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        分子间三链DNA

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        根据第三条链的来源,三链又可分为分子内和分子间两大类:分子内的三链DNA是由一条链通过自身回折形成的,分子间的又分为两种: ①由一条单链与发夹结构或环状单链所形成,②由一条单链与线状双链形成。但不论何种结构,三链中两条化学同源的链(Pu与Pu,Py与Py)都是反平行的定位。
        分子间三链DNA由单链与发夹结构所形成的三链按形成发夹的序列又分为两种类型:①经典的发夹结构,形成发夹的两部分在序列上互补,相互间可形成Watson-Crick键,其中一部分再与第三条链作用形成三链。②另一种形式的发夹由呈镜像重复的单一嘌呤或嘧啶形成,发夹的两部分不成键或成Hoogsteen键,再与第三条链作用形成三链。此外,环状单链也可与另一条链作用形成三链,其结构与上述结构类似,只是用环状单链取代了发夹。由单链与线性双链所形成的三链,结构比较常见。
        三链核酸每条链都由单一的嘌呤或嘧啶束道所组成,所以只要碱基匹配就可形成三链,而对于链中同时含有嘌呤和嘧啶束道的分子,其要形成三链则必须涉及到链的极性转换。如图中所示,这类分子称为链转换三链(alternate-strand triplex),它对于拓展可形成三链的碱基序列具有重要意义,对于任意的序列,只要其每个相邻的4~8个碱基为寡聚嘌呤或寡聚嘧啶序列,它就可通过极性转换而与相应的靶序列形成三链,但这种三链的形成效率随体系不同变化很大,如在第三条链上沿3′—Pu—Py—5′方向转换要比沿3′—Py—Pu—5′方向易于进行。

         

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