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        用Autodock之前需要准备哪些知识

        user-title

        子非吾my

        • 操作系统是Mac的monterey 或者Windows
        • Autodock 是在 github发布的的最新版本
        • 鄙人之前没有药学基础,看不懂各个参数的含义

        希望各位师兄师姐不吝赐教,谢谢!

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        2 个回答

        user-title

        你好几和户

        有帮助

        需要安装autodock 和autodock tools,都是免费的软件,网上搜索一下按提示进行安装即可。准备蛋白和小分子的pdb文件PDB蛋白数据库网址https://www.rcsb.org/PubChem小分子数据库https://www.pubchem.ncbi.nlim.nih.gov/准备坐标文件---AutoGrid---docking---分析对接结果---analyze

        user-title

        Eason老歌迷

        有帮助

        autodock使用分为ADT和vina。ADT有可视化界面,vina需要用命令,但可以处理多个数据。ADT的使用:可参考官网tutorial,配置环境后,linux系统下调用命令为adt。 vina可以做单分子对接,也可以做虚拟筛选,配置好环境后,vina命令即可调出 。单个分子对接,需要指定配体和受体的PDBQT文件和搜索区域的位置和大小,然后执行命令。

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