将目的基因通过BP反应构到中间载体中，菌P检测电泳条带大小正确，但是提质粒后跑电泳，质粒的条带大小不对，请问为什么啊？

可能菌液pcr.出现了假阳性，提质粒出来是空载体

你菌p的primer用中间载体上的primer试试

质粒一般情况下有三种构型，在同一电泳条件下会出现三个条带。