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这周我们有个老师特地给我们推荐了一个专门针对GEO数据分析的综合在线工具--BART，这个工具最近发表在BMC Bioinformatics上，是一个从CELL或expression表达矩阵输入到可视化分析、富集分析的综合分析平台。对于那些生信还没入门的同学来说，该工具的价值更加明显，可以帮助没有生信经验的同学们更完整的做GEO数据分析，甚至是多个GEO数据的整合分析。一、简单介绍1、BART优劣分析：① 功能全面：包 ...

Pubmed按照简单的关键词检索出来的文献实在太多了，如果想查询其中中IF在1-2分或者是2-3分的文献，直接按照分值段进行文献筛选该如何操作呢？

说起基因组序列数据库，大多数人耳熟能详的是三巨头GenBankEBIDDBJ这些数据库在设计之初虽然考虑了基因组存储的需求，但在基因组分析和数据挖掘上的功能设计则比较欠缺。而 IMG/M 作为新一代基因组数据库的代表，不仅能够完整收录现有数据库的内容，还提供了更完善的数据上传、注释和分析服务，将测序数据储存到 IMG/M 数据库（即将 IMG/M 数据库的登录号填写到文章中）也是被许多顶尖期刊如 Nature Communication 所接受 ...

小编今天就安利一个神器--CiteSpace，它可以帮助你快速锁定领域内最关键的科学问题，帮助你了解自己所在学科的前世今生。学习如何使用之前，先让我们欣赏一下利用 CiteSpace 分析做出的图：图片均来源：CiteSpace 中文指南言归正传，CiteSpace 是一款文献分析软件，它可以通过可视化分析协助你了解一门学科的发展历程，并识别该领域最为活跃的研究方向等，以探寻出学科领域演化的路径及知识爆发点。在学习如何使用该 ...

SCI 论文发表是一个繁琐而又漫长的过程，需要我们耐心、细心和认真的对待。不然可能会出现一些让人啼笑皆非的事情，比如下面这位仁兄提到自己的奇葩经历：论文标题中单词拼写错误。图片来源：百度截图标题是一篇文章中最为关键的部分，按常理应该不能容忍出错才对。但是，让人大跌眼镜的是标题拼写错误并不罕见，甚至有点儿比比皆是，今天笔者就给大家说说那些奇葩的标题错误文章。1. microRNAMicroRNA 是一类由内源基因编码的长度约为 ...

① Cell 子刊最新发现糖尿病潜在新疗法白色脂肪组织是包括人类在内的哺乳动物体内两种脂肪组织中的一种，其作用是将多余的能量作为脂肪储存起来。另一种是棕色脂肪组织，它可以将食物中的能量转化为热量，有助于进行热量调节。棕色脂肪组织为抵御寒冷，应答寒冷应激会产生几种脂质，比如 12 -HEPE，但这种脂质的功能并不清楚。来自巴西，美国和德国的研究人员发现在注射浓缩葡萄糖溶液后，用 12 -HEPE 处理的肥胖小鼠比未治疗的小鼠，其血糖水平能 ...

PCR 是一个坑，坑里埋了好多研究僧……PCR 是众位「研究僧」日常实验中最常用的技术，可谓是「研究盛宴」中的一道「小菜」。可也有不少童鞋反映，这道菜不好吃，一不小心就「小河里翻船」。那么，我们该如何把这道菜「吃好」、跳出这个「坑」呢？诸位看官莫急，待我送君「三大法宝」。一、确保 RNA 样本合格常见的 RNA 提取方法有 TRIzol 法、吸附法，这两个方法各有所长，但都不能保证提取的 RNA 样本一定合格。因而，提取完成后应测定 RNA 的浓度及吸光度。通常，在 260，280， ...

上一个教程给大家讲的是如何用 graphpad 做小提琴图，今天应小伙伴们的要求，给大家继续介绍强大的 graphpad prism 8.0 是如何进行多因素方差分析的。我们以双（多）分析中的析因分析为例来介绍。首先我们要明确，析因分析所关心的问题主要有两个：两个或两个以上处理因素的各处理水平间均数有无差异？及主效应有无统计学意义两个或两个以上处理因素之间有无交互作用话不多说，我们直接开始：1. 为了方便仍然以 sample data 来介绍，如下图 ...

只需要一个浏览器就能随时随地绘制精美的流程图、线框图、便利贴、脑图……今天给大家推荐6款好用的在线流程图绘制工具，只需要一个浏览器就能随时随地绘制精美的流程图、线框图、便利贴、脑图……1、Lucidchart网址：https://cookietest.lucidchart.comLucidchart 是一个基于 Web 的高级图表工具，LucidChart是一个基于HTML5的在线流程图绘制和协作应用平台，用户可以通过它方便快速 ...

遗传学和基因组学方法的快速发展丰富了我们对自然选择和分子进化的理解。基因组内含有适应性突变的基因在正向自然选择中因为占据优势而不断增加，而通过比较不同群体之间的核苷酸序列可以识别这些基因，对进化压力的检测和量化是近年来研究的一个热门领域，这些带适应性突变的基因是一般也是药物的潜在靶点。今天小编给大家安利一个专门分析进化压力的网站：DatamonkeyDatamonkey 进化压力在线分析平台可以识别基因中受 ...

一直以来，物超所值的神刊备受大家推崇，但是笔者认为自引率超高的危险期刊更应该受到大家关注。毕竟，好刊只是让你锦上添花，但是危险期刊却可以让你万劫不复……1. Forensic Science International-GeneticsForensic Science International-Genetics 是爱尔兰于 2007 年创办的季刊，著名出版商 Elsevier 发布，为非 OA 期刊。该刊在 JCR 分区中属于 Q1 区；在中科院分区中，大类属于生物学 2 区，遗传 ...

今天，我们从真实数据出发，利用已发表文献中的数据进行实战。如何找到 GSEA 所需要的数据？我们选择的文献是安秀丽老师团队最近在 Blood 上发表的一篇题为《Identification and transcriptome analysis of erythroblastic island macrophages》的文章。感兴趣的小伙伴可以详细读一下这篇文章，而我们目前要做的就是利用其转录组数据进行 GSEA 分析。首先，我们根据其 GSE 号在 NCBI 中的 GEO 数据库中 ...

俗话说磨刀不误砍柴工，很多刚刚进入实验室的同学都想要迫不及待地投入实验中，但在锻炼实验技能的同时，千万不可以忽略对文献的阅读。很多科研工作者认为，看文献的时间要占到全部科研时间的 50% 以上，并且不可以仅仅在设计实验、写文章时才阅读文献，看文献要贯穿整个科研学习过程。那在看文献过程中，有什么问题需要解决呢？我认为需要解决以下三个重要的问题：我要做的是什么？别人是怎么做的？我该怎么做？我要做的是什么？相信很多同学刚进入实 ...

昨天给大家分享了学霸师姐的文献阅读经验，相信很多刚刚进入研究生阶段的萌新们可能还会问：有哪些免费的文献下载网站呢？如何查找分区和影响因子？那针对这些问题，我们特意为小萌新们整理了干货满满的开学礼包，希望大家有所收获~如何查找中英文文献中文文献查询常用的中国知网、万方、维普。这几个数据库一般在使用校园网（学校购买）的情况下可以方便使用，这里就不再赘述。英文文献查询的网站有很多，常用的付费网站有 Web of Science，百 ...

作为一枚科研汪，你是不是经常会碰到这些问题：要写论文了之前做的数据图表是不是都找不到了？交给导师论文初稿是不是被嫌弃语法不好了？要投稿了是不是找不到适合自己的期刊了？英语不够纯正是不是被编辑和审稿人怼了？不要担心，今天就为大家推荐几款整理数据、写文章时方便使用的小工具，帮助大家更快地选刊、修改语法、引用文献以及文件搜索，将以上这些问题一网打尽！1. Everything下载地址：http://soft.onlinedo ...

最近发表在BMC细胞生物学上的一篇研究文章确定了线粒体形成的关键机制。对于这样的分子过程，一个关键的贡献者是酶- ATP合酶。在分析果蝇时，我们提出了第一个直接将ATP合酶亚基与组织中线粒体形成联系起来的证据。作为分子世界的奇迹之一，ATP合酶在大多数生命形式中负责能量的储存。在过去，当科学家们发现它像机器一样工作时，它自己的机制让他们感到惊讶;在“双马达”系统中工作，从而产生三磷酸腺苷(ATP)。ATP在细胞内被用 ...

在统计学分析里，最重要的元素是数据，因为数据的属性决定了用什么样的方式来比较数据，不同的数据比较方式就决定了统计分析方法以及对应的统计图。今天继续给大家介绍一下 Graphpad 的统计分析功能之非配对 / 独立样本（unpaired）t 检验。今天的演示直接以 sample data 来进行。1. 点击 creat，生成一组系统示例数据。如下图2. 点击 Analyze，也可以点击左侧的 Results 的 New Analysis，则会 creat a new analysis，选定 Co ...

Western Blot 操作步骤多，每一步的失误都会造成全盘失败，从试剂与设备的选择到实验条件的摸索，都很关键。如果初学者想要做好 Western Blot，记住以下的操作技巧，或许能够事半功倍。注：以下内容节选自毛阿懋老师《献给初学者：WB 操作步骤》一、蛋白质的样品制备: 蛋白质在样品处理过程应在低温下进行，以避免细胞破碎释放出的各种酶类的修饰（加入合适的蛋白酶抑制剂）。 样品建议分装成合适的量（比如分装出 20μL 检测蛋白质定量用），然后 - 20°或 - ...

每天阅读文献似乎是科研狗的日常。大牛期刊新上线的 online 往往是我们竞相追逐的目标。能否在第一时间掌握本领域的前沿动态，是我们必须修炼的技能。你还在每天不断地刷屏浏览各大牛期刊主页吗？这种传统方法是不是浪费了很多时间呢？那么，有没有一种不刷屏，却能在第一时间得到前沿资讯的方法呢？答案当然是有的。一、让目标杂志推送最新文献在此，笔者拟以 The Lancet 这份杂志为例，图解如何让杂志在新上线论文后主动给您发送邮件，告知最新 ...

TCGA数据库目前是科研中最常用的数据库之一，其中储存着多种疾病的各组学的数据，借助该数据库，帮助了很多研究生们发表了自己的文章，达到了毕业条件。一、基于TCGA官网下载RNAseq数据1、 TCGA数据库简介TCGA数据库全称为The Cancer Genome Atlas，主要储存关于各类肿瘤的一个基本信息，包括RNAseq，miRNAseq，DNA甲基化，CNV，SNP等信息，它是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对 ...