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        metacyc找上下游通路superclasses那里出现了两条,这怎么确定那一条是上游通路

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        dxy_hk2i2ciq

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        2 个回答

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        土井挞克树

        有帮助

        可以反推,最终引起目标产物变化的是上游通路

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        loveliufudan

        有帮助

        MetaCyc中的superclass是对相似的代谢通路进行分类的一种方式。如果MetaCyc中出现了多个与你关注的代谢通路相关的superclass,可以考虑以下几点来确定哪一个是上游通路:

        阅读MetaCyc中相关superclass的描述,找出与你关注的代谢通路的相似点和不同点,以及各自的位置和方向关系。在这些信息的基础上,结合你关注的代谢通路的特点,选择最符合你需要的上游通路。

        考虑你关注的代谢通路中最靠近初始代谢物的酶,然后在MetaCyc中查找该酶所在的superclass,并检查该superclass是否在所有相关superclass中处于最上游的位置。如果是,则可以认为这是你关注的代谢通路的上游通路。

        可以考虑查找相关文献来确定你关注的代谢通路的上游通路。通常,相关文献中会对代谢通路及其上游通路进行详细描述,这可以帮助你确定具体的上游通路。

        需要注意的是,MetaCyc中的代谢通路和其分类仅代表当前的知识水平和研究进展,可能会因为新的研究和发现而不断更新和调整。因此,在使用MetaCyc时,需要综合考虑多种信息,并进行仔细分析和验证。

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