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        PDB序列氨基酸残基和末端修饰

        user-title

        小公举呀呀呀

        请问有没有大佬教我一下,怎么判断PDB序列中的未知氨基酸残基和末端修饰呀?谢谢🙏

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        3 个回答

        user-title

        bamboopiggy

        有帮助

        lol,如果二楼可以的话,您也可以参考一下这个帖子:https://www.novopro.cn/articles/201804241174.html

        user-title

        天一湖医者

        有帮助

        参考下这个吧,https://baijiahao.baidu.com/s?id=1688592417383577665&wfr=spider&for=pc&searchword=PDB%E5%BA%8F%E5%88%97%E6%B0%A8%E5%9F%BA%E9%85%B8%E6%AE%8B%E5%9F%BA

        user-title

        未来9

        有帮助

        有很多软件都可以把pdb文件读进去,然后查看序列,比如insightII的homology模块。

        判断aa残基的质子化形式

        过程简述: a、计算pka 可以使用propka 或者H++等在线网站,在输出文件中,会列出相应残疾的pKa预测值,以及氨基酸类型; b、可视化检查。用VMD、PyMol等打开蛋白质的三维构象,看HIS侧链的ND1和NE2哪个可能和其它残基形成氢键,能形成氢键的,且H在HIS上更为合适的,就认定该N原子是质子化的。据此来判断HID/HIE/HIP这三种状态。

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