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微生物是指一切肉眼看不到或看不清楚，因而需要借助显微镜观察的微小生物。微生物包括原核微生物（如细菌）、真核微生物（如真菌、藻类和原虫）和无细胞生物（如病毒）三类。
微生物最大的特点，不但在于体积微小，而且在结构上亦相当简单。由于微生物体积极之微小，故相对面积较大，物质吸收快，转化快。微生物在生长与繁殖上亦是很迅速的，而且适应性强。从寒冷的冰川到及酷热的温泉，从极高的山顶到极深的海底，微生物都能够生存。
由于微生物适应性强，又容易在较短时间内积聚非常多的个体（例如 10^10 个 / 毫升的数量级），因此容易筛选并分离到突变株。容易得到微生物突变株的性质，给人类利用与开发微生物带来广阔契机，但也是导致抗药性的内在原因。
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