化学分类学chemotaxonomy
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系指将细胞的组成成分或特殊的代谢产物利用于分类指标的一种方法。在细菌等的分类上，利用化学的、血清学的特征也是广义的化学分类，但通常在植物和细菌中则是把化学结构可以详细比较的次级代谢产物对象。例如以生物碱、类黄酮、类固醇、类萜、各种糖苷、醌类的分布，以及菌类细胞壁结构的比较，来考察种、属的亲缘关系。在以化学的手段作为较为可靠的分类法中，不仅要比较其最终产物，而对合成途径的研讨也是重要的。
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