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        什么是上下游引物

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        上游引物 也称作正义链(sense primer),下游引物也称作反义链(antisense primer ),DNA 分子是双链,5‘——3’的链称作正链,上游引物合成的链和正链序列相同,3‘——5’方向的链称作副链,上游引物合成的链和负链互补。

        引物(Primer)在聚合作用的起始时,可以刺激合成另一种大分子,并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中,引物是一段短的单链RNA或DNA 片段,可结合在核酸链上与之互补的区域,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。

        自然中存在有生物的DNA复制引物(rna 引物)和聚合酶链式反应(PCR)中人工合成的引物(通常为DNA引物)。一般所说引物,指DNA引物,以下简称引物。

        上游引物:DNA分子两端不一样,因为核苷酸分子不是对称的,5'位有个磷酸,3'位是-OH 就是:磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5’端到3’端,因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以谁先复制谁上游,往后的就是下游,上游下游是个相对概念,是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5'端的,下游引物是靠近3‘端的。

        DNA是双链,两个链是反向平行的,DNA聚合酶顺着其中一个链走,这个链就是负链,另一个链是反着一段一段复制的,这个是正链。

        正义链(sense strand)是上游引物,反义链(antisense strand)是下游引物,链的合成方向是从5‘——3’。上游引物又叫正向引物,下游引物叫反向引物,在设计引物的时候一般是以其中的一条链来设的,所以上游引物是与这条链相同的,而反向引物则要反向互补后才行。

        上下游引物可含有不同的碱基数,他们的退火温度要接近,最好不要超过5度,上游引物和下游引物长度相差太远,将不利于扩增反应。可利用Primer Premier5.0进行引物设计的评估。除非特殊情况,建议将上下游引物的长度相近。

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