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像其他真核细胞一样，在植物细胞中，糖基化是被研究最多的翻译后事件之一。根据寡糖部分和蛋白质骨架之间的连接方式，可将糖基化分为两种类型：N-糖基化和O-糖基化。在此介绍我们实验室常用的研究植物蛋白质糖基化的几种不同的实验方法。这些方法依赖于糖特异探针的印记检测、糖蛋白的特异去糖基化以及质谱分析。通过这些实验，不仅可以确定一个蛋白质是不是糖蛋白，还可以确定糖蛋白是在哪个位置以及如何被糖基化的。本章最后部分介绍植物细胞中糖蛋白类群的特殊纯化和鉴定方法，称为糖蛋白质组学。

可逆的蛋白质的磷酸化作用参与植物细胞生理学的所有活动。由于用于研究磷酸化蛋白质的蛋白质组学和质谱技术的应用，使得这项具有高度挑战性的任务—揭示和分析植物中动态蛋白磷酸化网络的工作最近才开始成为可能的。蛋白质胰蛋白酶的剪切，色谱层析分离富含磷酸化肽段，质谱裂解和磷酸化肽段的序列分析为建立鉴定大部分目前已知的植物体内磷酸化蛋白质的实验方法打下了基础。当用胰蛋白酶消化单独分离出来的组分或不同的植物细胞器的蛋白质时，这个方法是最有效的。固相金属螯合亲和层析（IMAC )对富集复杂的蛋白质消化物被甲基化后生成的磷酸肽很有用。以下分离出来的磷酸肽的串联质谱分析得到了磷酸化蛋白质的鉴定和生物体内磷酸化位点的定位。个体蛋白质中修饰位点的磷酸化程度的相对定量分析可借助稳定同位素标记技术或专用的液相色谱-质谱方法完成。

BioLegend MojoSort™ 磁珠分选实验分享：一、免疫磁珠分选简介免疫磁珠分选是一种从复杂的细胞混合物中分离出高纯度细胞的方法。基于细胞表面抗原能与连接有磁珠的特异性单抗相结合，在外加磁场中，通过抗体与磁珠相连的细胞被吸附而滞留在磁场中，不带有该种表面抗原的细胞由于不能与连接着磁珠的特异性单抗结合而没有磁性，不在磁场中停留，从而使细胞得以分离。有两种分选方式，阴性分选及阳性分选。BioLegend 公司的 Moj ...

PROTICdb 是一种主要为存储和分析通过 2D 聚丙烯酰胺电泳和质谱分析得到的植物蛋白质组数据的网络数据库。开发 PROTICdb 的目的是：①存储、跟踪、查询与蛋白质组学实验相关的信息，从组织取样到蛋白鉴定和定量分析；②将使用者的专业知识和其他来源的信息整合成一个用于支持数据分析的知识库（如用于等位基因变异或翻译后修饰产物的鉴定）。数据通过 Melanie，PDQuest，IM2d，ImageMaster(tm)2DPlatinum v5.0，Progenesis，Sequest，MS-Fit，Mascot 等软件处理之后可上传到 PROTICdb 关系型数据库中，也可以在网络上直接填写 （ 实验设计和方法）。2D 聚丙烯酰胺电泳注释图可以通过 GelBrowser 显示、查均和比对。定量数据可被方便地以列表形式导出，供任何第三方软件进行统计分析。PROTICdb 是基于 Oracle 或 PostgreSQLDataBase 管理系统，可从以下网址免费获取：http://cms.moulon.inra.fr/content/view/14/44/。

Preparation of Protein Extract1. Prepare extracts from cultured cells or tissues with our Trident Extraction Kits.The total number of cells per ml and the cell equivalent loaded per lane of gel should be optimized specifically for each protein and antibody.2. Determine the protein concen ...

用基质辅助激光解析飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS)鉴定膜蛋白之前，需要将这些蛋白质分离出来用以质谱分析。用非变性去垢剂十二烷基-β-D-麦芽糖苷溶液增溶膜样品后，可用离子交换层析（IEC)分离膜蛋白质，并经十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE)，进一步分离蛋白质组分。根据膜蛋白质样品的复杂程度，可在 IEC/SDS-PAGE 之前，先使用凝胶过滤层析手段分离蛋白质。对最终获得的 SDS-PAGE 电泳胶板的染色，使我们能简单地建立起一个膜蛋白表达谱以及免疫抗原反应。此外，对疏水性膜镶嵌蛋白的胶内酶解也是很有必要的。通过上述这些分离步骤 ，最终可实现通过 MALDI-TOF-MS 对蛋白质的鉴定。本章介绍应用于植物、酵母质膜和植物液泡膜上的膜蛋白分离方法。

本章我们介绍运用 2D 液相色谱串联质谱大规模鉴定水稻叶片和根组织中的蛋白质的详细实验方法。该方法通过带有电喷雾发射喷器的纳升级流速双相层析柱（ 强阳离子交换/反相）来实现，这种技术的缩写名为 Mudpit( 多维蛋白鉴定技术）。这里介绍的实验方法包括从水稻植株收集叶片和根组织材料，从收集的叶片和根组织材料中提取蛋白质，提取出来的蛋白质的消化，制备带有整合电喷雾发射喷头的双相毛细管层析柱，运行数据依据性二维液相色谱-串联质谱分离多肽，使用数据库搜索得到的串联质谱数据鉴定多肽和蛋白质。这个方法不仅适用于多种植物材料，而且可用于鉴定植物特定组织、器官、细胞器或亚细胞器的蛋白质。本章除了介绍详细的实验方法外，还列举了一个具有代表性实验的结果，即用多维蛋白鉴定技术鉴定超过 1000 个的从水稻叶片和根样品中提取的蛋白质。

（一）免疫（immunity）传统概念：指机体对病原体的感染有抵抗力。现代概念：机体免疫系统识别「自己」和「非己」，对自身成分产生天然免疫耐受，对非己异物产生排除的一种生理反应。免疫系统的功能：1. 免疫防御：识别、清除入侵的病原体及有害生物分子。2. 免疫监视：识别、清除体内突变细胞和病毒感染细胞。3. 免疫自稳：清除体内衰老、损伤或变易性细胞，对自身成分耐受，维持内外环境相对稳定。免疫的分类根据种系和个体免疫体系统的发育过程及免疫应 ...

串联质谱是根据肽段的裂解规律（fragmentation pattern，也叫做 MS/MS 扫描）对肽段进行鉴定的有效技术。在串联质谱中，每一个肽片段都可以获得各自的光谱 ，从而可以根据肽段的特性对蛋白质进行鉴定。这个在自动采集数据方面的重要优势给液相色谱和串联质谱建立了有效的联系，而纳升级色谱柱和电喷雾电离的使用可大大增加该方法的有效性。利用这种技术现在可以大量鉴定出飞摩尔（fentomole)水平的肽段。MS/MS 光谱的批量处理可以产生一系列肽段，这些肽段对鉴定纯蛋白或蛋白质混合物具有较高的可信度。

MALDI-TOF 肽质量指纹图谱（PMF)是鉴定蛋白质较为快捷、方便的方法，所研究的基因组已经完成了测序和注释，蛋白质可以通过二维凝胶电泳分离和检测。研究植物蛋白质组有两个困难：一是只有少量植物完成了基因组测序，二是主要污染物来自于非植物本身。本章介绍了经典的“自下而上”的方法（即从多肽到蛋白识别）：凝胶切割，凝胶消化，肽回收和净化，MALDI-TOF 质谱，蛋白质数据库查询。

采用聚偏氟乙烯（polyvinylidene difluoride，PVDF )膜的免疫印迹技术是 Edman 测序最常用的方法。通过电转印，蛋白样品从 2D-聚丙烯酰胺（2D-PAGE)凝胶转移到 PVDF 膜上，装载蛋白的这种膜可直接用于蛋白测序。如果经几个循环而测序结果不理想时，可将 PVDF 膜从测序仪上取下，再用去封闭溶液（deblocking solution ) 处理该膜。当上述方法失败时，可采用其他方法如 Cleveland 法。由于 2D-PAGE 的分辨率高，综合运用 2D-PAGE、免疫印迹和 Edman 测序可大大提高蛋白测序的效率。

我们提供了关于蛋白质组学数据的多元分析背景，并且还提供了不同数据包数据转换的方法。这项技术可以用来解决包含大量数据的生物学及生物化学方面的问题。多元分析包括 2D 胶的数字化、图像处理软件分析、数据的转换、多元数据分析、结果的解释，根据这些多元分析，最终解决生物学的问题。

开发实验设计助手的Nathalie Percie Du Sert图片来源：Welcome Trust应该有一种免费在线工具，可以让动物实验设计可视化，并提出重要的反馈，这样可以把科学家从糟糕的研究设计歧路上拉回来。这正是一些软件研发者所希望的目标。过去几年，研究人员在发表的动物研究成果中挑选出大量的设计和报告错误，他们指出这些可能会导致偏见。作为回应，数百家期刊就报道动物研究论文达成自愿性指导规则，形成最佳操作实践清单，如利 ...

二维电泳作为比较蛋白质组学研究的一种重要实验手段，它的应用能够方便地反映出不同生理或遗传背景下蛋白相对量的变化差异。其结果的统计意义与不同的因素紧密相关，包括从实验设计到统计测试等各种因素。在这一章中我们描述了在实验的设计和图像采集过程中应该加以考虑的不同参数，并给出了不同程序使这些量化数据标准化和根据用户自定义标准来选择可重复性蛋白质点以及在质变和量变上显著不同的蛋白质点。

随着表观遗传学研究的不断深入，组蛋白修饰（甲基化，乙酰化，磷酸化…）和 DNA 甲基化修饰相关的高水平研究成果如雨后春笋般涌现，遍布 Nature, Cell 和 Science 等期刊杂志。在分子生物学的中心法则中，遗传信息从 DNA、RNA 流向蛋白。基因组 DNA 和组蛋白上都存在可逆的表观遗传学修饰，这些修饰可调控基因的表达，并由此决定细胞的状态，影响细胞的分化和发育。不禁让人疑问，那么 RNA 上也存在类似的调控机制吗？近两年，科学家们首次发现了一种可逆性的 ...

蛋白磷酸化是多种信号转导途径中的重要环节，细胞内大部分重要的生命过程都涉及蛋白磷酸化。蛋白激酶很多，根据其底物蛋白被磷酸化的氨基酸残基种类，可将它们分为 5 类，其中丝氨酸/苏氨酸 (Ser/Thr) 蛋白激酶又可分为以下几类。（1）蛋白激酶 A（protein kinase A，PKA）即 cAMP 依赖性蛋白激酶。全酶存在胞浆，被 cAMP 激活后，催化亚基可① 调节代谢；②调节离子通道；③调节其他信号转导途径的蛋白；④ 进入细胞核调节基因表达。（2）蛋白激酶 C 即 Ca2＋和磷脂 ...

在本章中，我们提供了一个详细的方法来分析同一植物两个不同组织器官蛋白的差异表达。这个方法包括收集成熟番茄的叶和根，从收集的组织中制备蛋白质提取物，在差异凝胶电泳前荧光标记样本，一维和二维电泳分离以及图像定量差异蛋白表达量。这种方法广泛适用于植物材料并且可以用来研究植物应答生物胁迫、非生物胁迫、遗传操作、选育育种及其他方面的蛋白质表达差异。另外，除了具体阐述实验方法以外，我们还给出了一个具有代表性的分析番茄的根在盐处理及非处理情况下的蛋白表达微量变化的实验结果。

科技期刊经常要求作者投稿时提供高清晰度的图片，并且规定一定的分辨率，比如说线图 1200 dpi， 彩色图表 600 dpi，照片 300 dpi。 我们以前说过矢量图形是没有分辨率问题的，说到分辨率就是指柵格图形。线图和图表制作时都是矢量图形，但是如果要转成柵格图形投稿，就要满足期刊对分辨率的要求。那么我们怎么做能使图片的分辨率满足要求呢？假设我们在 Microsoft Excel 中制作了下面这张图表，然后复制粘贴到 Adobe Photoshop 中，存成 jpg ...

正方观点:非常必要 VS反方观点:没有必要 举证阶段 正方证据有法规、指南的支持，理直气壮！ 1、《医院感染管理办法》 2、《医务人员手卫生规范》 3、《手卫生指南》（WHO） 4、《预防与控制医院感染行动计划（2012-2015年）》 5、《医院等级评审细则》 6、2008年世界卫生组织提倡更安全的医疗、护理是：清洁的手、清洁的操作、清洁的产品、清洁的环境、清洁的设备。 反方证据以事实为依据，不甘示弱！ 1、无论全国很有名的大医院还是基层医院，基本上没有能够实施每一患者抽血前后均进行手卫生的。 2、通过SIFIC论坛调查数据显示，因病人多来不及做手卫生的占到79%。 3、目前国内外因门诊抽血没有进行手卫生而导致严重医院感染暴发或相关疾病传播的报道未见到。 质证辩证阶段 正方辩词 1、门诊化验抽血存在潜在的感染风险。 门诊患者具有多样性及复杂性，作为门诊的抽血工作人员，不可避免地需要与患者接触；文献报道：检验人员手部携带有不动杆菌属、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、沙雷菌

患者57岁女性，因“十二指肠憩室切除+十二指肠吻合术”后“吻合口瘘、腹腔感染，继发重症感染（血行、肺、腹腔）”入ICU治疗。自感染后患者血小板急速下降（由术前的190×109/L直降到感染后的30×109/L以下），予巨和粒以刺激血小板生成，效果并不明显；同时每天给予1~ 2U血小板输注，持续近一个月，但血小板始终徘徊在10~ 30×109/L左右。患者出血状况持续，速乐涓、诺其止血效果均不理想。 大大的两个问号：为什么血小板一下子掉这么低？ ...