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蛋白质的起始模型，常由于相角的解不够完美，使计算出来的电子密度图产生误差，误导模型的走向，因此需要做进一步的改善，称为修正 (refinement)。结构模型的误差来源有 1）生物大分子结晶不完美，导致的衍射强度低，误差大；衍射数据分辨率有限；2）相角推算过程引入的误差；3）电子密度的解释和模型构建过程引入的认为的误差。所以为了改进结构模型和衍射数据之间的吻合程度同时保持结构模型的立体化学合理性，就必须要调整参数对结构模 ...

如果你打开一个 PDB 文件，你会看到（x,y,z）来表示蛋白的 3D 坐标，当你移动蛋白时，你会修改单个原子的三个坐标，即为每个原子都有（x,y,z）三个自由度，对于大量原子计算来说，3 个自由度的计算量太过庞大。为了使计算简单，rosetta 使用分子内坐标进行替代，即使用一个原子的相邻原子之间的角度，键以及扭转，来进行定义。内坐标此时同样也具有三个自由度：键，角度，扭转（ bond, angle, and torsions）。但这三个自由度并不是同等重要的。 ...

① 曹雪涛院士 Science 揭示 m6A 介导的细胞代谢重编程抑制病毒感染机制m6A 甲基转移酶复合物组分 METTL3 / 14 限制寨卡病毒产生，而 m6A 去甲基酶 ALKBH5 和 FTO 增强这种病毒的产生。在病毒和宿主之间的相互作用中，由 m6A 修饰介导的细胞代谢重编程尚不清楚。在一项新的研究中，为了探究 mRNA 修饰 m6A 在宿主对病毒感染作出的反应中的作用，来自中国北京协和医学院、南开大学、西湖大学、中国医学科学院基础医学研究所和第二军医大学的研究人员检测了受病毒感 ...

中英文的相互转换是当下学生工作中的必备技能，作为科研人，做学术不免要写论文，写论文不免会遇到翻译问题，常规的翻译就是把论文题目、摘要、关键文翻译成英语，那么怎么在海量的词库中，寻找到最精准的那个单词呢？今天介绍的这款COCA英语在线词库，就能完美解决这个问题！一、COCA英语在线词库网址：https://www.english-corpora.org/coca/COCA英语在线词库是目前最大的免费英语词库，由美国杨百翰 ...

先看下方两张图解，然后再进入正题。一、micoRNA是什么？二、micoRNA命名1.miRNA简写成miR-No,如miR-21。2.高度同源的miRNA在No.其后加英文字母，如miR-199a和miR-199b.3.由于不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟序列的miRNA，则在后面加上阿拉伯数字以区分.4.如果一个前体的2个臂分别加工产生miRNA,则在表达水平较低的miRNA后面加“”，如miR-1 ...

在统计学分析里，最重要的元素是数据，因为数据的属性决定了用什么样的方式来比较数据，不同的数据比较方式就决定了统计分析方法以及对应的统计图。今天继续给大家介绍一下 Graphpad 的统计分析功能之非配对 / 独立样本（unpaired）t 检验。今天的演示直接以 sample data 来进行。1. 点击 creat，生成一组系统示例数据。如下图2. 点击 Analyze，也可以点击左侧的 Results 的 New Analysis，则会 creat a new analysis，选定 Co ...

① Molecular　Metabolism 发现治疗肥胖及代谢相关疾病的潜在新靶点哺乳动物体内的褐色脂肪细胞和米色脂肪细胞中特异性高表达解偶联蛋白 1(UCP1), 可以将能量转化为热量，从而促进能耗。通过激活褐色脂肪细胞产热及促进米色脂肪细胞生成，进而提高机体能耗，已成为治疗肥胖及代谢相关疾病的研究热点。中国科学院广州生物医药与健康研究院吴东海课题组发现，Tbx15 主要是通过调节 Prdm16(褐色脂肪细胞和米色脂肪细胞生成的关 ...

囊性纤维化是一种罕见但致命的常染色体隐性遗传病，由囊性纤维化跨膜电导调节剂(CFTR)基因突变引起。CFTR负责细胞中盐和水运动的平衡，CFTR的缺陷会导致增厚的分泌物，例如在肺中，这会导致复发性肺部感染，最终导致死亡。最常见的CFTR突变是DeltaF508，该蛋白在508位点缺乏苯丙氨酸(F)残基。然而，具有DeltaF508突变的患者在囊性纤维化的临床表现的严重程度上有很大差异，这表明其他遗传因素也对疾病 ...

测量mRNA丰度的研究，例如那些使用微阵列的研究，经常被用作基因表达的转录控制的代理。然而，给定mRNA在任何时候的数量都是其产生和降解之间的平衡。在最近发表在《基因组生物学》(Genome Biology)上的一篇文章中，麻省大学(University of Massachusetts)的奥利弗·兰多(Oliver Rando)和同事们发现，mRNA的丰度并不总是与基因上RNA聚合酶的数量相关，因此mRNA的丰度并不总是一个很 ...

① Nat Commun：发现细菌中的 Crispr-Cas9 防御系统借助高度先进的显微镜和同步加速器，哥本哈根大学的研究人员对细菌防御其他细菌和病毒的分子机制提出了开创性的见解。研究人员在蛋白质复合物之后发送了一个 COA 分子，从而启动了防御机制。「简而言之，我们发现了一个开关，可以在需要的时候打开该单元的防御系统，这样我们就可以扩散可能的攻击，」Montoya 教授说道。这是研究人员有史以来第一次设法绘制并激活细菌免疫系统。原文检 ...

材料蛋白：1STP软件：PyMOL (TM) 2.3.0 （Edu）目的使用 pymol 展示蛋白中的氢键步骤1.蛋白导入此次选用的蛋白为 1STP 可以直接从 PDB 官网下载文件，或者直接在命令行框中输入fetch 1stp2.展示蛋白的 technical 结构按照步骤，首先点击蛋白右侧的 A 字符下拉菜单中，点击 preset，然后点击 technical出现图即为氢键相互作用的结构，黄色短线即为氢键，氢键两头分别为供体与受体3：查看蛋白的配体氢键点击右下角字母 S出现 ...

今天为大家推荐一款SCI写作助手—Academic Phrasebank，高效运用这款写作辅助神器，绝对让你的文章光彩夺目！Academic Phrasebank简介网站：http://www.phrasebank.manchester.ac.uk/Academic Phrasebank是一个专门针对学术论文写作的词句模板库，尤其是对于专业性的论文写作帮助很大。网站是由曼彻斯特大学的博士John Morley创办的， 它按照论文通常 ...

实例说明某实验室观察某药物治疗大鼠某疾病的疗效，以生存日数作为观察指标，实验结果如下。问该药物治疗该疾病是否可以延长大鼠生存日数。研究假设：H0：实验组和对照组的生存日数的总体中位数相等H1：实验组和对照组的生存日数的总体中位数不相等α=0.051.变量视图和数据视图界面①在变量视图界面输入变量的信息，注意在这里生存天数是标度变量。②在数据视图界面输入变量的各个数据。2.选择两组独立样本秩和检验相关选项点击分析（A ...

现有的基因芯片种类很多，但重要而且常用的芯片并不多，一般分析芯片数据都需要把探针的 ID 切换成基因的 ID。一般有三种方法可以得到芯片探针与 gene 的对应关系：（1）金标准是去基因芯片的厂商的官网直接下载（2）从 NCBI 里面下载文件来解析（3）直接用 bioconductor 包。其中前两种方法都比较麻烦，所以接下来要讲的是：如何用 R 的 bioconductor 包来批量得到芯片探针与 gene 的对应关系。一、说明1 、一般重要的芯片在 R 的 bioconductor 里 ...

材料蛋白：1STP软件：PyMOL (TM) 2.3.0 （Edu）目的使用 pymol 展示配体分子与蛋白结合的模式步骤1：蛋白导入此次选用的蛋白为 1STP 可以直接从 PDB 官网下载文件，或者直接在命令行框中输入fetch 1stp2：查看结构如下图所示，蛋白一般以 cartoon 模式展示，而小分子则是以 sticks 模式展示，周围环绕的红色点状物质为水分子。点击右下方红色框内 S 字母，在命令行框下方会显示出蛋白序列。拉动横轴，可以观察到绿色部位为蛋白序列，灰色 ...

一般情况，我们从文献上看到一条 miRNA，它名称一般是这样的：miR- 21、let- 7 等等。但很多的时候，我们看到的 miRNAs 是这样的：rno-miR- 9 *首先，miRNA 命名先确定物种名称，如人种的为 hsa，然后加上 miRNA 的简写 miR/mir，最后加上其被发现的顺序，如上述的 hsa-miR- 217。在确定命名规则之前发现的 miRNA，则保留原来的名字，如 hsa-let- 7。有一类同源的 miRNAs，它们可能只有 1 - 2 个碱基的差别，同源性非常高，那么在第一个发现并 ...

一、GST pull-down基本知识1、GST pull-down概念GST pull-down：是利用重组技术将探针蛋白与GST谷胱苷肽巯基转移酶融合，融合蛋白通过GST与固相化在球珠上的GSH谷胱甘肽结合。从而分离出能与融合蛋白相互作用的蛋白的技术。2、GST pull-down 研究对象二、GST pull-down 原理1、GST pull-down结合原理2、GST pull-down 分离原理三、GST pull-down 流程1、蛋白的抽提与纯化：① ...

研究人员在微生物细胞工厂发表论文，开发出具有更好抗冻性的转基因面包酵母，这可能会提高储存酵母生产的烘焙食品的质量。当我为家人烤点心时，我经常做太多的面团，不得不把它冷冻起来。不幸的是，用冷冻面团做的点心尝起来总不如新鲜面团做的点心好吃。造成这一问题的一个主要原因不是面团本身，而是面包师傅的酵母(酿酒酵母)，它“生活”在面团内部，通过发酵产生二氧化碳使面团发胀。当我们在-20℃的冰箱中冷冻面团时，我们不可避免地会冷冻 ...

联合国世界环境日是全球公民提高对我们所有人面临的环境问题的认识并采取行动的日子。2019年的主题是战胜空气污染，鉴于最近的气候变化抗议活动，人们似乎从未像现在这样强烈地感觉到，需要用更清洁的替代能源来提炼和燃烧化石燃料。利用生物技术和可再生原材料生产燃料、化学品和材料的生物基础经济旨在减少石化碳的消耗和由此产生的污染。我最近参加了一个关于生物技术在燃料和化学领域的研讨会，会议的主讲人是Jennifer Hol ...

今天我们就用一个号称精度高，对接速度快的软件 AutoDock Vina 做一个案例讲解。