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我们如何从体积测量中推断出单细胞现象呢？这是分子生物学多年来一直面临的一个问题，虽然已经给出了一些实际的答案，但最简单的一个就是我们没有这样做，观察大量细胞的数量一定会给我们一个群体的平均反应。虽然这些信息仍然有用，但有些问题根本无法在人口一级解决。这正是导致单细胞测序领域在大约5年前爆发的原因，并给我们提供了一些极好的典型例子，说明单细胞测序如何告知我们癌症的起源、进化和对治疗的反应。虽然单细胞测序最常被 ...

长期低水平的疟疾感染已经被证明通过缩短大芦苇莺和其后代的寿命来影响它们的达尔文适应度，这是由于染色体端粒的缩短。一项对瑞典野生大苇莺种群轻度慢性疟疾感染的长期研究表明，这种感染最终会影响鸟类的健康成本。长期生活史数据显示，受感染的父母生育的后代较少，因为他们的寿命缩短，而这一寿命缩短与缩短覆盖染色体并保护他们免受压力的端粒有关。疟疾在鸟类中广泛传播，现已发现200多种禽疟原虫。在大苇莺中发现的三种最常见的物 ...

人体依靠细胞免疫和体液免疫抵抗多种潜在致病因子的能力时，往往取决于一种称为重组的过程如 V (D) J 重组和抗体类别转换重组（class-switch recombination, CSR）。重组操纵 DNA 序列，使我们的身体能够产生多种多样的免疫系统识别成分如：抗体和 T 细胞受体（TCR）。相距甚远的 DNA 区域并列连接在一起，形成了多种编码抗体的免疫系统基因，而这种类型的基因似乎都依赖于通过一种称为黏着蛋白（cohesin）的蛋白质环（ring）DNA ...

今天给大家介绍 GraphPad Prism 如何绘制柱状图。柱状图通常表示均值 ± 标准差的数据，数据要求符合正态分布，描述数据的特点或者比较各组数据间的差异，多数情况下采用方差分析和 T 检验。举个例子：现有三组实验对象，分别命名为对照组、A 组和 B 组。分别给予生理盐水、A 药和 B 药口服，一段时间后，观察三组实验对象血液中钠离子的浓度。浓度差异用柱形图来表示。现在我们开始作图：1. 打开 graphpad 软件，选择 column 模块，按下图进行选择。2. 键入数据，完善表格。每 ...

如果大量的寄生虫基因组是为了对抗疾病和生产疫苗和药物而产生的，但是没有人能比较这些基因组会发生什么？Sascha Steinbiss&Thomas Otto在这个博客中回答了这个问题，最初发布在Wellcome Trust Sanger Institute网站上。在过去的十年里，基因组测序和组装技术有了巨大的进步，到目前为止，研究人员能够在较短的时间内以相对较低的成本获得细菌和小型真核生物近乎完美的基因组序列。即使对小型研究 ...

最近，我读到了关于基因镶嵌现象及其对人类疾病发展的影响。从单个合子中产生具有遗传差异的细胞是由新突变事件引起的，包括大的染色体改变（全染色体非整倍体，节段非整倍体）。此外，基于测序的方法的进展表明，在单核苷酸水平上进行更微妙的重排和替换后，镶嵌现象也会出现（Lupski 2013）。通过改变细胞的转录程序，这些基因变异可以诱发癌症的发展，但也存在于许多非癌症疾病中，尤其是皮肤病，其中镶嵌现象直接反映在患者的表型变异中（ ...

自体免疫疾病（autoimmune disease）是一类由免疫系统的异常激活引起的疾病。在这种情况下，过度激活的免疫细胞丧失了辨别「自己」与「非己」的能力，从而对自身组织器官展开攻击，并引起发烧和炎症反应。严重情况下，自身免疫反应会对身体重要器官造成不可逆的影响。针对介导自体免疫疾病发生的分子机制，科学家们长期以来在不断努力探索。近日，Nature 杂志在线刊登了两篇重磅级文章，同时揭示了关键蛋白激酶 RIPK1 的突变以及酶 ...

我们很容易忘记，我们的个性背后有比遗传学更多的东西。Vlatka Zoldos教授的一篇客座博客关注了聚糖蛋白修饰的表观遗传学，以及这是如何在进化上具有优势的。随着年龄的增长，我们中的许多人开始害怕自己有多像父母。基因似乎是无情的。我们在怀孕的时候得到了他们，他们在我们的余生里都和我们在一起。我们能不能做点什么来改变我们不想听的说法：“如果你想知道一个女孩长大后会是什么样子，那就看看她的母亲吧？”？也许不是从外表上看 ...

这篇文章来自美国威斯康星大学麦迪逊分校的研究人员，分析了从乌干达基贝尔国家公园的9只黑白疣猴（colobus guereza）身上发现的新猴免疫缺陷病毒（siv）。由于非人类灵长类动物的分类和地理取样有限，特别是在东非，这项研究对SIV的多样性提出了有趣的见解。研究人员使用“无偏”深度测序技术对每种病毒的整个编码区进行测序，这种方法不依赖于与先前鉴定的病毒的遗传相似性。作者鉴定了两种不同的siv，它们只有72%的核 ...

到 2020 年，全球每人每秒将创建约 1.7 兆字节的数据，假设全球人口为 78 亿，相当于每年产生约 418 ZB（大约 4180 亿个 1 TB 硬盘）的数据量。在这一趋势下，地球上的传统存储介质的容量只能满足一个世纪的需求。图片来源：站酷海洛 Plus对此，生物学家们开始探索能否利用 DNA 的碱基序列信息作为替代传统存储的方案。随着研究的不断加深，「DNA 存储系统」的技术也日臻成熟。12 月 9 日，在 Nature Biotechnology 杂志上发表的一项研究《A DNA-of-things st ...

古老的发现一两千年来，他们互相抱着。他们的拥抱表明，即使在文明的曙光中，我们也并不孤单。这只小狗肯定有一个名字——一个被人喊出来的名字，有时是深情的，有时是严厉的，这个人的古老的指骨被发现包裹着它。今天这样的声音很常见。当时，它们预示着一种伙伴关系的开始，这种关系将界定这两个物种。这些遗骸出土于以色列北部艾因·马拉哈（Ain Mallaha）史前定居点的一座坟墓中，属于纳图菲文化。他们的定居点提供了证据，证明一个民族从狩 ...

接近一种疾病的一个关键方面是了解它的病因，而这往往被牙周炎所忽视。牙周治疗仍然主要依靠机械去除牙菌斑和牙石，基于他们是导致这种疾病进展的主要因素的假设。为什么牙周炎在某些病人身上出现，而在其他病人身上却没有出现，但是大多数人都不知道，更重要的是，人们忽略了这一点。因此，如何调节宿主的反应以阻止牙周组织的损伤仍然是临床医生无法掌握的。从骨生物学到牙周病的高级概念的转移，很像氧化应激对牙槽骨丢失的影响，是一个最近 ...

长期以来，研究者们致力于开发针对 HIV-1 的疫苗。然而，由于 HIV 具有类似于流感病毒的高变异特性，因此疫苗的开发往往无疾而终。其中代表性的例子是 2009 年在泰国进行的 RV144 临床试验 1。在为期十几年的研究之后，科学家们发现 RV144 的保护效果仅仅是「暂时的」，而且保护效果也不会随着后期疫苗的补充接种而得到增强。在此之后，研究者们将重点转移到了如何开发「诱导产生广谱性中和抗体」的疫苗。所谓广谱性中和抗体，是指能够识别不同 HIV-1 突变株表面 ...

个性化医疗的目标之一是利用数据科学工具指导医疗决策。在这里，Cihan Oguz和他的同事在BMC系统生物学的系统医学专题系列的一篇文章中描述了他们如何使用机器学习工具来开发冠心病的预测模型。在普通人群中，个体之间患冠心病的风险有很大的差异。像低密度脂蛋白胆固醇和收缩压这样的临床变量并不总是能说明一个人患冠心病的风险。过去的研究表明，患者的冠状动脉钙（CAC）水平是冠心病以及致命心脏事件（如心脏病发作）的有力预 ...

很久以前，当我们仍然使用限制性内切酶来识别多态性，而“表观遗传”一词被用来驳斥那些不遵循“DNA使RNA产生蛋白质”这一中心教条的古怪数据时，我们曾经认为基因是垃圾DNA海洋中碱基的线性序列。十多年前，就在人类基因组测序项目即将完成之际，“表观遗传”一词仅限于基因表达变化的稳定有丝分裂遗传的实例，而这些变化不能归因于核苷酸序列的变化。DNA甲基化和组蛋白修饰与基因表达变化有关，大多数表观遗传学研究涉及DNA甲基 ...

自 19 世纪以来，在技术进步的推动下人类的预期寿命大大增加。要维持更长的寿命就需要了解影响寿命的潜在机制。目前大多数的研究都集中在基因与环境，但即使是在特定的环境条件下饲养相同基因型动物，个体寿命之间也存在超过 50 倍的差异。这提示了可能有更多的随机因素影响寿命。2019 年 12 月 4 日来自密歇根大学 Ursula Jakob 教授团队合作在 Nature 上在线发表题为《Developmental ROS individualizes organismal str ...

一首由DNA制成的歌曲不太可能高居排行榜首位，但将DNA序列转换成音符，可能会识别出原本可能被遗漏的突变。最近发表在BMC生物信息学上的一篇文章研究了六种不同的算法，它们可以将DNA转换成音符，并强调了声波发现特定DNA特性的能力。基因组学的研究者们已经习惯于看到DNA序列以A、T、C和Gs的长序列来表示，但是有没有更好的方法来分析这些数据呢？西悉尼大学（Western Sydney University）的马克坦普 ...

基因组生物学最近的一期关于基因组编辑见解的专刊强调了利用一系列强大的基因组编辑工具从工程基因组中获得的宝贵见解。中国双胞胎婴儿出生的突发新闻，其CCR5基因被编辑以保护他们免受艾滋病毒感染，再次将基因组工程置于热议的中心。人类和农业基因组工程一直是许多研究人员以及决策机构关注的焦点，然而，基因组编辑工具不仅可以用于产生具有某些期望特征的生物体，而且还可以用于了解更多关于特定生物机制的知识。植物病原菌抗性一 ...

嵌合抗原受体 T 细胞免疫疗法（Chimeric Antigen Receptor T-Cell Immunotherapy, CAR-T），是近年来发展迅速的细胞治疗技术，可特异性识别肿瘤相关抗原，使效应 T 细胞具有更高的靶向性、杀伤性和持久性，并可克服肿瘤局部免疫抑制微环境，并打破宿主免疫耐受状态。虽然 CAR-T 在实体瘤中疗效不佳，但在肿瘤治疗领域仍具广泛前景。然而，因 T 细胞耗竭导致 CAR-T 细胞功能障碍，严重地阻碍了 CAR-T 治疗的进展。2019 年 12 月 4 日，美国斯坦福 ...

Discussion 是一篇 SCI 论文中最难写的部分，该部分需要作者对比领域前人所做的研究，结合本研究，并对未来方向进行科学展望，Discussion 是作者科研水平的直观体现。Discussion 的好坏很大程度上决定 SCI 能否被接收。本文以 2019 年 8 月 13 日发表在 JAMA 上的一篇文章为例，和大家分享下 SCI 论文中 Discussion 的写作套路。图片来源：JAMADiscussion 原文Higher residential concentrations of O3, ...