丁香实验_LOGO
登录
提问
我要登录
|免费注册
丁香实验推荐阅读
没有 CT 值,我的 QPCR 实验失败了吗?(上)

「为什么我的实验没有 CT 值?」「是我的实验/试剂/引物/仪器/操作有问题吗?」「我的实验必须要重做吗?」作为技术支持的小编,经常碰到客户问类似的问题。小编也理解,对于做荧光定量实验的老师们而言,CT 值是一个非常重要的数据,有时候大家忙活半天就是为了得到一个 CT 值。而实验做完却没有 CT 值,的确是很让人郁闷的情况。但是导致没有 CT 值的原因不仅仅是实验失败,今天,小编就给大家总结一些常见的导致荧光定量结果没有 CT 值的原因,希望能对大家有所帮助。在解释为什么会没有 CT 值之前,让我们先看一看 CT 值是什么,它又是怎么产生的。■ CT 值的全称是 threshold cycle,指的是扩增曲线的荧光值达到阈值线时的循环数,它能反映起始模板的浓度,所以是荧光定量实验的重要数据。那么 CT 值是怎么产生的呢?荧光定量软件会对扩增反应的荧光曲线进行分析,画出基线(baseline)和阈值线(threshold)。基线通常是从循环最初信号稳定以后画到扩增曲线起峰前,代表了反应孔的背景荧光信号,图 1 中 A 图就标出了扩增曲线的基线位置。画基线的目的是为了扣除基线,如果把扩增

丁香实验推荐阅读
荧光定量 PCR 异常扩增曲线分析攻略

近几年,从科学研究到临床检测,从「非洲猪瘟」检测到「新冠病毒」检测,荧光定量 PCR 仪器已成为分子生物学研究的常规设备。检测方法的迅速发展,检测任务的紧急也对检测人员提出了更高的要求,需要他们具备熟练判断数据结果的能力。对于荧光定量 PCR 的结果的判断,最直观的判断就是看扩增曲线是否正常。很多老师在平时实验中会遇到异常扩增曲线的困扰,比如打折的扩增曲线、复孔间重复性不好、阴性样本扩增曲线抬升等。面对异常的扩增曲线,大家也不用担心,接下来我们会结合几个实例,带着大家一起来看一下比较常见的异常扩增曲线的分析攻略。 1、确认软件设置是否正确对照试剂盒说明书,检查时间、温度、循环数、荧光采集等是否设置正确。有一个比较容易忽略的设置问题是,需要看下所选用的试剂中是否含有 ROX 来作为参比荧光染料。Applied Biosystems™ 系列荧光定量 PCR 仪器可以用 ROX 来作为参比荧光染料,用以校正仪器系统以外的物理误差,比如均一化校正由于移液误差或者蒸发导致的批内体积误差等。目前市面上有的的荧光定量 PCR 预混液是不含有 ROX 的,当用此类试剂的时候,应该将 ROX 参比功能关

丁香实验推荐阅读
要想荧光定量 PCR 结果好,这些实验设置要点需记牢

实时荧光定量 PCR 技术(Quantitative Real-time PCR,简称 qPCR)是在 PCR 扩增过程中,通过实时监测荧光信号的变化,达到对待检测样本中初始模板定量分析的方法。当前 qPCR 技术被广泛应用于临床疾病诊断,动物疾病监测,食品安全分析等领域。随着 2020 年新冠疫情在全球的蔓延,qPCR 技术更是因其检测通量高,速度快,操作简便等优势成为新冠病毒核酸检测的有效方法被众人所熟知。那么为了得到可靠、准确的检测结果,我们需要注意哪些方面呢?其实决定一次实验成功的因素有很多,从样本的质量,引物探针的设计,再到 PCR 反应体系中各组分的比例优化等。当我们准备好了这些,在上机检测时又要根据实验目的正确完成程序设置,才能最终得到良好的实验结果。那么今天我们就从荧光定量 PCR 软件程序设置入手来介绍一下这其中需要注意的一些方面。 Part 1:规范正确的新建实验方式当我们准备好样品开始进行上机测试时,第一步就是新建实验。此时我们可以通过点击 Advanced Setup(图 1A,图中红框)或 Create New Experiment(图 1B,图中红框)的方式

丁香实验推荐阅读
(IF 28) 揭秘黑色素瘤细胞新状态!剑桥大学癌症研究中心最新合作文章揭示强大的基因表达程序是状态转变的基础

黑色素瘤是从黑色素细胞发展而来的,最具侵略性的癌症之一。尽管对黑色素瘤的基础遗传研究提供了新的治疗方法,但临床结果依然较差,大多数患者迅速获得抗药性。根除黑色素瘤的难点在于其本身具有的高度的异质性和适应性。具体来说,黑色素瘤由多个表型不同的亚群组成,这些亚群对治疗的敏感性可能都不同。然而,诱发这种异质性的机制尚未确定。在培养的黑色素瘤细胞系和活检样本中,进行的基因表达谱分析已经确定了两种主要的细胞状态,我们称 ...

丁香实验推荐阅读
在线生信分析平台如何进行差异表达分析?—GeneMatrix实战教程

随着高通量测序和质谱技术的普及,组学实验已成为每个课题组不可或缺的研究手段。然而组学实验产出的数据往往十分庞大,处理这些数据也需要专业的生物信息学和统计学知识,这令很多研究者望而却步。为了解决这一难点,吉凯基因建设了在线生信分析平台GeneMatrix(点击进入)。GeneMatrix功能强大,包含临床数据分析、组学数据分析和基础统计分析三大模块,共43个应用程序。每个小程序都配备了详尽的使用说明和示例文件,文 ...

丁香实验推荐阅读
Nature子刊!CellChat-助力单细胞分析新角度

构建细胞类型图谱是单细胞转录组数据分析的主体内容,但其仍然停留在“描述性研究”的范畴,难免让人感觉意犹未尽。想要在分子层面解释疾病发生的机制,就需要对数据进行更深入的探索。这当中,细胞通讯分析就是一个很好的方向。今天小编借助CellChat工具为大家介绍细胞通讯分析的使用方法、真实案例和注意事项。细胞通讯(cell communication)是指细胞接收、处理和传递与环境和自身的信号的能力,它是每个生物体(如细菌、 ...

丁香实验推荐阅读
生信小课堂 | 一文了解ORA、GSEA、ssGSEA !

在某一项研究中,我们可以通过测序或质谱获得实验组和对照组序列信息,进而获得基因表达量。但生物功能的执行往往涉及多个基因或蛋白的相互作用,实验者通常更希望在分子途径或其他功能相关的基因分组的层面上提出问题,仅对基因功能进行描述远无法满足人们的需求。在此需求的基础上,ORA、GSEA、ssGSEA应运而生,但这三者在应用范围(Table1)原理等方面有所不同,接下来,小编会对三者的原理和结果进行一个简单介绍。Tab ...

丁香实验推荐阅读
免费用!不会生信也能用的单细胞分析工具

近年来,单细胞测序的快速发展极大推进了我们对生物系统的认知。这项技术的巨大潜力促使计算生物学家开发了一系列的分析工具,但大部分分析工具要求编程背景。今天,小编为大家介绍一款免费且几乎不需要编程背景,即可实现单细胞分析的工具,cellxgene。Cellxgene有两个产品,cellxgene data portal用于探索已发表的数据;cellxgene desktop用于探索个人单细胞数据。小编主要对cellxgene ...

丁香实验推荐阅读
Nature Medicine重磅:单细胞生信分析揭示新冠重症特效药地塞米松的作用机制

新冠肺炎仍在肆虐,给全球的医疗和公共卫生系统带来沉重负担。新冠重症的病死率高,已累计夺走了数百万人的生命。事实上,导致病人死亡的直接因素,不是病毒本身,而是细胞因子风暴(cytokine storm)造成的多器官衰竭1。中性粒细胞被认为是细胞因子风暴的驱动因素之一,过度激活的中性粒细胞会导致高细胞因子血症(hypercytokinemia),以及肺部损伤2。临床上常常使用免疫抑制剂来控制细胞因子风暴。地塞米松(dex ...

丁香实验推荐阅读
单细胞混样测序——小经费也能轻松发表5分文章!

提到单细胞测序,相信各位小伙伴们都很熟悉,真是又爱又恨的一个技术啊,爱它既能帮助我们解决很多科研问题,同时也是对它的价格暗暗咬牙;大家莫慌,今天小编就给大家一个神器——单细胞混样测序,让大家用小经费就能轻轻松松发表5分左右的文章。单细胞Mix(混样)测序产品是基于10x Genomics和BD Rhapsody平台,利用寡核苷酸偶联的抗体孵育不同的样本,为不同的样本标记上不同的标签,然后将多个样本混合在一起,按照单一样本 ...

丁香实验推荐阅读
单细胞测序悬液老是制备失败?别担心,单细胞核测序来拯救你的样本了

虽然单细胞测序到现在已经应用到各个研究领域,但是实际的实验过程中依然会遇到很多问题,比如:1.很多样本根本没有办法制备单细胞悬液,比如已经在-80℃冻存的样本;2.有些样本制备成单细胞悬液以后现有的单细胞测序平台无法捕获,比如心肌细胞、骨骼肌细胞、成熟的脂肪细胞等,由于直径过大,超出了10x genomics和BD Rhapsody平台最大能捕获的细胞直径;3.再者有些细胞类型可能在单细胞悬液制备的过程中丢失,比如脑部的 ...

丁香实验推荐阅读
FFPE样本空间转录组实验流程,你想要的细节都在这里了

10x Visium空间转录组测序针对FFPE样本的实验已经开展有一段时间了,今天小编就来总结一下整个实验的详细流程。首先来一张实验流程导图:10xVisium FFPE的实验流程FFPE样本Visium空间转录组技术流程(图片引自10x官方)一、取材FFPE样本取材要求组织不要大于6.5mundefined6.5mm,因为10x visum的每张切片的捕获区域只能容纳6.undefined6.5的组织大小,≤6.5 x 6.5 mm的组织块可与Visium Spat ...

丁香实验推荐阅读
PCR 反应体系的循环参数

1、变性温度和时间:模板 DNA 和 PCR 产物的变性不充分是 PCR 失败的主要原因。适宜的变性条件是 95℃ 30s 或 97℃15s。变性不完全,DNA 双链会很快复性,因而减少产量。在变性中,温度太高或反应时间过长,会导致酶活性的损失。Taq DNA 聚合酶活性的半寿期:92.5℃为 2h 以上,95℃为 40min,97℃为 5min。2、复性温度和时间:复性温度决定 PCR 的特异性,而引物退火温度和所需时间长短取决于反应体系中的基本组成及扩增引物的长度和浓度,实际使用的退火温度要比扩增引物的 Tm 值低 5℃。增加退火温度会增加引物的识别,同时可降低引物 3 端核苷酸的错误延伸。因此,提高退火温度,特别是在前几个循环中,会增加扩增的特异性。而且为了在循环开始获得最高的特异性,应在第一次变性之后,引物退火之前加入 Taq DNA 聚合酶。复性时间一般为 30~60s。3、延伸温度和时间:引物延伸温度一般为 72℃,延伸的时间决定于扩增模板的长度,小于 1kb 的片段一般 1~2min,而 10kb 的片段可能需要 15min 或更长时间。不合适的延伸温度不仅会影响扩增产物

丁香实验推荐阅读
人CD3+T淋巴细胞阳性分选原理及注意事项

人CD3+T淋巴细胞阳性分选原理及注意事项一、细胞分选方法概述细胞学研究中一个很重要的课题就是细胞的分离纯化,尤其是需要对某种特定的细胞进行功能研究,如对细胞培养上清液通过ELISA分析检测细胞因子、细胞共培养检测细胞功能等,都需要得到高纯度的目的细胞。因此,高效地分离所需要的目的细胞是进行细胞功能研究的先决条件。细胞分选(cell sorting)是指根据细胞所具有的特性把某种特定的细胞亚群从混合的细胞样品中 ...

丁香实验推荐阅读
蛋白质免疫检测技术服务

Western Blot 实验 通过SDS-PAGE胶将不同的分子量的蛋白分离开,将目标蛋白转移到PVDF膜上,再利用抗原抗体的特异性结合,用特异性的一抗结合目标蛋白,用HRP标记的二抗结合一抗,再加以ECL发光液显色,检测目的蛋白在不同处理的样本中表达量的高低变化服务优势及实验服务流程:1、利用高性能试剂配合高通量全自动western blot机,提供超高灵敏性的western blot实验服务。超高灵敏度最低至15飞克抗原。 ...

丁香实验推荐阅读
动物实验基础知识之实验常用大小鼠

实验动物基础知识之实验常用大小鼠实验动物小课堂开课啦~~实验用小鼠01、C57BL/6小鼠来源: 1921年立特(Little)用艾比·拉特洛坡(Abby Lathrop)的小鼠株,雌鼠57号与雄鼠52号交配而得C57BL,将毛色呈黑色的进行固定,培育成的产物。1937年Little将维持的C57BL第六组亚系定名为C57BL/6,将第十组亚系定名为C57BL/10,继而分别维持至今。1985年从日本实验动物中央研究所引引 ...

丁香实验推荐阅读
心肌缺血再灌注(I/R)模型

心肌缺血再灌注模型: 心肌缺血是指心脏血液灌注减少,导致心脏供氧减少,心肌能量代谢不正常,不能支持心脏正常工作的一种病理状态。冠心病是临床常见的缺血性心脏病,是指冠状动脉发生粥样硬化引起管腔狭窄或闭塞,导致心肌缺血缺氧或坏死而引起的心脏病,临床以血运重建治疗为主。然而,目前大量研究结果显示,缺血心肌组织恢复血流供应后,心肌受损程度仍可能进一步加重,对心肌造成二次损害,缺血再灌注(I/R)损伤心肌可占全部梗死心肌面积的 ...

丁香实验推荐阅读
“脑卒中”是什么鬼?

脑卒中是由于脑部血管突然破裂或因血管阻塞导致血液不能流入大脑而引起脑组织损伤的一组疾病。中医上称之为“中风”。由于其发病率高、死亡率高、致残率高、复发率高及并发症多的特点,使用医学界把它同冠心病、癌症并列为危害人类健康的三大疾病之一。为什么脑卒中被称之为“中风”? 因发病急骤,症见多端,病情变化迅速,与风之善行数变特点相似,故名中风、卒中。1.症状 脑卒中最常见症状为一侧脸部、手臂或腿部突然感到无力,猝然昏扑、不省人事,其他症状 ...

丁香实验推荐阅读
肿瘤动物模型“新宠”——PDX

癌症已经成为影响人类健康的重要疾病,发病率呈现逐年上升趋势,癌症研究领域中公认的缺陷之一是缺乏能够研究癌变和癌症治疗的模型系统。在过去的几十年中,抗肿瘤治疗药物的研发呈现爆炸式的增长,但是绝大多数新疗法都不能顺利通过III期临床试验,其主要原因就是缺乏合适的体内模型。我们常用的人类肿瘤细胞系或患者源性肿瘤移植到免疫缺陷小鼠体内的肿瘤动物模型,使用人类肿瘤细胞系建立的动物模型称作肿瘤细胞系异种移植模型(Ca ...

丁香实验推荐阅读
肿瘤原位移植模型

恶性肿瘤的主要生物学特性之一是转移性,建立与临床表现相近的动物模型是研究的关键环节。人体肿瘤移植于裸小鼠建立人癌异种移植动物模型为深入研究提供了可能。原位移植可为人体肿瘤生长提供相似的微环境,更利于肿瘤恶性行为的表现,因此,大多采用原位移植的方法建立肿瘤转移动物模型。 根据我们多年的肿瘤模型构建经验,为大家介绍几种我们常遇到的几种肿瘤模型构建方法,以供参考。一、人肝癌原位移植模型 将人肝癌细胞株(如:HepG2等)传代 ...

提问
扫一扫
丁香实验小程序二维码
实验小助手
丁香实验公众号二维码
扫码领资料
反馈
TOP
打开小程序