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        请问有没有人做网络药理研究的时候,构建过疾病-成分-靶点-通路的网络呢?文献中多是三个层面的网络,请大神赐教🌺🌺🌺

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        虫博士的丁香园

        就是网络文件和属性文件的准备,感觉很模糊,因为疾病间的通路有重叠,但不同疾病的相同通路又有不同之处,不知如何下手。

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        3 个回答

        user-title

        此用户已注销

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        网络药理学在疾病相关网络的背景下,评价中药“多成分、多靶点和多通路”协同作用。网络药理学研究主要包括数据获取和网络分析两大部分。中药网络药理学通过构建和分析疾病相关网络、药物影响网络,识别疾病和药物影响的信号通路和生物学过程,阐明中药方剂的作用机制。

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        loveliufudan

        有帮助

        构建疾病-成分-靶点-通路的网络是一个复杂的过程,需要对数据进行充分的准备和处理。

        首先,准备好疾病、成分、靶点和通路的数据。这些数据可以从多个来源获取,如药物数据库、靶向药物数据库、基因数据库和临床试验数据等。在这些数据中,可能会有重复或缺失的部分,需要进行清理和整合。

        其次,建立疾病、成分、靶点和通路之间的关系。这可以通过建立多层次的关系来实现,如疾病-靶点关系、成分-靶点关系和靶点-通路关系等。在建立关系时,可能需要考虑不同疾病间相同靶点和通路的差异性。

        最后,将建立好的关系组成网络,可以使用各种网络分析工具对网络进行分析,如社区发现、中心性分析、对称性分析等。

        需要注意的是,这个过程是一个迭代的过程,可能需要不断调整和优化才能得到最终的网络。

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        huarenqiang5

        有帮助

        网络药理学的研究包含三个部分的内容:数据收集、网络分析、实验验证。

        1.数据收集模块主要包括4个部分:


        中药饮片/复方成分的收集可以通过两种方式:

        中药代谢组学检测和数据库,数据库主要包括TCMSP、TCMID、TCM;

        成分靶点收集主要通过数据库获取:

        TCMSP(结合uniprot)、Swiss target Prediction;

        疾病靶点收集主要通过数据库获取:

        GeneCards、DisGeNET、OMIM;

        靶点通路分析:

        使用数据库Metascape、DAVID、KOBAS进行富集通路收集;


        2.网络分析

        通过CytoScape搭建中药-成分-靶点网络图;

        通过STRING数据库进行蛋白质互作分析(PPI);

        3.实验验证

        文献验证

        计算化学实验验证

        酶/蛋白水平实验验证

        细胞模型实验验证

        动物模型实验验证

        临床实验验证


        每一个验证都是在较上一个验证更加深入,较多的验证类型包含三个:酶/蛋白水平、细胞模型和动物模型。



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