在某种癌症中未见报道的可变剪切,可以检查这些癌症是否存在剪切因子的异常表达或活性。可以使用癌症组织或细胞系进行研究。

        需要注意的是,这些实验可能需要一定的时间和资源,并且可能会有其他因素干扰剪切因子的筛选。因此,在进行这些实验之前,需要认真设计实验方案,并对结果进行严格的验证和分析。

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        土井挞克树

        有帮助

        先确定剪切位点,然后可以进行短链试验

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