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真核细胞的DNA的制备与定量

真核细胞DNA的制备与定量制备基因组DNA是进行基因结构和功能研究的重要步骤,通常要求得到的片段的长度不小于100-200kb。在DNA提取过程中应尽量避免使DNA断裂和降解的各种因素,以保证DNA的完整性,为后续的实验打下基础。一般真核细胞基因组DNA有107-9bp,可以从新鲜组织、培养细胞或低温保存的组织细胞中提取,常是采用在EDTA以及SDS等试剂存在下用蛋白酶K消化细胞,随后用酚抽提而实现的。这一方 ...

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【交流】浅谈Gene序列搜索

在分子生物学领域里摸爬滚打了两年多,在园子里也逛了一年多,没写过什么原创贴子,这算是第一个,只是浅显的经验,希望与大家交流、分享、共勉!!!我看到了很多帖子,大家在查找Gene序列的时候,有些战友总是弄不明白那个是自己想要的序列,因为在NCBI的GeneBank里面搜索以后,实在是有太多的序列出现,而且长短不一,名称各异,DNA,mRNA ……,有点让人眼花缭乱,下面就是我的一点小经验:通常大家都是在Nucleotide里 ...

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根据保守区克隆基因家族的新基因遇到的问题特来请教

我的题目是鸡Mx基因的克隆,我的策略是先根据该基因家族(dynamin family)的氨基酸保守区设计简并引物克隆出该基因cDNA的部分片段,然后根据该片段序列设计基因特异性引物,利用RACE技术得到cDNA的3‘和5’末端,然后根据末端序列设计引物扩增出该基因全长cDNA.我用简并引物从鸡cDNA中扩增出一个片段,约250bp, 测序后拿来BLAST时却发现,与之同源性最高的并不是其它的Mx基因,而是人的某一个基因 ...

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【共享】GraphPad Prism-Transheep力荐SCI统计插图制作神器

Transheep小编发现GraphPad Prism不仅简单易学而且可以搞定大部分医学研究所需的统计与作图,所以今天总结了几种常用统计图的做法,教您轻松快速地做出漂亮的统计图,您只需花很少的时间看完这个教程就可以彻底摆脱excel笨拙的作图功能了。废话不多说让我们正式开始。 1. 折线图折线图最为统计图中很常见的一类图,它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据,因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值,所以我们在 ...

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【专题讨论】Solexa测序

Solexa 高通量测序法原理Solexa 方法是利用单分子阵列测试 genotyping ,此种测序法首先是将 DNA 从细胞中提取,然后将其打断到约 100 - 200bp 大小,再将接头连接到片段上,经 PCR 扩增后制成 Library 。随后在含有接头的芯片( flow cell )上将已加入接头的 DNA 片段绑定在 flow cell 上,经反应,将不同片段扩增。在下一步反应中,四种荧光标记的染料应用边合成边测序( Sequencing By Synthesis )的原理,在每个循环过程里,荧光 ...

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【资源】核酸蛋白检测仪、紫外检测仪使用说明书

核酸蛋白检测仪、紫外检测仪是检测核酸蛋白质的重要工具。以下是说明书的内容。检 测 仪 使 用 说 明 书一.概述  核酸蛋白检测仪、紫外检测仪是液湘色谱仪中的一种紫外检测装置,核酸蛋白检测仪、紫外检测仪是根据生命科学的发展对于现代色谱仪器的要求而改进设计的一种新型紫外检测仪。该仪器在创新方面的主要特点为:1. 该仪器除配有输出10mV记录仪信号外,还配有输出适合计算机积分仪的输口,这样很方便构成色谱工作站系统。(可同时进行计算机和记录仪信号输出,亦 ...

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【共享】核酸分析软件下载

核酸分析软件下载软件名称  AnnHyb2.22 软件大小 207k 立即下载AnnHyb2.22是设计PCR引物和DNA探针的辅助软件。主要功能有: 1.对寡核苷酸序列,计算溶解温度(nearest-neighbour algorithm,可以设定盐浓度和引物浓度), 序列长度、GC百分比,分子量, 摩尔消光系数,IUB/IUPAC序列、反向序列、互补序列。 2.对50个bp以上的序列, 计算长度,GC百分比、不同盐浓度下的溶解温度 3.对长序列可以进行反向互补序 ...

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miRNA和siRNA:RNA时代的到来?!

原文见:http://www.ebiotrade.com/newsf/2003-12/B20031219174450.htmRNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”,但越来越多的证据清楚的表明,RNA在生命的进程中扮演的角色远比我们早前设想的更为重要。RNA干扰(RNA interference)的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识,更因为可以简化/替代基因敲除而成为研究基因功能的有力工具,因 ...

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诺贝尔奖得主最新发表新方法

诺贝尔奖得主最新发表新方法来自斯坦福大学医学院病理学和遗传学系,约翰霍普金斯医学院生物学系,以及华盛顿Carnegie学院(Carnegie Institution of Washington)等处的研究人员发展了一种能帮助观测体内细胞质中蛋白和蛋白相互作用的分析方法:differential cytolocalization assay(DCLA),这一方法已证实可以检测线虫RNA干扰和无意义介导衰变(nonsense-me ...

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分享“质粒DNA提取鉴定”protocal

主要试剂及溶液的配制细菌培养基:1)LB液体培养基:胰蛋白胨10克酵母提取物5克氯化钠10克以950ml去离子水溶解,用5M的NaOH 调pH值至7.0(约0.2ml),最后以去离子水定容至1L。高压灭菌15磅 20分钟,4℃保存。2)LB固体选择性培养基:LB液体培养基 1L琼脂 15g高压灭菌后,室温放置,待液体温度约50℃时, 加入50mg/ml的氨苄青霉素1ml,使氨苄青霉素的终浓度为50ug/ml。将培养基混匀后在超净台内分别倒 ...

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【共享】大肠杆菌的基因型

大肠杆菌的基因型甲基化相关的基因型dam (DNA adenine methylase)Map position: 74 min功能:dam基因表达DNA腺嘌呤甲基化酶,它能催化特异序列GATC中A的甲基化,保证DNA免受限制性核酸内切酶Mbo I的切断,同时在DNA复制时也起一定的辅助作用。dam基因的变异导致腺嘌呤(A)甲基化酶活性的缺失,使腺嘌呤 (A) 不被甲基化,易于获得非甲基化质粒。dcm (DNA cytosine methylase)Map po ...

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【资源】一些与基因组学学习相关的资料

基因组学相关软件列表1、基因组组装分析:phred, phd2fasta, phrap, consed, arachne, RePS  2、功能注释:glimmer, genewise, genscan, fgenesh, BGF, tRNAscan-SE, MicroRNA, sim4, InterproScan, GO, WEGO, Promoter 2.0, Disembl  3、重复序列:Repeatmasker, ReAS  4、比较基因组:cross_match, blastall, blastz, blat, Fasta, CA ...

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《人类染色体技术与原理》翻译共同体

曾建议成立翻译共同体的,得一些战友支持,选此书练笔,一度中止,偶会继续努力!绒毛组织培养样本准备:20ml注射器,含6ml无血清RPMI1640及两滴500IU/ml的肝素将绒毛组织吸入注射器内,再注入皮氏培养皿后,送至实验室处理1。倒置显微镜下观察,用细镊子将绒毛组织与蜕膜仔细分离,可用HBSS液清洗,将样本分成两等份,一份用于直接法,一份用于培养。2。直接法:将皮氏盘内的培养液换成3ml 37 C 预热20%灭活的胎牛血清,1 ...

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综述:分子标记的种类及其发展

1 引言1.1 分子标记概念的界定广义的分子标记(molecular marker)是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。蛋白质标记包括种子贮藏蛋白和同工酶(指由一个以上基因位点编码的酶的不同分子形式)及等位酶(指由同一基因位点的不同等位基因编码的酶的不同分子形式)。狭义的分子标记概念只是指DNA标记,而这个界定现在被广泛采纳。本文中也将分子标记概念限定在DNA标记范畴。1.2 理想的分子标记的界定理想的分子标记必须达到 ...

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核酸序列的一般分析流程

1.1 核酸序列的检索http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide1.2 核酸序列的同源性分析1.2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi1.2.2 核酸序列的两两比较http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html1.2.3 核酸序列的批量联网 ...

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碱裂解法质粒抽提原理

为了方便理解,这里罗列一下碱法质粒抽提用到三种溶液:溶液I,50 mM葡萄糖 / 25 mM Tris-Cl / 10 mM EDTA,pH 8.0;溶液II,0.2 N NaOH / 1% SDS;溶液III,3 M 醋酸钾 / 2 M 醋酸。让我们先来看看溶液I的作用。任何生物化学反应,首先要控制好溶液的pH,因此用适当浓度的和适当pH值的Tris-Cl溶液,是再自然不过的了。那么50 mM葡萄糖是干什么的呢?说起来不可思议,加了葡萄糖后最大的好处只是悬浮后的大肠杆菌不会快速沉积到管子的底部。因此,如 ...

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【交流】大家来看看我的ISH protocol!哪里有问题么?

microRNA 原位杂交 protocol这个我是以exiqon的protocol为蓝本翻译过来的,有些小步骤上有修改。1脱蜡水合 RT二甲苯undefined3min----二甲苯2x3min——无水乙醇undefined3min——无水乙醇undefined3min——96%乙醇浸入5min——70%乙醇5min——PBS 2-5min2蛋白酶k 2ug/ml(临用前配置) 200ul 10min 37度40ug/ml 蛋白酶k 1:20稀释于蛋白酶k buffer3含0.2%甘氨酸PBS * 2 5min RT(暂时省 ...

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【原创】载体构建血泪史

坑爹啊,一个载体构建,花了我四个月时间,往事不堪回首,为了各位兄弟姐妹们避免重蹈我的覆辙,我就一把鼻涕一把泪的给大家倾诉一下。构建之前啊,我就翻丁香园啊,把里面关于载体构建的精华看了一遍啊,然后呢,以为构建载体很简单啊,以为一个月能搞定啊,所以满心欢喜的就开工了啊。实验室没有载体,就跟别人借。载体借到了,按照文献里报道的选了两个酶切位点,离的太近,先单酶切验证,一切正常。接着往地下做,为了省时间,选用PCR产物直接双酶 ...

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[一块砖头]之5-浅论基因表达系统的选择(原创)

本文就基因表达系统选择的原则做一粗略论述,抛砖引玉基因表达是基因工程的重要内容,是工业、医疗和基础研究领域的重要技术。基因表达系统按照基因表达宿主的性质分为原核表达系统和真核表达系统两类,前者主要包括大肠杆菌表达系统和枯草杆菌表达系统等,后者主要包括酵母表达系统、丝状真菌表达系统和哺乳动物细胞表达系统等。原核表达系统以大肠杆菌表达系统为代表,具有遗传背景清楚、成本低、表达量高和表达产物分离纯化相对简单等优点, ...

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【旧帖整理】高GC含量PCR相关资源小结

近日因实验需要,搜索了园中关于高GC含量PCR相关的资料,顺便整理了一下,做一个资源链接小结,以方便需要的战友查阅;也欢迎有体会的战友提供实战经验!===============================高GC含量的PCR应注意什么?【求助】高GC含量片段扩增问题如何解决【求助】高GC含量的基因PCR应注意什么?高GC含量PCR困难,求助求助:高GC含量PCR的扩增【求助】5'高GC含量的pcr怎么做啊【讨论】PCR一定要加DMSO吗?【求助 ...

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