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        RT-PCR条带总是不对?急急急!

        丁香园论坛

        2498

        各位大虾:
        我做巢式PCR,内外侧引物条带均不对,作了N次,还是找不道原因,请各位帮忙分析。
        1、引物:
        The fisrt pair primer:5'primer:5'CAC TAG AAT GGG CAA CTG GTA GC3'(2-24nt)
        3'primer:5'CCG AGT ATA CGC ACA ACG CA3'(937-956nt)
        The second pair primer:5'primer:5'GCC GAA TTC ATG CTC CTA TCG CGG ATT3'(ECORI
        site)
        3'primer:5'GAC CTC GAG TCG TAC GTT GCA ACC AGC3'(XHOI
        site)
        2、序列:(CDS:57--906)
        TCACTAGAATGGGCAACTGGTAGCGGTCGCGCCCATGAGGACATGGTCATCAACTAATGCTCCTATCGCGGATTTTGGCATTCCGACAAGCACTCGAAGGAGCCAACCTTTCGCGGAGGAGCGTACTGGCACCAGAGCGCCCTCAGAGAGTCAATTCCAGGAGGTATTGTAAACCAGTAACGGAGTACGTAGCGCAGAGATGCTGCTGCTCTAAACAGCATCTCTCACATGGTCGACACCAGGACACGGCACGTTTAGCAGAAAACGTGGAGACACAAGTGGAACGCGACGATTGCGCTGTACTAACATTATTTCCATCGCGTGACACACCACTTTCGAGTCAGACAGACCTTGCTGACAGCGTCACACTCAGGTCGACCGCACGGCGCGATATGTATCGGCGTTATATCCTGTGCCGATCAACTGGCTCCAGGTGTGTGTTGTGTAGACGAAGCGATAGAGACTTAAGCGTGTGCACATTTCTAGGTCAAGGGCAAAGATATCATACTACCATGTCACAGTGCCATACTGAAGTGCTCATAGTCGCTATTCGACTCTGCAACATACGGTTTTTTCGAGAACGAGATGTCATGACATCTGCTAATCCTGTTACCAGTGGCTGCTGCAGTTGCGATAAGTTGTGTCTTACCGGGTTGGACTCAAGACGTAGTTACCGGGTAAGAGAGTCGGGGCTGAACGGGGTCGTGAAACATTGGACGACGCCTACACGACTGAGATACTCAGGGATTCCACTAGGTTCTAGACGGCGCACCGGGGTAGAGCTCAGTTTTTTGCTGTATGCGAACGGGAAGGCGACTGGAGTGCCATGTCCGGTTTTCAACAAACCATGCAGAATGCTGAATGAGGGCTACGTTTACCACTGCGATGCTGGTTGCAACGTACGATAGCGCTGGCGAATGCGCATTACGGTACGGCTGCGTTGTGCGTATACTCGGTGTAGGTACAGCGATACAGGAACGACTCTGTATTAACTCTTTTCGAGTAATGCTAGAGACGAGATCGAAATAGTCTTCTATGTAAGCCGTAGTTTAGGGCACCACTTTTCAAGAACTCTGTAGCATGCCTAACTACCTGCTCAAATCTGTTACAGTGGCTGATTCGATCCCTATGCATTATGCTATACCGAATACTCCGCGTTTCAACGCGTACTGATAACCTGTCGTACCAACTTAATCGCTGCAGACATCCCTTTCCAGCTGCGTAATAGCGATAGCCCGTACGACTGACCTCGCAACAGTACACTAAATGCAATGCTCTTTCCCTGATATGCACAACAAACGCGTCACGAACGCTTGGCATGATGTCGAACTACCCTAAAGGGCGATACTGTCGTCGTTCACTCTTACAAAACTGTCACGATGCACGGTATACTGACTGCGCCCACTCTACACCAACGTGACCTACCCATTACGGACGAATCCGCCGTTGTGTCCCCACGAGAAATCCAGACGGGTTATTTACTCAGCTCACTATTATAATGTATAGATGAATAGCTGGGCTACACGCGATACGGACGCATGAGCAGCGATATTATATTTTGATTGGACTGTTGGAA
        3、内参位置正确,总RNA提取和逆转录均用上海生工的,PCR用的是宝生物的高GC BUFFER 的TAQ酶。各种退火温度都试了,要么没有条带,要么就是800BP(外引物)或500BP(内引物),有时还有长长的拖尾,模板量和延伸时间、循环次数都已调整,还是不见成效。
        请各位高手指教,在线急盼回复。

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