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ChIP-on-chip significance analysis reveals large-scale binding and regulation by human transcription factor oncogenes. 《芯片显著性分析揭示人类转录因子大规模结合与调节规律》下载 点击这里下载 ...

生物信息学可指利用信息技术管理和分析生物学数据。这就意味着生物信息学所涉及的范围相当广泛，从人工智能、机器人一直到基因组（genome）分析。就基因组分析这一角度来看，生物信息学主要是指核酸和蛋白质序列数据的计算机处理和分析。近年来，蛋白质结构数据的快速增长，使蛋白质三维结构的处理分析也归入到生物信息学的范畴。 近年来，三大国际一级生物信息数据库，即美国国家信息中心（National Center ...

什么是BLAST？ BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Cou ...

该过程指将从生物样品分离到的蛋白、DNA或RNA样品与生物芯片进行反应，从固定于芯片的探针阵列得到样品的序列信息。由于玻片本身的荧光本底很低，所以可用荧光标记的方法来对生物芯片实施检测和分析，同时具有快速、精确和安全等优点。而且，还可用多个荧光素进行标记以实现一次性分析多个生物样品。玻片作为支持物还可使反应体积缩小到5～200μl，而通常的杂交反应体积为5～50ml。这样一方面节约了试剂，同 ...

随着生物芯片技术在广大科研工作人员研究工作中的应用，在写作论文的时候，如何比较科学、直观地体现生物芯片实验的结果，是一些初步尝试利用芯片数据来写作论文的科研工作人员希望了解的环节。现就笔者在生物芯片技术领域积累的一些经验，做一个初步的总结。但由于生物技术发展很快，有很多内容可能遗漏，还请读者能及时指出不足之处。 1.挑选差异表达的基因 利用生物芯片进行研究的第一步，往往是要找到差异表达的基因。选择 ...

基因芯片技术及其研究现状和应用前景 生物芯片技术是随着“人类基因组计划”（human genome project，HGP）的进展而发展起来的，它是90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一，它融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术，具有重大的基础研究价值，又具有明显的产业化前景。生物芯片技术包括基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片、以及 ...

杂交 互补杂交要根据探针的类型、长度以及研究目的来选择优化杂交条件。如用于基因表达检测，杂交时需要高盐浓度、样品浓度高、低温和长时间（往往要求过夜），但严谨性要求则比较低，这有利于增加检测的特异性和低拷贝基因检测的灵敏度；若用于突变检测，要鉴别出单碱基错配，需要故需要在短时间内（几小时）、低盐、高温条件下高严谨性杂交。多态性分析或者基因测序时，每个核苷酸或突变位都必须检测出来，通常设计出一套四种寡 ...

待检测样品制备 生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体，除少数特殊样品外，一般不能直接与芯片反应，必须将样品进行生物处理。从血液或活组织中获取的DNA/mRNA样品在标记成为探针以前必须扩增以提高阅读灵敏度，但这一过程操作起来却有一定的难度。比如在一个癌细胞中有成千上万个正常基因的干扰，杂合癌基因的检测和对它的高效、特异地扩增就不是一件容易的事。因为在一般溶液中PCR扩增时，靶片段太少且不易被凝胶 ...

芯片的构建和阅读 摘要 制作芯片和获得芯片的数据有许多不同的方法。这里我们介绍了在学术领域中两种芯片的构建和使用。除了详细说明了技术细节外，我们还对组成和方法的优缺点进行了评论，同时还介绍了杂交的方法。用我们所建立和使用芯片的方法来回答生物领域问题的事实证明了这种技术在大学的环境下是可行的。 一种获得基因功能信息的高通量的方法是cDNA芯片。在一块显微镜载玻片上包含了几百至几千个固定的DNA样本， ...

1.细胞种类：hepg22.1.5 2.培养天数：传代后第3天； 3.放大倍数：倒置显微镜 X10； 4.培养基种类：DMEM+10%胎牛血清+G418 5.细胞状态与特征简述：细胞贴壁生长 ，抱聚成团 初次培养细胞，请大家看看，给一下意见和建议，谢谢^^ p.s谁能告诉我图中红色箭头所指出的那坨黑乎乎的东西是什么，细胞还是污染？ ...

正常细胞的磷酯酰丝氨（phosphatidylserinePS）位于细胞膜内表面，细胞凋亡时翻转露于膜外侧，可与annexinV高亲合力结合。研究发现PS外翻为细胞凋亡的早期事件，先于膜通透性增加所51Cr或其他染料的释放。将效应细胞与靶细胞充分共育后，用PE结合的效应细胞特异性单克隆抗体（如CD8-PE）标记效应细胞（不能与PE-mABA结合的细胞即为靶细胞），再用FITC-anne ...

MTT和CCK-8（上海同仁）的原理基本是一致的，但也存在如下的区别：（1）：常规操作的MTT法受药物本身的颜色、培养基的颜色、血清的浓度 使结果的变异较大。如采用潘兴瑜的MTT改进法将有效的降低试验的飘变率，本人硕士期间就采用潘的MTT改进法，试验重复一两次就的到理想的结果！受益非浅！（2）：CCK-8是最近新出现的方法，它操作简便、结果变异率小。对悬浮细胞的测定有它独到的地方！CCK-8为黄色 ...

MTT实验是检测细胞活力的实验方法，由于细胞活力与细胞数呈正相关，因此也常常用来检测细胞的增殖情况。MTT的原理：活细胞有琥珀酸脱氢酶，将MTT还原成棕褐色沉淀。由于一般介绍园子里已经很多，笔者将自己的心得按照实验流程与大家交流交流。1、培养好细胞点板。养细胞没啥好说的，如果不知道细胞如何养，那就看看相关的文献方法。如果知道了细胞的名字，就可以上www.atcc.org检索细胞的培养信息，这个网站 ...

LDH释放法测定CTL的特异杀伤率1.2.3.1　效应细胞的制备　激惹5天后，于无菌条件下取出受鼠引流的腹股沟淋巴结，100目钢网研磨，调整细胞浓度为2×107.ml-1。台盼蓝色要求存活率>95%。1.2.3.2　靶细胞的制备　P815细胞株系DBA/2小鼠的肥大细胞瘤细胞株。连续传代培养，调整细胞浓度为2×105.ml-1或3.33×105.ml-1( ...

原理：用 Na 2 51 CrO 4 标记靶细胞，若待检效应细胞能杀伤靶细胞，则 51 Cr( 铬 ) 从靶细胞内释出。以γ计数仪测定释出的 51 Cr 放射活性，靶细胞溶解破坏越多， 51 Cr 释放就越多，上清液的放射活性也就越高，应用公式可计算出待检效应细胞的杀伤活性。 步骤（以CTL杀伤肿瘤细胞为例）： (1)效应细胞: 将分离的外周血T细胞 培养7 d后按照DC:T = 1 ...

细胞介导的免疫反应（cell mediated immune CMI）在机体抗感染及抗肿瘤免疫、移植排斥反应和自身免疫病中发挥重要的作用。CMI的主要效应细胞之一为细胞毒T淋细胞（cytotoxic T lymphocyteCTL）。目前在医学基础与临床研究中重视CTL活性测定，将其作为了解机体细胞免疫功能和探索疾病机理的重要方法之一。 经文学事业上的资助者的CTL活性测 ...

绵羊红细胞（SRBC）诱导小鼠DTH（足跖增厚法）1 原理 SRBC可刺激T淋巴细胞增殖成致敏淋巴细胞，4天后，当再以SRBC攻击时，即可见攻击部位出现迟发型变态反应。 2 材料 游标卡尺（精密度0.02mm）、SRBC、微量注射器（50μL）。3 实验步骤3.1 致敏 小鼠用2％(v/v)SRB ...

5-brdu 的分子量为307.1，将100mg分为三份30.7mg(0.1mmol），溶于1ml三蒸水，分装-20度保存。用的时候再稀释100倍，如在1ml溶液里加入10ul即可。尽量分装为小剂量，如100ul避免反复冻融使其活性降低。 BudR贮存液的配制：BudR 5mg（先用0.5ml 1N NaOH溶解）然后加蒸馏水至 5ml，即成1000ug/ml的贮存液，因BudR遇光会发生分解，贮 ...

1．细胞以1.5×105/ml细胞数接种于直径35ml培养皿中（内放置一盖玻片），培养1天，用含0.4％ FCS培养液同步化3天，使绝大多数细胞处于G0期。 2．终止细胞培养前，加入BrdU（终浓度为30μg/L），37℃，孵育40min。 3．弃培养液，玻片用PBS洗涤3次。 4．甲醇/醋酸固定10min。 5．经固定的玻片空气干燥，0.3％H2O2-甲醇30min灭活内源性氧 ...

原理：荧光染料CFSE 也可称为 CFDA SE(56- carboxyfluorescein diacetatesuccinimidyl ester) 即羟基荧光素二醋酸盐琥珀酰亚胺脂 是一种可穿透细胞膜的荧光染料具有与细胞特异性结合的琥珀酰亚胺脂基团和具有非酶促水解作用的羟基荧光素二醋酸盐基团这使得CFSE 成为一种良好的细胞标记物。当CFSE以含有两个乙酸基团和一个succinimidyl ...