全部

真核基因的转录与染色质的结构变化相关 真核基因组DNA绝大部分都在细胞核内与组蛋白等结合成染色质，染色质的结构、染色质中DNA和组蛋白的结构状态都影响转录。 1．染色质结构影响基因转录 细胞分裂时染色体的大部分到间期时松开分散在核内，称为常染色质(euchromatin)，松散的染色质中的基因可以转录。染色体中的某些区段到分裂期后不像其他部分解旋松开，仍保持紧凑折叠的结构，在 ...

真核基因转录调控 真核细胞的3种RNA聚合酶(1、Ⅱ和Ⅲ)中，只有RNA聚合酶Ⅱ能转录生成mRNA，以下主要讨论RNA聚合酶Ⅱ的转录调控。(一)顺式作用元件 顺式作用元件是指可影响自身基因表达活性的DNA序列，为特异转录因子的结合位点，J顷式作用元件通常是非编码序列。顺式作用元件并非都位于转录起点上游(5’端)。根据顺式作用元件在基因中的位置、转录激活作用的性质及发挥作用的方式，可 ...

同源域(homeodomain) 同源域(homeodomain)：同源框基因又称同源异型盒基因(homeobox genes)，是一类调节细胞正常分化、发育的主控基因。同源框基因的共同点是都具有183个核苷酸长度的同源区，即同源框(homeobox)。同源框基因编码的蛋白质是一类转录调节因子，都具有由相应同源框序列编码的61个氨基酸组成的结构域，通过与特异的DNA序列结合，调控下游基因的 ...

基因转录激活调节基本要素 普遍认为，真核基因的表达调控主要有3种形式： ①结构基因的内部或其附近存在对基因表达起调控作用的DNA序列； ②基因中某段富含CG序列的甲基化对基因表达起调控作用； ③通过染色体结构的变化控制基因的表达。 一般认为，在真核细胞结构基因的上游有一个启动区(由增强子、启动子、TATA框组成)，其下游由外显子和内含子组成。真核基因转录 ...

螺旋―转角―螺旋(HTH)及螺旋―环―螺旋(HLH) 螺旋―转角―螺旋(helix―turn―helix，HTH)及螺旋―环―螺旋(helix―loop―helix，HLH)：这类结构至少有两个。螺旋，其间由短肽段形成转角或环连接，两个这样的基序(motif)结构以二聚体形式相连，距离正好相当于DNA一个螺距(3．4nm)，两个。螺旋刚好分别嵌入DNA的深沟。HTH结构及其与DNA的结合 ...

顺式作用元件启动子 启动子是一段特定的直接与RNA聚合酶及转录因子相结合、决定基因转录起始与否的DNA序列。真核启动子不像原核启动子那样有明显共同一致的序列，一般包括转录起始点及其上游100～200bp序列，包含有若干具有独立功能的DNA序列元件，每个元件长7～30bp。不同的启动子对RNA聚合酶的亲和力不同，所结合的反式作用因子(transactingfactors)也不同，因此，基因转 ...

顺式作用元件增强子 增强子是远离转录起始点、决定基因的时间、空间特异性表达、增强启动子转录活性的DNA序列，其发挥作用的方式通常与方向、距离无关，可位于转录起始点的上游或下游。从功能上讲，没有增强子存在，启动子通常不能表现活性；没有启动子时，增强子也无法发挥作用。 增强子最早是在SV40病毒中发现的长约200bp的一段DNA，可使旁侧的基因转录效率提高100倍，其后在多种真核生物， ...

反式作用因子转录激活域 转录激活域(activatingdomain)由30～100个氨基酸残基组成。根据氨基酸组成特点，转录激活域分为酸性激活域、谷氨酰胺富含区域及脯氨酸富含区域。转录激活结构域一般由20―100个氨基酸残基组成。如GAL―4分子中有2个这种结构域，分别位于多肽链的第147～196位和第768―881位；GCN―4的转录激活结构域位于多肽链的第106―125位。 ...

碱性亮氨酸拉链(bZIP) 碱性亮氨酸拉链(basicleucinezipper，bZIP)：该结构的特点是蛋白质分子的肽链上每隔6个氨基酸就有1个亮氨酸残基，结果就导致这些亮氨酸残基都在。螺旋的同一个方向出现。两个相同结构的两排亮氨酸残基就能以疏水键结合成二聚体，该二聚体的另一端的肽段富含碱性氨基酸残基，借其正电荷与DNA双螺旋链上带负电荷的磷酸基团结合。若不形成二聚体则对DNA的亲和结 ...

DNA―蛋白质、蛋白质―蛋白质相互作用 DNA―蛋白质相互作用指反式作用因子与／顷式作用元件之间的特异识别及结合，这种结合通常是非共价结合。 绝大多数调节蛋白结合DNA前需通过蛋白质―蛋白质相互作用形成二聚体或多聚体。由同种分子形成的二聚体称同二聚体，由异种分子形成的二聚体称异二聚体。除二聚化或多聚化反应，还有一些调节蛋白不能直接结合DNA，而是通过蛋白质―蛋白质相互作用间接结合D ...

锌指(zincfinger) 锌指(zincfinger)：每个重复的指状结构约含23个氨基酸残基，锌以4个配价键与4个半胱氨酸或2个半胱氨酸和2个组氨酸相结合。整个蛋白质分子可有2―9个这样的锌指重复单位。每一个单位可以其指部伸人DNA双螺旋的深沟，接触5个核苷酸。例如与GC框结合的转录因子SP―1中就有连续的3个锌指重复结构蛋白质的锌指结构 真核基因转录调控真核基因的转录与染色质的结 ...

启动子功能性分析的方法 对基因启动子的瞬时转染分析研究必须经过下列步骤：①确定需要转染的细胞系；②鉴定目的基因的假定启动子区域；③选择报告基因和相应的报告基因分析方法；④将启动子插入到合适载体的报告基因上游；⑤选择合适的转染方法。 1．确定需要转染的细胞系 用于瞬时转染分析的细胞必须具备以下条件：①细胞应表达含有目的启动子的内源基因；②必须具备将质粒DNA转染人细胞的方法；③ ...

反式作用因子的作用特点和规律 (1)一种反式因子能与一种以上的顺式元件结合：真核生物的转录因子不像原核生物的调控蛋白与顺式调控元件的结合有高度的专一性，有些反式因子可以和同源性很小的顺式元件结合。 (2)一种顺式元件能和一种以上的反式因子结合：与CAAT框结合的反式因子有好几类，如CTF类反式因子、CAAT结合蛋白(CP)类反式因子等。多种反式因子识别同一顺式元件，能加强这些反式因 ...

常见的报告基因 报告基因必须具备的特点：①由原核基因编码的基因产物必须与同转染前真核细胞内任何相似的产物相区别；②细胞内其他基因产物不会于扰报告基因产物的检测；③报告基因编码产物的检测应该快速、简便、灵敏度高，而且重现性好。到目前为止，报告基因通常是在报告基因载体质粒中与被检测基因序列相连，先让质粒在大肠杆菌中进行增殖，再提取质粒，转染人感兴趣的真核细胞中。与此同时还要将有真核启动子和增强 ...

报告基因载体 (1)报告基因载体的特点：除了具有表达蛋白质所需要的结构外，理想的报告基因载体本身无调节结合位点或序列，而具有有意插入的调节结合位点，尽管可以从报告基因载体除去已知的结合位点，减少报告基因上游的转录，但从几千kb的DNA中去除所有潜在的调控序列是不可能的。因此在使用报告基因载体时，应使用合适的对照载体。报告基因质粒载体一般在大肠杆菌中繁殖，因此包括一个DNA复制起始点(ori ...

瞬时转染分析研究的步骤 1．瞬时转染分析法 目前有很多功能性分析方法用于研究转录调控，最常用的方法是瞬时转染分析法。该方法是通过一定的转染程序将含目的调控区的质粒导人培养细胞。在典型情况下，调控区调控“报告基因”的转录。报告基因是在mRNA和蛋白质的水平上都易于被正确检测到的基因。产生的质粒在培养细胞中转录后，在特定时刻测定从报告基因上合成的mRNA或蛋白质，以评价调控区的活性。人们 ...

鉴定调控区的顺式作用元件 研究反式作用因子之前，一般应先鉴定并分析调控区的顺式作用元件，因为与调控区发生功能性相互作用的蛋白质难以鉴定。只有在体内，与调控区相结合的蛋白质才能发生与其他所需蛋白质的协同作用，该蛋白质的真正功能才能表现出来。所以对于调控区内功能相关性的DNA元件分析，将有利于鉴定功能性相关的DNA结合蛋白，并可进一步说明与DNA相结合的转录因子对基因调控的重要性。对重要序列元 ...

鉴定与顺式作用元件相互作用的转录因子 对启动子DNA结合蛋白的研究方法可分为两类： ①细胞内方法，以已知启动子DNA序列筛选出与其相结合的蛋白编码基因，通过生物信息分析来确定该蛋白质的名称。由于是细胞内筛选，因此更符合生理状态，且操作简便，适合大通量筛选，用于寻找未知基因及蛋白质。不足之处有两个方面：一是只能筛选可与启动子DNA特异性结合的蛋白质(如为筛选蛋白质已足够了)，但不能检 ...

凝胶迁移滞留试验法 EMSA是近年发展起来的研究核酸与蛋白质相互作用简单、快速、敏感的方法，目前已经成为转录因子研究的经典方法。其基本原理是蛋白质可以与末端标记的核酸探针结合，电泳时这种复合物比无蛋白质结合的探针在凝胶中泳动的速度慢，即表现为相对滞后。该方法可用于检测DNA结合蛋白、RNA结合蛋白，并可通过加入特异性的抗体来检测特定的蛋白质，并可进行未知蛋白的鉴定。EMSA基本原理示意图 ...

转录因子活性ELISA 转录因子活性ELISA是建立在ELISA基础上的高灵敏度的检测方法，比EMSA的灵敏度高l0倍，在5h内就能完成。不涉及放射性和凝胶电泳，安全简便，而且这种微孔板的形式能同时检测1―96个样品。ArrayStarTM转录因子活性ELISA试剂盒可以快速、灵敏地检测细胞核提取物中转录因子的DNA结合活性。试剂盒采用96微孔板的形式，标记探针是生物素标记的双链寡核甘酸片 ...