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(转自toda)：蛋白质结构功能区查询与分析：Pfam数据库Pfam is a large collection of multiple sequence alignments and hidden Markov models covering many common protein domains and families. For each family in Pfam you can:1. Look at multiple alignments2. View protein domain architectures3. Examine sp ...

不知这里有没有人研究PROTEOMICS中根据PEPTIDE MASS FINGERPRINT（PMF）搜索数据库来鉴定蛋白质的算法问题的。本人最近在研究其中的一种算法 probability based algorithm,其代表软件是Mascot, 其前身是MOWSE，但查了很多文献，具体谈到细节的很少，只有如下一些：“MOWSE Scoring schemeThe final scoring scheme is based on the frequency of afra ...

SDS-PAGE相关帖整理（2005年4月到7月）注：已经筛选，主要是得分帖或小生以为有参考价值的帖子。SDS的作用SDS沉淀SDS去除SDS破坏二硫键？上样缓冲液配方SDS不影响制作多抗SDS胶检测蛋白纯度各工作液的保存时间分子量胶浓度和PH切胶免疫动物电泳缓冲液配方组织蛋白提取液各成分作用AP尤应冰箱保存裂解细菌双向电泳电压时间引起的问题条纹上样量不宜太少分离胶不凝的原因确定是否表达和形成包涵体磷酸 ...

最新书籍共享Functional Proteomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology)By Julie D. Thompson, Christine Schaeffer-Reiss, Marius UeffingPublisher: Humana PressNumber Of Pages: 598Publication Date: 2008-07-22ISBN-10 / ASIN: 1588299716ISBN-13 / EAN: 9781588 ...

Hi guys,I have a question for you. I made a construct which had beensequenced. It is in pcDNA3.1(+) and with HA-TAA to stop. The rightsize for endogenous protein is 31kD. But when I transfected into COS-7and run western, the size always is 48kD. The endogenous protein isround 33kD (invitrogen protein ladd ...

我要做酵母双杂交，有战友在做吗，交流一下，我的QQ446357706，现在我先把我的资料给大家看看吧，我自己写的程序酵母培养：YPD: 蛋白胨20g ,酵母提取物10g ,琼脂20g葡萄糖20g或灭菌后加入葡萄糖（40% 50ml；过滤除菌/121℃,15min）,使终浓度为2%.YPDA: YPD+adenin hemisulfate(0.2% 15ml;对热不稳定，不能高温高压灭菌)，使终浓度为0.003%.SD /:（SD /完全，SD /-./././.）无氨基酸酵母 ...

Pubmed上以mass spectrum，Mass Spectrometry， electrophoresis electrophoretic等为关键词进行杂志搜索，摘录的大部分杂志。觉得有用的，请顶一顶，投投票:D不排除有遗漏或错误的地方，如有，请大家指出以修改附有杂志的相关简介，链接，07年IF等资料Electrophoresis 3.609European Journal of Mass Spectrometry 1.198Internat ...

2D proteomics has become a method of choice for comparing the complete protein profile of any two cells (be it from the same or different organisms). Isoelectric point (pI) and molecular weight are used to separate these biomolecules in two dimensions (hence the term “2D”), thereby aiding analysi ...

Lysis buffer(western)Stock solutions Working Solution working --50ml1M Tris 20mM 1ml5M Nacl 100mM 1ml0.1M EDTA 2mM 1ml1%NP-40 0.5mlWorking solution 5ml 10ml1mM PMSF 50ul(100mM) 100ul25mMNaF 50ul(2.5M) 100ul10uM ALLN 5ul(10mM) 10ul10uM ALLM 5ul(10mM) 10ul0.1mM Sodium Ortho ...

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS SemimonthlyISSN: 1570-9639ELSEVIER SCIENCE BV, PO BOX 211, AMSTERDAM, NETHERLANDS, 1000 AEBRIEFINGS IN FUNCTIONAL GENOMICS & PROTEOMICS QuarterlyISSN: 1473-9550OXFORD UNIV PRESS, GREAT CLARENDON ST, OXFORD, ENGLA ...

Principles of Gene ManipulationChapter 1 Gene manipulation: an all-embracing techniqueChapter 2 Basic techniquesChapter 3 Cutting and joining DNA moleculesChapter 4 Basic biology of plasmid and phage vectorsChapter 5 Cosmids, phasmids and other advanced vectorsChapter 6 ...

最近想找出哪些基因受甲基化的调控。查了相关的文章，都是关于芯片的。各类肿瘤细胞系基本全了。列在下面希望对这方面研究的战友有帮助。1. A Genome-Wide Screen for PromoterMethylation in Lung Cancer Identifies NovelMethylation Markers for Multiple MalignanciesDavid S. Shames1,2,3, Luc Girard1,2,3, Boning Gao1,2,32. Ident ...

2008的ASMS已经闭幕了，这个鸟会规模越来越大了，很欣喜地看到越来越多的报告是蛋白质相关的应用，每一个报告都听一遍是不太可能了，大家可以选一些感兴趣的，我上传来大家一块学习学习。下面是所有报告的一些大主题，每一个主题下面都有五六个报告（这个题目太多了，就不一一列举了，可以到下面去查询 http://www.asms.org/Default.aspx?tabid=47 ），另外还想问一下行家，上传空间应该怎么搞定Monday, ...

蛋白版建版以来无人应助帖汇总，请广大战友积极应助，加分从优！！！为了节省版主时间，广大战友应助后勿在此或无人应助贴后跟帖，请统一到积分申诉区申诉，谢谢！！！ 蛋白版06年3月份无人应助贴 蛋白版06年2月份无人应助贴 蛋白版06年1月份无人应助贴 蛋白版05年12月份无人应助贴 蛋白版05年11月份无人应助贴蛋白版05年10月份无人应助贴 蛋白版05年9月份无人应助贴蛋白版05年8月份无人应助贴蛋白版05年7月份无人应助帖蛋白版0 ...

配制 Tris- 甘氨酸 SDS-PAGE 聚丙烯酰胺凝胶电泳分离胶所用溶液溶液成分 不同体积（ ml ）凝胶液中各成分所需体积（ ml ）5101520253040506% SDS-PAGE 水 2.6 5.3 7.9 10.6 13.2 15.9 21.2 26.530% 丙烯酰胺溶液 1 2 3 4 5 6 8 1010% SDS 0.05 0.1 0.15 0.2 0.25 0.3 0.4 0.510% 过硫酸氨 0.05 0.1 0.15 0.2 0.25 0.3 0.4 0.5TEMED 0.004 0.008 0.012 0.016 0.02 0.024 0.032 0.04 8% SDS-PAGE 水 2.3 4.6 6.9 9.3 11.5 13.9 18.5 23.230% 丙烯酰胺溶液 1 ...

生物化学资源　 Biochemistry...................................................蛋白质数据库银行(Protein DataBases）http://pdb.pdb.bnl.gov/这里提供实验性的Gopher服务，包括便利实用的方法，多彩的图形及一些分析信息。国际核酸序列数据库(DDBJ/EMBL/GENBANK)http://www.im.ac.cn/sdinfo/guojihezuo.html国际核酸序列数据库(DD ...

蛋白质组学研究成功与否，很大程度上取决于其技术方法水平的高低。蛋白质研究技术远比基因技术复杂和困难。不仅氨基酸残基种类远多于核苷酸残基（20/ 4）, 而且蛋白质有着复杂的翻译后修饰，如磷酸化和糖基化等，给分离和分析蛋白质带来很多困难。此外，通过表达载体进行蛋白质的体外扩增和纯化也并非易事，从而难以制备大量的蛋白质。蛋白质组学的兴起对技术有了新的需求和挑战。蛋白质组的研究实质上是在细胞水平上对蛋白质进行大规模的平行分离 ...

近年来，非编码RNA（即没有被翻译成蛋白质的RNA）在调控基因表达中扮演至关重要的角色已经成为一个清楚的事实。对包括microRNA，siRNA等的非编码RNA的研究更是研究的焦点。这些领域研究的不断的深入也使我们对基础生命物质有了新的了解、认识。近年来，国内外在非编码RNA方面的研究取得了多项令人瞩目的成就。2008年即将来临之际，美国卫生研究院在上周五宣布说，计划在2008年拨款150万美元用于研究非编码 ...

博苑双向电泳、DIGE、质谱、色谱、Mascot培训讲座(第二轮通知)自从1977年，人类完成第一个物种-噬菌体的全基因组测序以来，目前已经顺利完成了成千上万个物种的全基因组测序。虽然基因组测序获得了巨大进展，但人类对基因组的深入解读才刚刚开始。蛋白质是基因功能的执行者，蛋白质组学是功能基因组学的重要组成部分、是解读基因组的必经之路。以双向电泳、色谱和质谱为代表的经典实验技术在蛋白质组学研究中扮演着重要角色。博苑 ...

氨基酸（amino acids）:是含有一个碱性氨基和一个酸性羧基的有机化合物，氨基一般连接在α-碳上。氨基酸是肽和蛋白质的构件分子。必需氨基酸（essential amino acids）：指人（或其它脊椎动物）自己不能合成，需要从饮食中获得的氨基酸，例如赖氨酸、苏氨酸等氨基酸。非必需氨基酸（nonessential amino acids）：　指人（或其它脊椎动物）自己能由简单的前体合成的，不需要由饮食供给的氨基酸，例如甘氨酸、丙氨酸等氨基 ...