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qPCR相关故事

qPCR 的数据相对定量分析其实很简单。我做了很多的 qPCR 实验,也看了很多的资料,包括 Nature protocol,AB 官方的分析教程,MIQE,甚至包括一些商业化软件使用的教程及教程里面记述的原理。我在这里跟大家分享一下自己的经验,最常用、最普遍的相对定量方法就是 2^-△△Ct 法。首先将一次实验的所有基因 Ct 值整理好,之后用每一组样本自身的目的基因 Ct 值减去自身内参基因 Ct 值,得到的数就是 △Ct。换成公式就是:△Ct=Ct(目的基因)-Ct(内参基 ...

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详解16种肿瘤标志物,看完不再困惑

肿瘤标志物在1978年就被发现了,它是指在血液、体液及组织中可检测到的与肿瘤相关的物质,达到一定水平时,可反映某些肿瘤的存在。 血清肿瘤标志物分类: 一个最广谱的指标:癌胚抗原(CEA)1965年发现的CEA可谓是最广谱的指标,它的升高可见于结/直肠癌、胃癌、肺癌、胰腺癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫及子宫颈癌、泌尿系肿瘤等,其他恶性肿瘤也有不同程度的阳性率。总之,腺癌中CEA最容易升高,其次是鳞癌和低分化癌。肿瘤分期晚、瘤体负荷大、肿 ...

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全自动生化分析仪测定ALT和AST结果失真的分析

作者:张剑波 徐三男 龚国富 鄂州市中心医院(湖北鄂州436000)【摘要】目的探讨用全自动生化分析仪测定ALT和AST结果失真的原因以及解决的方法。方法 全自动生化分析仪7600速率法检测ALT和AST。结果有一些ALT和AST测定结果太低甚至为负值,反应曲线异常,经过稀释后测定,其结果与稀释前相差甚远。结论遇到过低的结果要寻找原因,经常察看反应曲线,避免报告结果与临床不符。【关键词】ALT AST 全自动生化分析仪速率法 血清丙氨酸氨基 ...

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生化分析仪酶测试不准确原因分析

在生化分析测量中,酶的测定比较复杂,要求条件较高,测试比较困难。一般生化分析仪只要酶的测定准确,重复性好,其它项目的测定一般都会没有问题。现就生化分析仪酶分析中常见的测试不准确、重复性差的几点原因进行分析,以供使用者和维修工程师参考。生化分析仪酶的测定一般用动力学法进行测试,其原理是在酶反应的最适条件下,用物理、化学或酶促反应的分析方法,在反应速度恒定期(零级反应期)来连续观察和记录一定反应时间内底物或产物量的变 ...

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那些你不知道的实验室小技巧

实验室里有很多非常容易学会并且不太被重视的小技巧,可以提高你的科研效率。霸霸会定期推荐 10 条,千万不要走开,锁住生物学霸频道。1. 封口膜剪了以后直接拉伸使用(保护纸会在拉开后分离),这样就不需要抠开了。实验室内请带手套操作,以上是为了拍照才未使用手套。2. 鱼缸潜水泵做回流冷凝的循环水泵,加氧泵用来做过柱的加压泵。这个过柱指的是硅胶/氧化铝柱层析,不是指葡聚糖柱等其他类型的柱子。3. 带验钞功能的手电筒可以用来过染料(便宜、比便携 ...

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实验室通用小技巧

仪器相关之某些 pH 计的电极不能准确测出 Tris 缓冲液的 pH,特别是 Ag/AgCl 参比 电极 。 如果调好 Tris 溶液的 pH 后,应 10 分钟之后再测一次,如果读数和原来不一样,请打电话询问 pH 计厂商。探针式超声破碎仪可对耳朵产生伤害, 一定要使用耳罩/耳塞 。显微镜的光源在关闭电源前要调至最暗 。 如果在高亮度时关闭电源,在下次开启电源的瞬间,光源灯泡很可能坏掉 。向水浴锅 、 灭菌器内添加的水要求至少是蒸馏水,禁止添加自来水。畅 区分通风橱 、 超净工作台和生物安全柜 。通风橱可以保护操作者,因此 ...

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RT-PCR 没有产物怎么办?

在琼脂糖凝胶分析中看到少量或没有 RT-PCR 产物,可能有以下原因。RNA 被降解在用来验证完整性之前先在变性胶上分析 RNA。使用良好的无污染技术分离 RNA。在将组织从动物体取出后立刻处理。在 100% 甲酰胺中储存 RNA 如果使用胎盘 RNase 抑制剂,不要加热超过 45℃ 或 pH 超过 8.0,否则抑制剂或释放所有结合的 RNase。而且,在≥0.8 mM DTT 时加入 RNase 抑制剂,一定要存在 DTT。RNA 中包含逆转录抑制剂通过乙醇沉淀 RNA 除去抑制剂。用 70%(v/v)乙醇对 RNA 沉淀进行清 ...

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导师遇到一水货研究生是一种什么样的体验?

有一个帅气幽默学术功底扎实的老师。有一次上课,他跟我们讲自己带的研究生。当时他是以劝诫的口气跟女生讲,说你们如果不是醉心学术的话,千万不要坑导师。事情是这样的,三年前他带了一个女研究生,研一还挺乖的看文献写报告都还行,研二就嫁人了,研三居然怀孕要生小孩。然后一个孕妇抱着老师大腿哭,说自己毕不了业,自己不能找工作,既拖累孩子又拖累丈夫。然后老师无奈之下答应帮她改论文,让她好好准备毕业论文。事情变成了老师边看边改,又让 ...

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纳米材料进军医学领域?斑马鱼帮你把关

摘要:纳米金刚石(ND)因其物理化学特性和生物相容性已被提议应用于各种生物医学,包括生物成像,生物传感和药物输送等。除细胞模型外,如何具有成本效益的同时开展动物实验是关键,而用于体内毒理学测试且快速、灵敏、可重复的斑马鱼胚胎模型则是首选。随着材料的发展和纳米技术的进步,医学领域也逐渐进入了纳米世界。在所有最近开发的纳米材料中,纳米金刚石(ND)因为极好的物理和化学性质成为碳族一类的新型纳米材料。此外其低细胞毒性和 ...

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一个月 2000 元,你为什么还读博士?

我时常在想,人生的意义到底是什么?我曾经给予自己的答案是:人生的意义在于,追求自己真正想要的,并去实现它,这就是人生的意义。不论这个追求是伟大的,还是渺小的,只要他实现了,那么他在实现过程中的人生就是有意义的。然而现在我却是迷茫了,一个很简单的例子:我们为什么要读博,可是读上了之后却又在痛苦而绝望地呐喊着。跟博士新生和硕士交流时,他们总是怀着许多美好的期许:做点科研,找个好工作,总感觉博士应该比硕士值钱,能挣更多的钱 ...

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MHC 四聚体技术:检测抗原特异性 T 细胞的金标准

细胞在肿瘤、病毒、细菌、寄生虫、移植组织、过敏原、甚至自身抗原的适应性免疫应答中都发挥着重要的调节作用。大部分 T 淋巴细胞在其细胞表面表达单一的、高度特异性的抗原受体(TCR),与 MHC-抗原肽复合物相结合并识别其中特异的抗原肽,启动获得性/特异性免疫应答机制,比如 T 细胞介导的细胞免疫和 B 细胞介导的体液免疫。由于 TCR 与 MHC-抗原肽复合物之间的亲和力低,半衰期短,相互结合后容易快速脱落,重组的可溶性 MHC-抗原肽复合物单体并不适合用于抗原 ...

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不需要探针就能做突变分析?

如果你做过序列差异分析,就会发现常用的方法包括单链构象多态性、变性梯度凝胶电泳、变性高效液相色谱、测序等,这些方法都需要分离样品。之后进行多步反应,操作繁琐,耗时长,且 PCR 产物有污染的风险。而 HMR 在 5 分钟之内就能完成,无需额外的步骤,也容易开发成高通量筛选,且是唯一的闭管操作,增加了分析的可靠性,这些优势对于分子诊断分析而言,格外重要。如果你做 DNA 甲基化,HRM 分析还为你另辟蹊径。DNA 样品通过亚硫酸氢盐的处理,将未甲基化的胞嘧啶 ...

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怎样选择ELISA 试剂盒?

目前市场上的 ELISA 试剂盒质量参差不齐,如何去挑选适合自己的试剂盒就显得特别重要,具体有以下几点可供参考。特异性ELISA 试剂盒的特异性与试剂盒的关键组分,抗体对有关。若抗体对中之一为多抗,另一个必须为单抗,建议使用双单抗。灵敏度灵敏度反映的是试剂盒检出被检物质的最低量的能力,用户可根据自己样本中待检指标的量选择合适的试剂盒,如果待检指标量很低,一般的试剂盒不能满足要求,可选择高敏的 ELISA 试剂盒。重复性科学实验讲 ...

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中科院每天在干什么?

中科院的科研实力非常之强,有钱、有设备、有牛人。而且这几年国家拼命往科研里砸钱,中科院的项目、资金和牛人,都越来越多。从宏观的角度讲,中科院发表高水平论文的数量多。多到什么程度呢?世界第六,亚洲第一。根据上个月 Nature 刚刚发布的 Nature Publishing Index 2013(Asia-Pacific),在全世界,中科院发表 Nature 研究型论文及其子刊的指数(Nature Publishing Index,缩写为 NPI 或 CC),仅排在哈佛、 ...

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试剂配制,你不知道的事

哪种浓度的酒精消毒效果最好?70% 酒精杀菌力最强,它能使蛋白质脱水和变性,在 3~5 分钟内杀死细菌。因此,它用于消毒和防腐,适用于皮肤和器械、塑料制品等的消毒。高浓度的酒精(95~100%)能引起菌体表层蛋白质凝固,形成保护层,使酒精分子不易透入,因此杀菌能力反而弱。试剂的等级有哪些?根据化学试剂的纯度,按杂质含量的多少可分为四级:一级试剂为优质纯试剂,通常用 G·R 表示;二级试剂为分析纯试剂,通常用 A·R 表示;三级试剂为化学纯试剂,通常用 C·R ...

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如何把细胞养得更漂亮?

不同的细胞,喜欢的环境是不一样的有一些细胞是数量多一点比较好生长,生长状态也比较好。这种一般是属于生长速度慢的细胞,譬如内皮细胞。而有一些细胞是数量少一点细胞状态会生长的比较好,譬如巨噬细胞和某些肿瘤细胞。巨噬细胞,生长速度非常快,贴壁速度很快,所以传代时就应该留很少量的细胞,这样细胞状态会比较好。并且它比较喜欢扎堆生长,而堆与堆之间是有空间的。如果长得连成一片,细胞形态就会差,老化的会比较多,对后期实验结果不好。 ...

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论文写作:用完美的图展现你的实验数据

好的实验数据图对于论文非常重要,如何用完美的图充分展现你的实验数据呢?除了看看级别高的杂志学习他们是如何制作排版的,掌握一些作图软件,下面的这些建议或许对你也有帮助。如何做免疫组化的图免疫组化做完后就要进行目的蛋白表达水平的评估,就是读片的过程。期间可以留意哪些染色具有代表性,可以作为文章中的图,用显微镜拍好后,接下来就是如何将这些代表性的图(如 weak,moderate,stong staining)合成一张图。将 ...

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qPCR:从菜鸟到高手进阶宝典

无 Ct 值出现检测荧光信号的步骤有误:一般 SG 法采用 72℃ 延伸时采集,Taqman 法则一般在退火结束时或延伸结束采集信号。引物或探针降解:可通过 PAGE 电泳检测其完整性。模板量不足:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起。模板降解:避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。Ct 值出现过晚(Ct 38)扩增效率低:反应条件不够优化。设计更好的引物或探针,改用三步法进行反应。适当降低退火温度,增加镁离子浓度等。PCR 各种反应成分的降解或加 ...

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玩转 Protocol 之七种武器

每当要搞从未做过的实验时,总会抓狂,到哪找 Protocol 呢?度娘似乎是万能,但度娘往往会把你带到「沟」里去。想必,这一直是困扰大家的问题。好吧,师兄今天将传授你七种武器,帮你找到心中的「它」。上古卷轴:实验工具书在上古时代,我们可以通过《分子克隆指南》、《蛋白质技术手册》、《蛋白质-蛋白质相互作用》、《Using Antibodies》、《动物细胞培养——基本技术指南》等等「上古卷轴」,找到我们想要的东西。不仅如此,在这些卷轴中,都会较为详 ...

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5 年病毒包装经验总结

在做病毒包装实验中,有科研工作者常遇到:用同样一个病毒载体系统进行病毒包装实验,为什么有人做的很好,次次成功。有人却是时常做不出来,稳定性很差,不是滴度低就是根本不出毒?腺病毒 or 慢病毒?慢病毒可以插入细胞基因组,稳定表达,持续时间长。 包装周期短(一般要两个月),感染效率相对于腺病毒要低很多。不能扩增,一次包装的病毒用完后如果再需要只能重新包装,成本高。一次包装所得到的的病毒滴度也相对较低(10 的 8 次方 pfu/ml),不大适合直接用 ...

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